Era un hijo menor de John Thom (fallecido en 1808), nacido el 10 de enero de 1808 en Newry , condado de Down , donde su padre, nativo de Lanarkshire , fue ministro presbiteriano desde 1800. Su madre era Martha Anne (1779-1859), hija de Isaac Glenny.
En 1823 fue admitido en la Institución Académica de Belfast como estudiante bajo el cuidado del presbiterio de Armagh . Se convirtió en asistente de Thomas Dix Hincks como profesor de clásicos y hebreo, mientras estudiaba teología con Samuel Hanna .
Los escritos de William Ellery Channing lo convirtieron en unitario; no se unió a los manifestantes irlandeses bajo Henry Montgomery , pero predicó su primer sermón en julio de 1829 en la Capilla Unitaria de Renshaw Street , Liverpool , y poco después fue elegido ministro de la Capilla Antigua , Toxteth Park , Liverpool. El 10 de mayo de 1831 fue nombrado sucesor de John Hincks como ministro de la Capilla de la calle Renshaw, y asumió el cargo pastoral allí el 7 de agosto, mientras tanto había predicado (17 de julio) el sermón fúnebre de William Roscoe , el historiador; esta fue su primera publicación.
La llegada (1832) de James Martineau a Liverpool le proporcionó un estrecho colaborador; en 1833 su interés en la filantropía práctica fue estimulado por la visita de Joseph Tuckerman de Boston, Massachusetts . Una conexión personal con Joseph Blanco White comenzó en enero de 1835. En la Navidad de ese año fue uno de los principales fundadores de la Misión Doméstica de Liverpool.
En julio de 1838 sucedió a John Relly Beard como editor de Christian Teacher , una publicación mensual que se convirtió (1845) en Prospective Review (ver John James Tayler ). De febrero a mayo de 1839, contribuyó con cuatro conferencias y una 'carta' defensiva a la controversia unitaria de Liverpool , realizada junto con Martineau y Henry Giles , en respuesta al desafío de trece clérigos anglicanos . El principal antagonista de Thom fue Thomas Byrth .
El 25 de junio de 1854 renunció a su cargo y se fue al extranjero para viajar y estudiar, y William Henry Channing (1810-1884), sobrino del teólogo de Boston, ocupó su lugar en Renshaw Street. Regresó a Renshaw Street en noviembre de 1857 y ministró allí hasta su retiro final el 31 de diciembre de 1866. De 1866 a 1880 actuó como visitante en Manchester New College, Londres. Su última aparición pública fue en la inauguración (16 de noviembre de 1892) de nuevos edificios para la Misión Nacional de Liverpool.