TRIM28

TRIM28
Estructuras disponibles PDB Búsqueda de ortólogos: PDBe RCSB Lista de códigos de identificación de PDB 1FP0 , 2RO1 , 2YVR
Identificadores
Alias	TRIM28 , KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, motivo tripartito que contiene 28
Identificaciones externas	OMIM : 601742 MGI : 109274 HomoloGene : 21175 GeneCards : TRIM28
Ubicación de genes ( humanos ) Chr. Cromosoma 19 (humano) [1] Banda 19q13.43 Comienzo 58.544.064 pb [1] Fin 58,550,722 pb [1]
Ubicación de genes ( ratón ) Chr. Cromosoma 7 (ratón) [2] Banda 7 | 7 A1 Comienzo 12,999,114 pb [2] Fin 13.031.035 pb [2]
Patrón de expresión de ARN Más datos de expresión de referencia
Ontología de genes Función molecular • actividad de proteína quinasa • dominio cuadro de Krueppel-asociado de unión • cromosomas de dominio sombra de unión • GO: actividad corepressor 0.001.106 transcripción • cromatina-promotor específico de unión • GO: actividad coactivador 0.001.105 transcripción • unión de iones metálicos • actividad de transferasa de ubiquitina-proteína • 0.001.948: GO proteína de unión • ubiquitina proteína ligasa de unión • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 DNA-binding factor de transcripción actividad • de unión a ADN específica de secuencia • de unión a ADN • cromatina vinculante • zinc ion de unión • unión de ARN • actividad de transferasa • actividad SUMO transferasa Componente celular • eucromatina nuclear • intracelular • heterocromatina nuclear • cromatina • complejo de factor de transcripción de ARN polimerasa II • núcleo celular • nucleoplasma Proceso biológico • Regulación de la transcripción, plantilla de ADN • Regulación positiva del silenciamiento de cromatina dependiente de metilación • Extensión convergente involucrada en el alargamiento del eje • Morfogénesis placentaria embrionaria • Regulación positiva de la reparación del ADN • Desarrollo embrionario en el útero • Regulación negativa de la transcripción del promotor de la ARN polimerasa II • la transcripción, de plantilla de ADN • regulación negativa de la desmetilación del ADN • la fosforilación de proteínas • proteína oligomerización • autofosforilación • metilación del ADN implicado en el desarrollo del embrión • Ras señal de la proteína de transducción • transcripción de iniciación de la ARN polimerasa II promotor • la reparación del ADN • la implantación del embrión • regulación positiva de la transcripción de la ARN polimerasa II promotor • regulación de la impronta genética • proteína sumoilación • epitelial-mesenquimal transición • ubiquitinación de proteínas • regulación negativa de la transcripción , Plantilla de ADN • regulación positiva de la transcripción, plantilla de ADN • modificación de la cromatina covalente • regulación positiva de la unión del ADN • sistema inmunológico innato • regulación negativa de la replicación del ARN viral monocatenario a través del intermedio de ADN bicatenario • organización de la cromatina • GO: 0022415 proceso viral • regulación positiva de la importación de proteínas en el núcleo • regulación negativa de la liberación viral de la célula huésped Fuentes: Amigo / QuickGO
Ortólogos
Especies	Humano	Ratón
Entrez	10155	21849
Ensembl	ENSG00000130726	ENSMUSG00000005566
UniProt	Q13263	Q62318
RefSeq (ARNm)	NM_005762	NM_011588
RefSeq (proteína)	NP_005753	NP_035718
Ubicación (UCSC)	19 de Cr .: 58,54 - 58,55 Mb	Crónicas 7:13 - 13,03 Mb
Búsqueda en PubMed	[3]	[4]
Wikidata
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El motivo tripartito que contiene 28 ( TRIM28 ), también conocido como factor intermediario transcripcional 1β ( TIF1β ) y KAP1 (proteína asociada a KRAB-1), es una proteína que en humanos está codificada por el gen TRIM28 . ^{[5] [6]}

Función

La proteína codificada por este gen media el control transcripcional mediante la interacción con el dominio de represión de caja asociado a Krüppel que se encuentra en muchos factores de transcripción . La proteína se localiza en el núcleo y se cree que se asocia con regiones de cromatina específicas . La proteína es un miembro de la familia de motivos tripartitos . Este motivo tripartito incluye tres dominios de unión a zinc, un ANILLO, una caja B tipo 1 y una caja B tipo 2, y una región de espiral enrollada . ^[7]

KAP1 es una proteína expresada de manera ubicua involucrada en muchas funciones críticas que incluyen: regulación transcripcional, diferenciación y proliferación celular, reparación del daño del ADN, supresión viral y apoptosis. Su funcionalidad depende de modificaciones postraduccionales. La fosforilación de KAP1 actúa como desactivador de la proteína en muchos de sus mecanismos mientras que la sumoilación actúa como activador. ^[8]

Diferenciación y proliferación celular

Los estudios han demostrado que la deleción de KAP1 en ratones antes de la gastrulación da como resultado la muerte (lo que la implica como una proteína necesaria para la proliferación), mientras que la deleción en ratones adultos produce un aumento de la ansiedad y alteraciones inducidas por el estrés en el aprendizaje y la memoria. Se ha demostrado que KAP1 participa en el mantenimiento de la pluripotencia de las células madre embrionarias y promueve e inhibe la diferenciación celular de las líneas celulares adultas. También se han encontrado niveles elevados de KAP1 en cánceres de hígado, gástrico, mama, pulmón y próstata, lo que indica que puede desempeñar un papel importante en la proliferación de células tumorales (posiblemente al inhibir la apoptosis). ^[8]

Regulación transcripcional

KAP1 puede regular la transcripción genómica a través de una variedad de mecanismos, muchos de los cuales siguen sin estar claros. Los estudios han demostrado que KAP1 puede reprimir la transcripción uniéndose directamente al genoma (que puede ser suficiente en sí mismo) o mediante la inducción de la formación de heterocromatina a través del complejo macromolecular Mi2α-SETB1-HP1. ^{[9] [10]} KAP1 también puede interactuar con las histonas metiltransferasas y desacetilasas a través del PHD C-terminal y el bromodominio para controlar la transcripción epigenéticamente. ^[8]

Respuesta de reparación de daños en el ADN

Se ha demostrado que ATM fosforila KAP1 tras el descubrimiento de ADN dañado o roto. La KAP1 fosforilada, junto con muchas otras proteínas que dañan el ADN, migran rápidamente al sitio del daño del ADN. Su participación exacta en esta vía no está clara, pero se ha implicado en el desencadenamiento de la detención celular, lo que permite reparar el ADN dañado. ^[8]

Apoptosis

KAP1 forma un complejo con MDM2 (una ligasa de ubiquitina E3) que se une a p53. El complejo marca el p53 unido para degradación. p53 es un precursor conocido de la apoptosis que facilita la síntesis de proteínas necesarias para la muerte celular, por lo que su degradación da como resultado la inhibición de la apoptosis. ^[8]

Importancia clínica

Papel en el establecimiento de la latencia viral

KAP1 facilita el establecimiento de latencia viral en ciertos tipos de células para el citomegalovirus humano (HCMV) y otros retrovirus endógenos ^{[8] [9]} . KAP1 actúa como correpresor transcripcional del genoma viral. La proteína se une a las histonas de la cromatina viral y luego recluta Mi2α y SETB1. SETB1 es una histona metiltransferasa que recluta HP1, lo que induce la formación de heterocromatina. Esta formación de heterocromatina impide la transcripción del genoma viral. Se ha implicado a mTOR en la fosforilación de KAP1, lo que resulta en un cambio de latencia al ciclo lítico. ^[9]

Manipulaciones y potencial para tratamientos futuros

La ataxia telangiectasia mutada (ATM) es una quinasa que (similar a mTOR) puede fosforilar KAP1 dando como resultado el cambio de latencia viral al ciclo lítico. Se ha demostrado que el activador de cloroquina (un ATM) aumenta la transcripción del genoma del HCMV. Este efecto aumenta con el uso del factor de necrosis tumoral. Se ha propuesto que este tratamiento (acompañado de un tratamiento antirretroviral) tiene el potencial de purgar el virus de los individuos infectados. ^[9]

Interacciones

Se ha demostrado que TRIM28 interactúa con:

• CBX5 , ^{[11] [12] [13] [14]}
• CEBPB , ^[15]
• Receptor de glucocorticoides , ^[15]
• SETDB1 ^[16] y
• ZNF10 . ^{[17] [18]}

Ver también

• Corregulador de transcripción

Referencias

1. GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000130726 - Ensembl , mayo de 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000005566 - Ensembl , mayo de 2017
3. "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
4. "Referencia de PubMed del ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
5. Reymond A, Meroni G, Fantozzi A, Merla G, Cairo S, Luzi L, Riganelli D, Zanaria E, Messali S, Cainarca S, Guffanti A, Minucci S, Pelicci PG, Ballabio A (mayo de 2001). "La familia de motivos tripartitos identifica compartimentos celulares" . El diario EMBO . 20 (9): 2140–51. doi : 10.1093 / emboj / 20.9.2140 . PMC 125245 . PMID 11331580 .  
6. Capili AD, Schultz DC, RauscherIII FJ, Borden KL (enero de 2001). "Estructura de la solución del dominio PHD del corepressor KAP-1: determinantes estructurales para dominios de unión a zinc PHD, RING y LIM" . El diario EMBO . 20 (1–2): 165–77. doi : 10.1093 / emboj / 20.1.165 . PMC 140198 . PMID 11226167 .  
7. "Entrez Gene: TRIM28 motivo tripartito que contiene 28" .
8. Iyengar, Sushma; Farnham, Peggy (29 de julio de 2011). "Proteína KAP1: un regulador maestro enigmático del genoma" . La Revista de Química Biológica . 286 (30): 26267–26276. doi : 10.1074 / jbc.r111.252569 . PMC 3143589 . PMID 21652716 .  
9. Rauwel, Benjamin (7 de abril de 2015). "Liberación de citomegalovirus humano de latencia por un interruptor de fosforilación KAP1 / TRIM28" . eLife . 4 . doi : 10.7554 / eLife.06068 . PMC 4384640 . PMID 25846574 .  
10. Sripathy, Smitha (20 de marzo de 2006). "El Corepressor KAP1 funciona para coordinar el ensamblaje de microambientes de heterocromatina de Novo HP1 demarcados necesarios para la represión transcripcional mediada por proteínas de dedos de zinc KRAB" . Biología Molecular y Celular . 26 (22): 8623–8638. doi : 10.1128 / mcb.00487-06 . PMC 1636786 . PMID 16954381 .  
11. Nielsen AL, Sanchez C, Ichinose H, Cerviño M, Lerouge T, Chambon P, Losson R (noviembre de 2002). "Interacción selectiva entre el factor de remodelación de cromatina BRG1 y la proteína asociada a heterocromatina HP1alpha" . El diario EMBO . 21 (21): 5797–806. doi : 10.1093 / emboj / cdf560 . PMC 131057 . PMID 12411497 .  
12. Cammas F, Oulad-Abdelghani M, Vonesch JL, Huss-Garcia Y, Chambon P, Losson R (septiembre de 2002). "La diferenciación celular induce la asociación de TIF1beta con heterocromatina centromérica a través de una interacción HP1". Revista de ciencia celular . 115 (Pt 17): 3439–48. PMID 12154074 . 
13. Nielsen AL, Oulad-Abdelghani M, Ortiz JA, Remboutsika E, Chambon P, Losson R (abril de 2001). "Formación de heterocromatina en células de mamíferos: interacción entre histonas y proteínas HP1". Célula molecular . 7 (4): 729–39. doi : 10.1016 / S1097-2765 (01) 00218-0 . PMID 11336697 . 
14. Lechner MS, Begg GE, Speicher DW, Rauscher FJ (septiembre de 2000). "Determinantes moleculares para dirigirse al silenciamiento génico mediado por la proteína 1 de heterocromatina: la interacción directa del correpresor del dominio de sombra de cromosomas-KAP-1 es esencial" . Biología Molecular y Celular . 20 (17): 6449–65. doi : 10.1128 / mcb.20.17.6449-6465.2000 . PMC 86120 . PMID 10938122 .  
15. Chang CJ, Chen YL, Lee SC (octubre de 1998). "El coactivador TIF1beta interactúa con el factor de transcripción C / EBPbeta y el receptor de glucocorticoides para inducir la expresión del gen de la glicoproteína ácida alfa1" . Biología Molecular y Celular . 18 (10): 5880–7. doi : 10.1128 / mcb.18.10.5880 . PMC 109174 . PMID 9742105 .  
16. Schultz DC, Ayyanathan K, Negorev D, Maul GG, Rauscher FJ (abril de 2002). "SETDB1: una nueva histona H3 asociada a KAP-1, metiltransferasa específica de lisina 9 que contribuye al silenciamiento de genes eucromáticos mediado por HP1 por proteínas de dedos de zinc KRAB" . Genes y desarrollo . 16 (8): 919–32. doi : 10.1101 / gad.973302 . PMC 152359 . PMID 11959841 .  
17. Moosmann P, Georgiev O, Le Douarin B, Bourquin JP, Schaffner W (diciembre de 1996). "Represión transcripcional por la proteína TIF1 beta de RING finger que interactúa con el dominio represor KRAB de KOX1" . Investigación de ácidos nucleicos . 24 (24): 4859–67. doi : 10.1093 / nar / 24.24.4859 . PMC 146346 . PMID 9016654 .  
18. Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher FJ (junio de 2000). "Análisis bioquímico del dominio de represión transcripcional de la caja asociada a Kruppel (KRAB)" . La Revista de Química Biológica . 275 (24): 18000–10. doi : 10.1074 / jbc.M001499200 . PMID 10748030 . 

Lectura adicional

• Maruyama K, Sugano S (enero de 1994). "Oligo-taponamiento: un método simple para reemplazar la estructura de la tapa de ARNm eucariotas con oligoribonucleótidos". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016 / 0378-1119 (94) 90802-8 . PMID  8125298 .
• Friedman JR, Fredericks WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (agosto de 1996). "KAP-1, un nuevo correpresor para el dominio de represión KRAB altamente conservado" . Genes y desarrollo . 10 (16): 2067–78. doi : 10.1101 / gad.10.16.2067 . PMID  8769649 .
• Kim SS, Chen YM, O'Leary E, Witzgall R, Vidal M, Bonventre JV (diciembre de 1996). "Un miembro novedoso de la familia de dedos RING, KRIP-1, se asocia con el dominio represor transcripcional KRAB-A de proteínas con dedos de zinc" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 93 (26): 15299-304. doi : 10.1073 / pnas.93.26.15299 . PMC  26399 . PMID  8986806 .
• Moosmann P, Georgiev O, Le Douarin B, Bourquin JP, Schaffner W (diciembre de 1996). "Represión transcripcional por la proteína TIF1 beta de RING finger que interactúa con el dominio represor KRAB de KOX1" . Investigación de ácidos nucleicos . 24 (24): 4859–67. doi : 10.1093 / nar / 24.24.4859 . PMC  146346 . PMID  9016654 .
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• Chang CJ, Chen YL, Lee SC (octubre de 1998). "El coactivador TIF1beta interactúa con el factor de transcripción C / EBPbeta y el receptor de glucocorticoides para inducir la expresión del gen de la glicoproteína ácida alfa1" . Biología Molecular y Celular . 18 (10): 5880–7. doi : 10.1128 / mcb.18.10.5880 . PMC  109174 . PMID  9742105 .
• Eng FC, Barsalou A, Akutsu N, Mercier I, Zechel C, Mader S, White JH (octubre de 1998). "Las diferentes clases de coactivadores reconocen sitios de unión distintos pero superpuestos en el dominio de unión del ligando del receptor de estrógeno" . La Revista de Química Biológica . 273 (43): 28371–7. doi : 10.1074 / jbc.273.43.28371 . PMID  9774463 .
• Ryan RF, Schultz DC, Ayyanathan K, Singh PB, Friedman JR, Fredericks WJ, Rauscher FJ (junio de 1999). "La proteína correpresora KAP-1 interactúa y colocaliza con proteínas HP1 heterocromáticas y eucromáticas: un papel potencial para las proteínas de dedo de zinc-caja asociadas a Krüppel en el silenciamiento génico mediado por heterocromatina" . Biología Molecular y Celular . 19 (6): 4366–78. doi : 10.1128 / mcb.19.6.4366 . PMC  104396 . PMID  10330177 .
• Agata Y, Matsuda E, Shimizu A (junio de 1999). "Dos nuevas proteínas de dedos de zinc que contienen cajas asociadas a Krüppel, KRAZ1 y KRAZ2, reprimen la transcripción a través de la interacción funcional con el correpresor KAP-1 (TIF1beta / KRIP-1)" . La Revista de Química Biológica . 274 (23): 16412–22. doi : 10.1074 / jbc.274.23.16412 . PMID  10347202 .
• Nielsen AL, Ortiz JA, You J, Oulad-Abdelghani M, Khechumian R, Gansmuller A, Chambon P, Losson R (noviembre de 1999). "La interacción con miembros de la familia de la proteína heterocromatina 1 (HP1) y la desacetilación de histonas están implicadas de manera diferencial en el silenciamiento transcripcional por parte de miembros de la familia TIF1" . El diario EMBO . 18 (22): 6385–95. doi : 10.1093 / emboj / 18.22.6385 . PMC  1171701 . PMID  10562550 .
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• Gebelein B, Urrutia R (febrero de 2001). "Represión transcripcional específica de secuencia por KS1, una proteína de caja asociada a Krüppel con múltiples dedos de zinc" . Biología Molecular y Celular . 21 (3): 928–39. doi : 10.1128 / MCB.21.3.928-939.2001 . PMC  86683 . PMID  11154279 .
• Capili AD, Schultz DC, RauscherIII FJ, Borden KL (enero de 2001). "Estructura de la solución del dominio PHD del corepressor KAP-1: determinantes estructurales para dominios de unión a zinc PHD, RING y LIM" . El diario EMBO . 20 (1–2): 165–77. doi : 10.1093 / emboj / 20.1.165 . PMC  140198 . PMID  11226167 .
• Schultz DC, Friedman JR, Rauscher FJ (febrero de 2001). "Dirigido a complejos de histona desacetilasa a través de proteínas KRAB-dedo de zinc: el PHD y los dominios bromodominios de KAP-1 forman una unidad cooperativa que recluta una nueva isoforma de la subunidad Mi-2alpha de NuRD" . Genes y desarrollo . 15 (4): 428–43. doi : 10.1101 / gad.869501 . PMC  312636 . PMID  11230151 .
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• Hsu SI, Yang CM, Sim KG, Hentschel DM, O'Leary E, Bonventre JV (mayo de 2001). "TRIP-Br: una nueva familia de proteínas PHD que interactúan con el dedo de zinc y el bromodominio que regulan la actividad transcripcional de E2F-1 / DP-1" . El diario EMBO . 20 (9): 2273–85. doi : 10.1093 / emboj / 20.9.2273 . PMC  125435 . PMID  11331592 .
• Nielsen AL, Oulad-Abdelghani M, Ortiz JA, Remboutsika E, Chambon P, Losson R (abril de 2001). "Formación de heterocromatina en células de mamíferos: interacción entre histonas y proteínas HP1". Célula molecular . 7 (4): 729–39. doi : 10.1016 / S1097-2765 (01) 00218-0 . PMID  11336697 .

Enlaces externos

• Proteína TRIM28, humana en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
• NURSA C153
• FactorBook KAP1
• Ubicación del gen humano TRIM28 en UCSC Genome Browser .
• Detalles del gen humano TRIM28 en UCSC Genome Browser .

Este artículo incorpora texto de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos , que es de dominio público .