Esta lista de genomas protistas secuenciados contiene todas las especies protistas conocidas por tener secuencias genómicas completas a disposición del público que se han ensamblado, anotado y publicado; no se incluyen los borradores de genomas, ni las secuencias de orgánulos únicamente.
Alveolata
Alveolata son un grupo de protistas que incluye Ciliophora , Apicomplexa y Dinoflagellata . Los miembros de este grupo son de especial interés para la ciencia como causa de graves enfermedades humanas y del ganado.
Organismo | Tipo | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea | Enlaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Babesia bovis | Apicomplexan | Patógeno del ganado | 8,2 Mb | 3.671 | 2007 [1] | |||
Breviolum minutim ( Symbiodinium minutum; clado B1) | Dinoflagelado | Simbionte de coral | 1,5 Gb | 47,014 | Instituto de Ciencia y Tecnología de Okinawa | 2013 [2] | Sequía | OIST Marine Genomics [3] |
Cladocopium goreaui ( Symbiodinium goreaui; Clade C1) | Dinoflagelado | Simbionte de coral | 1,19 Gb | 35,913 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Universidad de Queensland | 2018 [4] | Sequía | REFUGIO 2020 [5] |
Cladocopium C92 cepa Y103 ( Symbiodinium sp. Clado C; tipo putativo C92) | Dinoflagelado | Simbionte de foraminíferos | Desconocido (tamaño de ensamblaje 0,70 Gb) | 65,832 | Instituto de Ciencia y Tecnología de Okinawa | 2018 [6] | Sequía | OIST Marine Genomics [3] |
Cepa de Cryptosporidium hominis : TU502 | Apicomplexan | Patógeno humano | 10,4 Mb | 3.994 [7] | Universidad de Virginia Commonwealth | 2004 [7] | ||
Aislado de Cryptosporidium parvum C o genotipo 2 | Apicomplexan | Patógeno humano | 16,5 Mb | 3.807 [8] | UCSF y Universidad de Minnesota | 2004 [8] | ||
Cepa de Eimeria tenella Houghton | Apicomplexan | Parásito intestinal de aves domésticas | 55-60 Mb [9] | Instituto Wellcome Trust Sanger [10] | Disponible para descarga; [10] 2007 para Chr 1 [11] | |||
Fugacium kawagutii CS156 = CCMP2468 ( Symbiodinium kawagutii ; clado F1) | Dinoflagelado | ¿Simbionte de coral? | 1,07 Gb | 26,609 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Universidad de Queensland | 2018 [4] | Sequía | REFUGIO 2020 [5] |
Fugacium kawagutii CCMP2468 ( Symbiodinium kawagutii ; clado F1) | Dinoflagelado | ¿Simbionte de coral? | 1,18 Gb | 36,850 | Universidad de Connecticut / Universidad de Xiamen | 2015 [12] | Sequía | Proyecto del genoma de S. kawagutii [13] |
Neospora caninum | Apicomplexan | Patógeno para bovinos y perros | 62 Mb [14] | Instituto Wellcome Trust Sanger [15] | Disponible para descargar [15] | |||
Paramecium tetraurelia | Ciliate | Organismo modelo | 72 Mb | 39,642 [16] | Genoscopio | 2006 [16] | ||
Polarella glacialis CCMP1383 | Dinoflagelado | Psicrófilo, Antártico | 3,02 Gb (diploide), 1,48 Gbp (haploide) | 58,232 | Universidad de Queensland | 2020 [17] | Sequía | UQ eSpace [18] |
Polarella glacialis CCMP2088 | Dinoflagelado | Psicrófilo, Ártico | 2,65 Gb (diploide), 1,30 Gbp (haploide) | 51,713 | Universidad de Queensland | 2020 [17] | Sequía | UQ eSpace [18] |
Cepa Plasmodium berghei : Anka | Apicomplexan | Paludismo de conejo | 18,5 Mb [19] | 4.900; [19] 11.654 (UniProt) | ||||
Plasmodium chabaudi | Apicomplexan | Paludismo en roedores | 19,8 Mb [20] | 5.000 [20] | ||||
Plasmodium falciparum Clon: 3D7 | Apicomplexan | Patógeno humano ( malaria ) | 22,9 Mb | 5.268 [21] | Consorcio del Proyecto Genoma de la Malaria | 2002 [21] | ||
Plasmodium knowlesi | Apicomplexan | Patógeno de primates (malaria) | 23,5 Mb | 5.188 [22] | 2008 [22] | |||
Plasmodium vivax | Apicomplexan | Patógeno humano (malaria) | 26,8 Mb | 5.433 [23] | 2008 [23] | |||
Plasmodium yoelii yoelii Cepa: 17XNL | Apicomplexan | Patógeno de roedores (malaria) | 23,1 Mb | 5.878 [24] | TIGR y NMRC | 2002 [24] | ||
Symbiodinium microadriaticum (clado A) | Dinoflagelado | Simbionte de coral | 1,1 Gb | 49,109 | Universidad de Ciencia y Tecnología Rey Abdullah | 2016 [25] | Sequía | Reef Genomics [26] |
Symbiodinium A3 cepa Y106 ( Symbiodinium sp.CladeA3) | Dinoflagelado | simbionte | Desconocido (tamaño de ensamblaje 0,77 Gb) | 69,018 | Instituto de Ciencia y Tecnología de Okinawa | 2018 [6] | Sequía | OIST Marine Genomics [3] |
Tetrahymena thermophila | Ciliate | Organismo modelo | 104 Mb | 27.000 [27] | 2006 [27] | |||
Theileria annulata Ankara clon C9 | Apicomplexan | Patógeno del ganado | 8,3 Mb | 3.792 | Sanger | 2005 [28] | ||
Theileria parva Variedad: Muguga | Apicomplexan | Patógeno del ganado ( fiebre de la costa oriental africana ) | 8,3 Mb | 4.035 [29] | TIGR y el Instituto Internacional de Investigación Ganadera | 2005 [29] | ||
Cepas de Toxoplasma gondii GT1, ME49, VEG | Apicomplexan | Patógeno de mamíferos | 63 Mb (RefSeq) | 8.100 (UniProt) - 9.000 (EuPathDB) | J. Craig Venter Inst., TIGR, UPenn. | 2008 [30] |
Amebozoos
Los amebozoos son un grupo de protistas ameboides móviles , los miembros de este grupo se mueven o se alimentan mediante proyecciones temporales, llamadas pseudópodos . El miembro más conocido de este grupo es el moho limoso que ha sido estudiado durante siglos; otros miembros incluyen Archamoebae , Tubulinea y Flabellinea . Algunas amebozas causan enfermedades.
Organismo | Tipo | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización |
---|---|---|---|---|---|---|
Dictyostelium discoideum Cepa: AX4 | Moho de fango | Organismo modelo | 34 Mb | 12,500 [31] | Consorcio de la Universidad de Colonia, la Facultad de Medicina Baylor y el Centro Sanger | 2005 [31] |
Entamoeba histolytica HM1: IMSS | Protozoario parásito | Patógeno humano ( disentería amebiana ) | 23,8 Mb | 9,938 [32] | TIGR, Sanger Institute y London School of Hygiene and Tropical Medicine | 2005 [32] |
Polysphondylium pallidum Cepa: PN500 | Moho de fango | Organismo modelo | 12,939, [33] 12,350 (UniProt) | Instituto Leibniz para la Investigación de la Edad | 2009 [33] |
Cromista
Los Chromista son un grupo de protistas que contiene los filos de algas Heterokontophyta ( stramenopiles ), Haptophyta y Cryptophyta . Los miembros de este grupo se estudian principalmente por interés evolutivo.
Organismo | Tipo | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización |
---|---|---|---|---|---|---|
Albugo laibachii | Oomiceto | Parásito Arabidopsis, biotrofo | 37 Mb [34] | 13.032 [34] | 2011 [34] | |
Aureococcus anophagefferens Cepa: CCMP1984 | Pelagophyte | Instituto Conjunto del Genoma del DOE | 2011 [35] | |||
Bigelowiella natans | Cloraracniófito | Organismo modelo | nucleomorfo : 0,331 Mb nuclear: 95 Mb | nucleomorfo : 373 [36] nuclear:> 21.000 [37] | nucleomorfo : Hall Institute Australia , Univ. Melbourne, Univ. BC nuclear: Universidad de Dalhousie, Halifax, Nueva Escocia, Canadá | 2006, [36] 2012 [37] |
Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 | Cryptophyta | 2012 [38] | ||||
Cryptomonas paramecium | Cryptophyta | 2010 [39] | ||||
Emiliania huxleyi CCMP1516 | Cocolitóforo ( fitoplancton ) | 141,7 Mb [40] | 30,569 [40] | Instituto Conjunto del Genoma | 2013 [40] | |
Emiliania huxleyi RCC1217 | Cocolitóforo ( fitoplancton ) | Disponible para descargar [41] | ||||
Fragilariopsis cylindrus | Diatomea | 61,1 Mb [42] | 21.066 [42] | Instituto Conjunto del Genoma | 2017 [42] | |
Guillardia theta | Cryptomonad | Organismo modelo | 0,551 Mb ( solo genoma nucleomorfo ) 87 Mb (genoma nuclear) | nucleomorfo: 465 [43] 513, 598 (UniProt) nuclear:> 21.000 [37] | nucleomorfo: Instituto Canadiense de Investigación Avanzada, Philipps-University Marburg y la Universidad de Columbia Británica nuclear: Universidad de Dalhousie, Halifax, Nueva Escocia, Canadá | 2001, [43] 2012 [37] |
Hemiselmis andersenii CCMP7644 | Cryptomonad | Organismo modelo | 0,572 Mb ( solo genoma nucleomorfo ) | 472, [44] 502 (UniProt) | Instituto Canadiense de Investigaciones Avanzadas | 2007 [44] |
Hyaloperonospora arabidopsidis | Oomiceto | biotrofo obligado , patógeno de Arabidopsis | WUGSC | 2010 [45] | ||
Nannochloropis gaditana Cepa: CCMP526 | Eustigmatofito | Aplicaciones biotecnológicas productoras de lípidos | Instituto de Bioinformática de Virginia | 2012 [46] | ||
Phaeodactylum tricornutum Cepa: CCAP1055 / 1 | Diatomea | 27,4 Mb | 10,402 | Instituto Conjunto del Genoma | 2008 [47] | |
Phytophthora infestans Cepa: T30-4 | Oomiceto | Patógeno de la Gran Hambruna de Irlanda | Instituto amplio | 2009 [48] | ||
Phytophthora ramorum | Oomiceto | Patógeno de muerte súbita del roble | 65 Mb (7 aumentos) | 15,743 | Joint Genome Institute et al. | 2006 [49] |
Phytophthora sojae | Oomiceto | Patógeno de la soja | 95 Mb (9 aumentos) | 19.027 | Joint Genome Institute et al. | 2006 [49] |
Multiserie de pseudo-nitzschia | Diatomea | Instituto Conjunto del Genoma | ||||
Plasmodiophora brassicae | Plasmodioforido | Enfermedad clubroot patógeno | 25,5 Mb | 9,730 | SLU Uppsala y col. | 2015 [50] |
Pythium ultimum | Oomiceto | patógeno vegetal omnipresente | 42,8 Mb | 15,290 | Universidad Estatal de Michigan y col. | 2010 [51] |
Thalassiosira pseudonana Cepa: CCMP 1335 | Diatomea | 34,5 Mb | 11,242 [52] | Instituto Conjunto del Genoma y la Universidad de Washington | 2004 [52] |
Excavata
Excavata es un grupo de protistas simbióticos y de vida libre relacionados; incluye Metamonada , Loukozoa , Euglenozoa y Percolozoa . Se investigan por su papel en las enfermedades humanas.
Organismo | Tipo | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización |
---|---|---|---|---|---|---|
Giardia enterica (conjunto B de G. duodenalis) | Protozoario parásito | Patógeno humano ( giardiasis ) | 11,7 Mb | 4.470 [53] | colaboración multicéntrica | 2009 [53] |
Giardia duodenalis ATCC 50803 (conjunto A de Giardia duodenalis ) | Protozoario parásito | Patógeno humano ( giardiasis ) | 11,7 Mb | 6.470, [54] 7.153 (UniProt) | Karolinska Institutet, Laboratorio de Biología Marina | 2007 [54] |
Leishmania braziliensis MHOM / BR / 75M2904 | Protozoario parásito | Patógeno humano ( leishmaniasis ) | 33 Mb | 8.314 [55] | Instituto Sanger , Universidade de São Paulo, Imperial College | 2007 [55] |
Leishmania infantum JPCM5 | Protozoario parásito | Patógeno humano ( leishmaniasis visceral ) | 33 Mb | 8.195 [55] | Sanger Institute, Imperial College y University of Glasgow | 2007 [55] |
Variedad de Leishmania major : Friedlin | Protozoario parásito | Patógeno humano ( leishmaniasis cutánea ) | 32,8 Mb | 8.272 [56] | Instituto Sanger y Instituto de Investigación Biomédica de Seattle | 2005 [56] |
Naegleria gruberi | ameboflagelado | Se separó de otros eucariotas hace más de mil millones de años. | 41 Mb [57] | 15.727 [57] | 2010 [57] | |
tricomonas vaginalis | Protozoario parásito | Patógeno humano ( tricomoniasis ) | 160 Mb | 59.681 [58] | TIGR | 2007 [58] |
Trypanosoma brucei Cepa: TREU927 / 4 GUTat10.1 | Protozoario parásito | Patógeno humano ( enfermedad del sueño ) | 26 Mb | 9.068 [59] | Instituto Sanger y TIGR | 2005 [59] |
Trypanosoma cruzi Cepa: CL Brener TC3 | Protozoario parásito | Patógeno humano ( enfermedad de Chagas ) | 34 Mb | 22.570 [60] | TIGR, Instituto de Investigación Biomédica de Seattle y Universidad de Uppsala | 2005 [60] |
Opistocontos, basales
Los opistocontes son un grupo de eucariotas que incluye tanto animales como hongos , así como grupos basales que no se clasifican en estos grupos. Estos opistocontos basales se clasifican razonablemente como protistas e incluyen coanoflagelados , que son el grupo de animales hermanos o casi hermanos.
Organismo | Tipo | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización |
---|---|---|---|---|---|---|
Monosiga brevicollis | Choanoflagelado | pariente cercano de los metazoos | 41,6 Mb | 9.200 [61] | Instituto Conjunto del Genoma | 2007 [61] |
Ver también
- Lista de genomas bacterianos secuenciados
- Lista de genomas animales secuenciados
- Lista de genomas eucariotas secuenciados
- Lista de genomas de hongos secuenciados
- Lista de genomas de plantas secuenciados
- Lista de genomas de algas secuenciados
Referencias
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