MetaboLights
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MetaboLights
Contenido
DescripciónBase de datos de metabolómica
Tipos de datos capturadosmetabolitos de diferentes especies, estructura de metabolitos, propiedades químicas, sinónimos, protocolos experimentales, taxonomía, reacciones, vías, espectros de RMN , espectros de masas
Contacto
Centro de InvestigaciónLaboratorio Europeo de Biología Molecular
LaboratorioReino Unido Instituto Europeo de Bioinformática
Cita primariaPMID  23109552
Acceso
Sitio webhttp://www.ebi.ac.uk/metabolights/
URL de descargahttp://www.ebi.ac.uk/metabolights/download
Instrumentos
WebSitio web de MetaboLights
Diverso
Frecuencia de publicación de datosEn Vivo
Política de curaciónCurada manualmente

MetaboLights [1] es un repositorio de datos fundado en 2012 para estudios metabolómicos entre especies y plataformas que proporciona datos de investigación primarios y metadatos para estudios metabolómicos, así como una base de conocimientos para las propiedades de metabolitos individuales . [2] [3] [4] La base de datos es mantenida por el Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI) y el desarrollo está financiado por el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC). [5] [6] En julio de 2018, la funcionalidad de exploración de MetaboLights consta de 383 estudios, dos plataformas analíticas, espectroscopia de RMN yespectrometría de masas . [7]

La anotación semántica se basa en varias ontologías y vocabularios controlados, incluida la ontología de tejidos BRENDA y la taxonomía NCBI . Los datos de la estructura del metabolito están vinculados a bases de datos químicas, incluidas ChemSpider , PubChem y ChEBI . Sin embargo, parece que faltan enlaces a las bases de datos de metabolitos.

MetaboLights consta de dos componentes:

  • un repositorio que permite a la comunidad metabolómica compartir hallazgos experimentales, datos y protocolos para cualquier estudio metabolómico. (Figura 1-2)
Figura 2 Protocolo de estudio de MetaboLights
  • una capa de referencia de compuestos de metabolitos individuales y sus espectros de referencia, incluida información adicional sobre sus funciones biológicas, ubicaciones, concentraciones y datos brutos de experimentos metabolómicos. (Fig. 3)
Fig.3 Página de metabolitos

Alcance y acceso

Los datos almacenados en MetaboLights están disponibles para su descarga desde un sitio FTP y pueden ser reutilizados por la comunidad científica, donde el intercambio de datos se considera una parte integral del método científico . [8] Sin embargo, la información sobre derechos de autor y licencias no es fácilmente identificable.

MetaboLights incluye herramientas de usuario para el envío de experimentos utilizando el formato ISA-TAB para el etiquetado de metadatos de todos los envíos. [9] A los estudios presentados se les asigna automáticamente un número de acceso único y estable (por ejemplo, MTBLS1) que puede utilizarse como referencia de publicación; MetaboLights es uno de los repositorios recomendados por varias revistas científicas , incluidas EMBO Journal [10] y Nature 's Scientific Data . [11] También hay un proceso de envío guiado para ayudar a cumplir con las recomendaciones de la Metabolomics Standards Initiative (MSI) para el envío de datos de alta calidad para experimentos de RMN y EM. [12]

Referencias

  1. ^ Haug, K .; Salek, RM; Conesa, P .; Hastings, J .; De Matos, P .; Rijnbeek, M .; Mahendraker, T .; Williams, M .; Neumann, S .; Rocca-Serra, P .; Maguire, E .; González-Beltrán, A .; Sansone, S.-A .; Griffin, JL; Steinbeck, C. (2012). "Metabo Lights : un repositorio de uso general de acceso abierto para estudios de metabolómica y metadatos asociados" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (Problema de la base de datos): D781 – D786. doi : 10.1093 / nar / gks1004 . PMC 3531110 . PMID 23109552 .  
  2. ^ Sansone, Susanna-Assunta; Rocca-Serra, Philippe; Campo, amanecer; Maguire, Eamonn; Taylor, Chris; Hofmann, Oliver; Fang, Hong; Neumann, Steffen; Tong, Weida; Amaral-Zettler, Linda; et al. (27 de enero de 2012). "Hacia datos biocientíficos interoperables" . Genética de la naturaleza . 44 (2): 121-126. doi : 10.1038 / ng.1054 . PMC 3428019 . PMID 22281772 .  
  3. ^ Haug, Kenneth; Salek, Reza M .; Conesa, Pablo; Mahendraker, Tejasvi; Williams, Mark; Griffin, Julian L .; Steinbeck, Christoph. "MetaboLights - La nueva base de datos EBI Metabolomics" (19). MetaboNews . Consultado el 5 de mayo de 2015 .
  4. ^ Salek, Reza M; Haug, Kenneth; Conesa, Pablo; Hastings, Janna; Williams, Mark; Mahendraker, Tejasvi; Maguire, Eamonn; GonzÌÁlez-BeltrÌÁn, Alejandra N; Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta (29 de abril de 2013). "El repositorio de MetaboLights: desafíos de curación en metabolómica" . Base de datos . 2013 : bat029. doi : 10.1093 / base de datos / bat029 . PMC 3638156 . PMID 23630246 .  
  5. ^ BBSRC Grant BB / I000933 / 1 "MetaboLights: Creación del recurso comunitario de metabolómica que falta", http://www.bbsrc.ac.uk/research/grants/grants/AwardDetails.aspx?FundingReference=BB/I000933/1
  6. ^ Impulso de £ 30,000 para el intercambio de datos de metabolómica entre el Reino Unido y China , Sala de redacción de científicos asiáticos, 2015 , consultado el 11 de junio de 2015
  7. ^ "Examinar" .
  8. ^ Salek, RM; Haug, K .; Steinbeck, C. (17 de mayo de 2013). "Difusión de los resultados de la metabolómica: papel de MetaboLights y COSMOS" . Gigascience . 2 (1): 8. doi : 10.1186 / 2047-217X-2-8 . PMC 3658998 . PMID 23683662 .  
  9. ^ Rocca-Serra, Philippe; Brandizi, Marco; Maguire, Eamonn; Sklyar, Nataliya; Taylor, Chris; Begley, Kimberly; Campo, amanecer; Harris, Stephen; Hide, Winston; Hofmann, Oliver; Neumann, Steffen; Sterk, Peter; Tong, Weida; Sansone, Susanna-Assunta (2 de agosto de 2010). "Paquete de software ISA: admite anotaciones experimentales que cumplen con los estándares y permite la curación a nivel de la comunidad" . Bioinformática . 26 (18): 2354–2356. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq415 . PMC 2935443 . PMID 20679334 .  
  10. ^ Directrices para autores, http://emboj.embopress.org/authorguide
  11. ^ Repositorios de datos recomendados, http://www.nature.com/sdata/data-policies/repositories
  12. ^ Sansone, Susanna-Assunta; Fan, Teresa; Goodacre, Royston; Griffin, Julian L; Hardy, Nigel W; Kaddurah-Daouk, Rima; Kristal, Bruce S; Lindon, John; Mendes, Pedro; et al. (Agosto de 2007). "La iniciativa de estándares de metabolómica" . Biotecnología de la naturaleza . 25 (8): 846–848. doi : 10.1038 / nbt0807-846b . PMID 17687353 . 

enlaces externos

  • Página web oficial
  • Tutorial de MetaboLights - Tren de MetaboLights en línea
  • Banco de datos de resonancia magnética biológica : un depósito para espectroscopia de RMN
  • http://isa-tools.org/ - El formato de investigación / estudio / ensayo para informar metadatos
  • Iniciativa estándar de metabolitos - (Correspondencia) Nature Biotechnology 25 : 2007. doi 10.1038 / nbt0807-846b .
  • Datos científicos de la naturaleza : publicación en línea de acceso abierto para descripciones de conjuntos de datos valiosos desde el punto de vista científico.
  • http://metabolomexchange.org/- Colaboración internacional de repositorios de datos metabolómicos.
  • http://services.cbib.u-bordeaux2.fr/MERYB/ - Base de conocimientos sobre metabolómica de plantas.
  • http://www.metabolomicsworkbench.org/ - Repositorio nacional e internacional de datos y metadatos metabolómicos.
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