Kalki es narrado por Theodora (Teddy) Ottinger, un aviador del sur de California ("aviatrix" en el texto) y autor, quien, después de publicar un libro llamado Beyond Motherhood , llama la atención de Kalki, el líder de un religioso con sede en Katmandú . culto. El culto secretamente gana dinero vendiendo drogas y luego lo regala usando loterías de lotos . Kalki dice ser Dios y que él es el Avatar final de Vishnu , quien terminará con la raza humana el 3 de abril. El planeta se librará de los malvados y un comienzo limpio y fresco marcará el comienzo de una nueva era dorada .. Ottinger sospecha que Kalki creará una reacción en cadena nuclear mundial que aniquilará a todos los seres vivos y dejará el planeta inhabitable. Sin embargo, cuando ocurre el apocalipsis amenazado, no toma la forma que había temido Ottinger, y solo la especie humana sucumbe a la extinción.
La novela cubre muchos temas culturales y políticos como la superpoblación , el control de la natalidad , la bisexualidad y el feminismo .
James J. Kelly, un ex soldado del ejército estadounidense, descubre que los gobiernos estadounidense y soviético están a punto de realizar pruebas de un nuevo tipo de bomba de neutrones llamada modelo bo nC, que matará a todos los seres vivos del planeta. , dejándolo inhabitable durante siglos. Los generales estadounidenses conocen los efectos cataclísmicos de realizar estas pruebas, pero las consienten de todos modos, ignorando un informe proporcionado al Consejo de Seguridad Nacional que predice el fin del mundo si seis o más nC explotan simultáneamente. Asegurados erróneamente de que los soviéticos no explotarían CN recíprocos, los generales están inconscientemente a punto de destruir el mundo entero.
Kelly decide salvar a la raza humana a través de un elaborado engaño religioso, declarándose Kalki y anunciando el fin del mundo. Su plan secreto es matar a todos en el mundo excepto él y su esposa Lakshmi. Se convertirían en el Adán y Eva de una nueva raza humana al dar a luz a tres hijos y seis hijas durante los siguientes doce años, que luego se casarían; en aproximadamente dos siglos el mundo volvería a estar bastante bien poblado.
Además de él y su esposa, Kalki decide traer a tres personas más a su nuevo mundo, maestros llamados Perfect Masters, elegidos por sus conocimientos y el hecho de que todos son estériles . Estas tres personas enseñarán varios campos de la ciencia a la nueva raza. Teddy Ottinger enseñará ingeniería, biología y genética de Geraldine O'Connor y medicina del Dr. Giles Lowell. La esposa de Kalki, Lakshmi, es física y Kalki es ingeniera química.
Kalki logra llevar a cabo su plan y el mundo entero muere, dejando atrás solo a Kalki, su esposa Lakshmi y los otros tres Maestros Perfectos. Sin embargo, los planes de Kalki salen mal cuando Lakshmi aborta a la primera niña y se descubre que Lakshmi es incapaz de tener hijos con Kalki. En este punto, el único otro hombre del grupo, el Dr. Lowell, anuncia que nunca se sometió a una vasectomía y que ahora es el único con quien Lakshmi puede concebir un hijo. Su plan había sido desde el principio ser el padre de la nueva raza humana con Lakshmi, de quien dice estar enamorado. Cuando el Dr. Lowell admite su traición, Kalki lo mata.