Lokiarchaeota
Lokiarchaeota es un filo propuesto de Archaea . [1] El phylum incluye a todos los miembros del grupo anteriormente denominado Deep Sea Archaeal Group (DSAG), también conocido como Marine Benthic Group B (MBG-B). Un análisis filogenético reveló una agrupación monofilética de Lokiarchaeota con los eucariotas . El análisis reveló varios genes con funciones relacionadas con la membrana celular . La presencia de tales genes apoya la hipótesis de un huésped arqueal para la aparición de los eucariotas; los escenarios de tipo eocitario .
Lokiarchaeota se introdujo en 2015 después de la identificación de un genoma candidato en un análisis metagenómico de una muestra de sedimentos oceánicos. Este análisis sugiere la existencia de un género de vida unicelular denominado Lokiarchaeum . La muestra se tomó cerca de un respiradero hidrotermal en un campo de respiraderos conocido como el Castillo de Loki ubicado en la curva entre la cordillera Mohns /Knipovitch en el Océano Ártico . [2]
Se analizaron los sedimentos de un núcleo de gravedad tomado en 2010 en el valle del rift en la cresta Knipovich en el Océano Ártico, cerca del sitio de ventilación hidrotermal del llamado Castillo de Loki . Se sometieron a análisis metagenómicos horizontes de sedimentos específicos, que previamente se había demostrado que contenían una gran abundancia de nuevos linajes de arqueas [3] [4] . Debido a la baja densidad de células en el sedimento, la secuencia genética resultante no proviene de una célula aislada, como sería el caso de un análisis convencional, sino que es una combinación de fragmentos genéticos. [5] El resultado fue un genoma compuesto 92% completo, 1,4 veces redundante llamado Lokiarchaeum . [2]
El análisis metagenómico determinó la presencia del genoma de un organismo en la muestra. [2] Sin embargo, el organismo en sí no se cultivó hasta años después, y un grupo japonés informó por primera vez sobre el aislamiento y cultivo de una cepa de Lokiarcheota en 2019. [6]
El filo Lokiarchaeota se propuso sobre la base de análisis filogenéticos utilizando un conjunto de genes codificadores de proteínas altamente conservados. [2] A través de una referencia al complejo de ventilación hidrotermal del que se originó la primera muestra del genoma, el nombre se refiere a Loki , el dios nórdico que cambia de forma. [5] El Loki de la literatura ha sido descrito como "una figura asombrosamente compleja, confusa y ambivalente que ha sido el catalizador de innumerables controversias académicas sin resolver", [7] una analogía con el papel de Lokiarchaeota en los debates sobre el origen de los eucariotas . . [2]
El genoma compuesto de Lokiarchaeum consta de 5.381 genes que codifican proteínas . De estos, aproximadamente el 32% no corresponde a ninguna proteína conocida, el 26% se parece mucho a las proteínas arqueológicas y el 29% corresponde a proteínas bacterianas. Esta situación es coherente con: (i) las proteínas de un filo nuevo (con pocos parientes cercanos, o ninguno) que son difíciles de asignar a su dominio correcto ; y (ii) investigaciones existentes que sugieren que ha habido una importante transferencia de genes entre dominios entre bacterias y Archaea.
