John Gordon era el hijo natural de Alexander Gordon (c. 1516-1575), obispo de Galloway y ex arzobispo de Glasgow , y Barbara Logie; sus padres se casaron, quizás clandestinamente, solo en 1546, antes de que Alejandro obtuviera el ascenso eclesiástico (para esto, vea su nueva entrada de DNB ).
Gordon estudió por primera vez en St Leonard's College , St. Andrews . En junio de 1565 fue enviado a continuar su educación en Francia, y María, reina de Escocia , le otorgó una pensión anual , pagadera con su dote francesa. Pasó dos años en las universidades de París y Orleans. El 4 de enero de 1568 fue confirmado por carta real en el obispado de Galloway y la abadía de Tongland , desocupada a su favor por su padre; la carta especifica su habilidad en lenguas clásicas y orientales. En este momento se encontraba en Francia, al servicio del líder protestante, el príncipe Luis de Conde , pero pronto llegó a Inglaterra, entró al servicio deThomas, duque de Norfolk , y lo asistió en las conferencias de York (octubre de 1568) y Westminster (noviembre de 1568), celebradas con el propósito de considerar la culpabilidad de María.
Cuando Norfolk fue enviado a la Torre (octubre de 1569), Gordon transfirió sus servicios a la propia Mary, y parece haber permanecido con ella hasta enero de 1572, cuando fue privada de su hogar. María lo encomendó al rey de Francia, y disfrutó del puesto de caballero ordinario de la cámara privada de Carlos IX , Enrique III y Enrique IV , con una pensión anual de cuatrocientas coronas. Salvó la vida de varios compatriotas en la masacre del día de San Bartolomé , pero nunca renunció al protestantismo. En 1574 expuso su conocimiento del hebreo en una disputa pública en Aviñón.con el rabino principal Benetrius. Por su matrimonio en 1576 con Antoinette, hija viuda de René de Marolles , adquirió una finca que le dio el estilo de "Sieur de Longorme". Con la sede de Galloway, su conexión nunca fue más que nominal, y los ingresos iban a su padre oa su hermano George.
Gordon se menciona en 1588 como obispo de Galloway; pero renunció a sus derechos antes del 8 de julio de 1586. Su primera esposa murió en 1591. Se casó en 1594 con una fuerte protestante, Genevieve , hija de François Petau, sieur de Maulette . El 18 de julio de 1594 en París, firma el contrato de matrimonio entre Suzanne Hotman y su primer marido John Menteith, llamándose a sí mismo "Caballero de la alcoba del rey [y] señor de Boullay-Thierry". En 1601 fue seleccionado por la duquesa de Lorena , hermana de Enrique IV, para participar con Daniel Tilenus y Pierre Du Moulin en una disputa pública contra Du Perron. (luego cardenal), a quien se le había encomendado la tarea de convertirla a la Iglesia Católica Romana.
Sobre la ascensión de Jacobo I al trono inglés (1603), Gordon publicó en francés e inglés un panegírico de felicitación fuertemente protestante y, en el mismo año, un artículo en elegíacos latinos dirigido al príncipe Enrique. James lo llamó a Inglaterra y lo nominó en octubre al decanato de Salisbury, tras lo cual fue ordenado a los 59 años. Estuvo presente en la conferencia de Hampton Court en enero de 1604 como "decano de Sarum", aunque no fue confirmado hasta el 24 de febrero. En la conferencia del segundo día, James lo destacó "con un elogio especial , que era un hombre bien educado en los antiguos". [ cita requerida ] Aprobó el anillo en el matrimonio, pero dudó de la cruz en el bautismo.