El dominio de caja asociada de Krüppel (KRAB) es una categoría de dominios de represión transcripcional presentes en aproximadamente 400 factores de transcripción basados en proteínas con dedos de zinc humanos (proteínas con dedos de zinc KRAB). [1] El dominio KRAB normalmente consta de aproximadamente 75 residuos de aminoácidos, mientras que el módulo de represión mínimo es de aproximadamente 45 residuos de aminoácidos. [2] Se prevé que funcione a través de interacciones proteína-proteína a través de dos hélices anfipáticas . La proteína que interactúa más prominente se llama TRIM28 inicialmente visualizada como SMP1, [3] clonada como KAP1 [4] y TIF1-beta. [5] Las sustituciones de los residuos conservados eliminan la represión.
Caja asociada Krüppel | ||||||||||
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Identificadores | ||||||||||
Símbolo | KRAB | |||||||||
Pfam | PF01352 | |||||||||
InterPro | IPR001909 | |||||||||
INTELIGENTE | SM00349 | |||||||||
PROSITE | PS50805 | |||||||||
SCOP2 | 1v65 / SCOPe / SUPFAM | |||||||||
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Se ha demostrado que más de 10 dominios KRAB codificados independientemente son represores eficaces de la transcripción, lo que sugiere que esta actividad es una propiedad común del dominio. Los dominios KRAB se pueden fusionar con las herramientas dCas9 CRISPR para formar represores aún más fuertes. [6]
Evolución
El dominio KRAB se había identificado inicialmente en 1988 como una matriz periódica de residuos de leucina separados por seis aminoácidos 5 'a la región del dedo de zinc de KOX1 / ZNF10 [7] repetición de heptada acuñada de leucina (también conocida como cremallera de leucina ). [8] Más tarde, este dominio fue nombrado en asociación con la caja asociada de Krüppel de proteínas C2H2-Zinc finger (KRAB). [9] [10] El dominio KRAB se limita a los genomas de los organismos tetrápodos . Los genes KRAB que contienen C2H2-ZNF constituyen la subfamilia más grande de genes con dedos de zinc. Más de la mitad de los genes C2H2-ZNF están asociados con un dominio KRAB en el genoma humano. Son más propensos a agruparse y se encuentran en grandes grupos en el genoma humano. [11]
El dominio KRAB presenta uno de los represores más fuertes del genoma humano. [2] Una vez que el dominio KRAB se fusionó con el represor de tetraciclina (TetR), las proteínas de fusión TetR-KRAB fueron el primer represor inducible por fármacos diseñado que funcionó en células de mamíferos. [3]
Ejemplos de
Los genes humanos que codifican KRAB-ZFP incluyen KOX1 / ZNF10 , KOX8 / ZNF708, ZNF43 , ZNF184 , ZNF91 , HPF4 , HTF10 y HTF34 .
Referencias
- ^ Huntley S, Baggott DM, Hamilton AT, Tran-Gyamfi M, Yang S, Kim J, Gordon L, Branscomb E, Stubbs L (mayo de 2006). "Un catálogo completo de genes de dedos de zinc asociados a KRAB humanos: conocimientos sobre la historia evolutiva de una gran familia de represores transcripcionales" . Genome Res . 16 (5): 669–77. doi : 10.1101 / gr.4842106 . PMC 1457042 . PMID 16606702 .
- ^ a b Margolin JF, Friedman JR, Meyer WK, Vissing H, Thiesen HJ, Rauscher FJ (mayo de 1994). "Las cajas asociadas a Krüppel son potentes dominios de represión transcripcional" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 91 (10): 4509-13. doi : 10.1073 / pnas.91.10.4509 . PMC 43815 . PMID 8183939 .
- ^ a b Deuschle U, Meyer WK, Thiesen HJ (abril de 1995). "Silenciamiento reversible con tetraciclina de promotores eucariotas" . Mol. Célula. Biol . 15 (4): 1907–14. doi : 10.1128 / mcb.15.4.1907 . PMC 230416 . PMID 7891684 .
- ^ Friedman JR, Fredericks WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (agosto de 1996). "KAP-1, un nuevo correpresor para el dominio de represión KRAB altamente conservado" . Genes Dev . 10 (16): 2067–78. doi : 10.1101 / gad.10.16.2067 . PMID 8769649 .
- ^ Moosmann P, Georgiev O, Le Douarin B, Bourquin JP, Schaffner W (diciembre de 1996). "Represión transcripcional por la proteína TIF1 beta de RING finger que interactúa con el dominio represor KRAB de KOX1" . Ácidos nucleicos Res . 24 (24): 4859–67. doi : 10.1093 / nar / 24.24.4859 . PMC 146346 . PMID 9016654 .
- ^ Adli, Mazhar. "El kit de herramientas CRISPR para la edición del genoma y más". Comunicaciones sobre la naturaleza 9.1 (2018): 1911, 6-7.
- ^ Instituto de Inmunología de Basilea (1988). Informe anual . Basilea. pag. 53. ISSN 0301-3782 . OCLC 1793356 .
- ^ Thiesen HJ (abril de 1990). "Múltiples genes que codifican dominios de dedos de zinc se expresan en células T humanas" (PDF) . New Biol . 2 (4): 363–74. PMID 2288909 .
- ^ Bellefroid EJ, Poncelet DA, Lecocq PJ, Revelant O, Martial JA (mayo de 1991). "El dominio de caja asociado a Krüppel conservado evolutivamente define una subfamilia de proteínas multifingered eucariotas" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 88 (9): 3608–12. doi : 10.1073 / pnas.88.9.3608 . PMC 51501 . PMID 2023909 .
- ^ Thiesen HJ, Bellefroid E, Revelant O, Martial JA (julio de 1991). "Dominio de proteína KRAB conservado identificado aguas arriba de la región del dedo de zinc de Kox 8" . Ácidos nucleicos Res . 19 (14): 3996. doi : 10.1093 / nar / 19.14.3996 . PMC 328495 . PMID 1861988 .
- ^ Rousseau-Merck MF, Koczan D, Legrand I, Möller S, Autran S, Thiesen HJ (2002). "Los genes de dedos de zinc KOX: mapeo de todo el genoma de 368 clones de ZNF PAC con grupos de genes de dedos de zinc predominantemente en 23 loci cromosómicos se confirman mediante secuencias humanas anotadas en EnsEMBL". Cytogenet. Genome Res . 98 (2–3): 147–53. doi : 10.1159 / 000069802 . PMID 12697996 . S2CID 29964545 .
Otras lecturas
- Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher FJ (junio de 2000). "Análisis bioquímico del dominio de represión transcripcional de la caja asociada a Kruppel (KRAB)" . J. Biol. Chem . 275 (24): 18000–10. doi : 10.1074 / jbc.M001499200 . PMID 10748030 .