Esta es una lista de herramientas de software y portales web que se utilizan para la predicción de genes .
Nombre | Descripción | Especies | Referencias |
---|---|---|---|
DESCUBRIDOR | Paquete de software automatizado para anotar genes eucariotas a partir de datos de RNA-Seq y secuencias de proteínas asociadas | Eucariotas | [1] |
FragGeneScan | Predicción de genes en genomas completos y secuenciación de lecturas | Procariotas, Metagenomas | [2] |
ATGpr | Identifica sitios de iniciación de la traducción en secuencias de ADNc | [3] | |
PRÓDIGO | Su nombre significa algoritmo de búsqueda de genes de programación dinámica procariota. Se basa en funciones de probabilidad logarítmica y no utiliza modelos de Markov ocultos o interpolados. | Procariotas, metagenomas (metapródigo) | [4] |
AUGUSTO | Predictor del gen eucariota | Eucariotas | [5] |
BGF | Modelo de Markov oculto (HMM) y programa de predicción de genes ab initio basado en programación dinámica | ||
DIOGENOS | Detección rápida de regiones codificantes en secuencias cortas del genoma | ||
Buscador de promotores de dragones | Programa para reconocer promotores de ARN polimerasa II de vertebrados | ||
EUGENO | Hallazgo integral de genes | Eucariotas | [6] |
FGENESH | Predicción de la estructura genética basada en HMM: múltiples genes, ambas cadenas | Eucariotas | [7] |
ENMARCADO | Encuentre genes y desplazamiento de marco en secuencias procariotas ricas en G + C | Procariotas | [8] |
GeMoMa | Predicción de genes basada en homología basada en la conservación de la posición de intrones y aminoácidos, así como en datos de RNA-Seq | [9] [10] | |
GENIO | Vincula los ORF en genomas completos con estructuras de proteínas 3D | ||
geneid | Programa para predecir genes, exones, sitios de empalme y otras señales a lo largo de secuencias de ADN | Eucariotas | [11] |
GENEPARSER | Analizar secuencias de ADN en intrones y exones | ||
GeneMark | Familia de programas de predicción genética autodidacta | Procariotas, Eucariotas, Metagenomas | [12] [13] [14] [15] |
GeneTack | Predice genes con cambios de marco en genomas procariotas | Procariotas | [dieciséis] |
GENOMESCAN | Predice ubicaciones y estructuras exón-intrón de genes en secuencias del genoma de una variedad de organismos. | ||
GENSCAN | Encuentra genes usando la transformada de Fourier | [17] | |
LUZ TENUE | Encuentra genes en el ADN microbiano | Procariotas | |
GLIMMERHMM | Sistema de búsqueda de genes eucariotas | Eucariotas | [18] |
GrialEXP | Predice exones, genes, promotores, polias, islas CpG, similitudes EST y elementos repetidos en la secuencia de ADN | ||
mGene | Sistema basado en la máquina de vectores de soporte (SVM) para encontrar genes | Eucariotas | [19] |
mGene.ngs | Sistema basado en SVM para encontrar genes usando información heterogénea: RNA-seq, arreglos en mosaico | Eucariotas | [20] |
MORGAN | Sistema de árbol de decisiones para encontrar genes en el ADN de vertebrados | Eucariotas | |
NADA | Herramienta web para combinar resultados de diferentes programas: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN | ||
NNPP | Predicción del promotor de la red neuronal | ||
NNSPLICE | Predicción del sitio de empalme de la red neuronal | ||
BUSCADOR DE ORF | Herramienta de análisis gráfico para encontrar todos los marcos de lectura abiertos | ||
Herramientas de análisis de secuencia regulatoria | Serie de programas informáticos modulares para detectar señales reguladoras en secuencias no codificantes | ||
FANOTAR | Una herramienta para anotar genomas de fagos. | Fagos | [21] |
Herramientas de análisis de secuencia regulatoria | Serie de programas informáticos modulares para detectar señales reguladoras en secuencias no codificantes | ||
SPLICEPREDICTOR | Método para identificar posibles sitios de empalme en pre-ARNm (de plantas) mediante inspección de secuencia utilizando modelos estadísticos bayesianos | Eucariotas | |
VELO | Modelo de Markov oculto para encontrar genes en un servidor de ADN de vertebrados | Eucariotas |
Ver también
Referencias
- ^ Banerjee S, Bhandary P, Woodhouse M, Sen TZ, Wise RP, Andorf CM (abril de 2021). "FINDER: un paquete de software automatizado para anotar genes eucariotas de datos de RNA-Seq y secuencias de proteínas asociadas" . BMC Bioinformática . 44 (9): e89. doi : 10.1186 / s12859-021-04120-9 . PMID 33879057 .
- ^ Rho M, Tang H, Ye Y (noviembre de 2010). "FragGeneScan: predicción de genes en lecturas cortas y propensas a errores" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (20): e191. doi : 10.1093 / nar / gkq747 . PMC 2978382 . PMID 20805240 .
- ^ "Predicción del ATG de iniciación a la traducción" . atgpr.dbcls.jp . Consultado el 8 de septiembre de 2018 .
- ^ Hyatt D, Chen GL, Locascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ (marzo de 2010). "Pródigo: reconocimiento de genes procariotas e identificación del sitio de inicio de la traducción" . BMC Bioinformática . 11 : 119. doi : 10.1186 / 1471-2105-11-119 . PMC 2848648 . PMID 20211023 .
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- ^ Keilwagen J, Hartung F, Paulini M, Twardziok SO, Grau J (mayo de 2018). "Combinando datos de RNA-seq y predicción de genes basada en homología para plantas, animales y hongos" . BMC Bioinformática . 19 (1): 189. doi : 10.1093 / nar / gkw092 . PMC 5975413 . PMID 29843602 .
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- ^ Schweikert G, Zien A, Zeller G, Behr J, Dieterich C, Ong CS, et al. (Noviembre de 2009). "mGene: búsqueda precisa de genes basados en SVM con una aplicación a los genomas de nematodos" . Investigación del genoma . 19 (11): 2133–43. doi : 10.1101 / gr.090597.108 . PMC 2775605 . PMID 19564452 .
- ^ Gan X, Stegle O, Behr J, Steffen JG, Drewe P, Hildebrand KL, et al. (Agosto de 2011). "Múltiples genomas de referencia y transcriptomas de Arabidopsis thaliana" . Naturaleza . 477 (7365): 419–23. Código Bib : 2011Natur.477..419G . doi : 10.1038 / nature10414 . PMC 4856438 . PMID 21874022 .
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