El BTO [1] ( BRENDA T edición Ontology ) representa una enciclopedia estructurada completa . Proporciona términos, clasificaciones y definiciones de tejidos , órganos , estructuras anatómicas, partes de plantas, cultivos celulares , tipos de células y líneas celulares de organismos de todos los grupos taxonómicos ( animales , plantas , hongos , protozoos ) como fuentes de enzimas. La información está conectada a los datos funcionales en BRENDA ("BRaunschweig ENzyme DAbase“)[2] sistema de información de enzimas .
BTO es una de las primeras ontologías específicas de tejido en las ciencias de la vida , no restringida a un organismo específico o un grupo de organismos específico que proporciona un acceso fácil de usar a la amplia gama de información de tejidos y tipos de células. Bases de datos, como Ontology Lookup Service o ses, como MIRIAM Registry o del EBI-EMBL , el TissueDistributionDB , incluida la Tissue Synonym Library del German Cancer Research Center (DKFZ) en Heidelberg o la plataforma Bioportal del National Center for Biomedical Ontologíaen Stanford, EE. UU. confían en BTO e implementan la enciclopedia como un repositorio esencial de información en su plataforma respectiva.
BTO permite a los usuarios de la investigación médica y las ciencias farmacéuticas buscar la aparición y detección histológica de enzimas relacionadas con enfermedades en los tejidos, que desempeñan un papel importante en el diagnóstico , las terapias y el desarrollo de fármacos . En bioquímica y biotecnología , los términos de tejido específicos del organismo vinculados a los datos funcionales de las enzimas son un recurso importante para la comprensión del metabolismo y la regulación en las ciencias de la vida. Las ontologías representan sistemas de clasificación que proporcionan vocabularios controlados y estructurados. [3] Son herramientas importantes para ilustrar y vincular correlaciones evolutivas.
El desarrollo de BTO comenzó en 2003, con el objetivo de conectar los datos bioquímicos y de enzimas biológicas moleculares de BRENDA con una colección jerárquica y estandarizada de términos específicos de tejidos. La información y los datos de enzimas funcionales en BRENDA han sido anotados y estructurados manualmente por expertos en bioquímica, biología y química. Para octubre de 2019, el BTO contenía más de 6042 términos, vinculados a 5173 sinónimos y 5074 definiciones. Los términos se clasifican en categorías genéricas, reglas y formatos del Gene Ontology Consortium (GO, [4] ), organizados como un gráfico acíclico dirigido (DAG) creado con OBO-Edit de código abierto . [5]Todos los términos de cada nivel están directamente conectados a los datos de enzimas en BRENDA. BTO es una herramienta adecuada para distinguir entre diferentes enzimas que se expresan de manera específica de tejido.
BTO se basa en los datos integrales específicos de enzimas del sistema de información de enzimas BRENDA. Actualmente (octubre de 2019) se almacenan en BRENDA 112 200 datos específicos de enzimas, organismos y tejidos de más de 11 000 proteínas. Estas entradas se anotaron manualmente a partir de más de 150 000 referencias bibliográficas diferentes. Todos los términos en BTO se evalúan y clasifican según el formato OBO y están conectados por relaciones específicas. Cada término es una entrada distinta dentro de la ontología y se asigna automáticamente a un identificador BTO único (BTO-ID). Los BTO-ID sirven como números de acceso estables para crear referencias cruzadas a otras bases de datos bioquímicas externas. Otros términos específicos de tejidos y tipos de células de bases de datos externas (p. ej ., UniProt ) están integrados en BTO.
Los niveles adicionales se definen debajo de las categorías principales (= nodos), clasificando el "padre", "hijo" y "nieto", todos conectados a través de relaciones específicas (= bordes)