La Base de Datos de Interacción Pathway (PID) es una base de datos biomédica libre de vías de señalización celular humanos. [1] La base de datos contiene información sobre las interacciones y reacciones moleculares que tienen lugar en las células, con un enfoque particular en los procesos que podrían ser relevantes para la investigación y el tratamiento del cáncer. La base de datos se estableció como colaboración entre el Instituto Nacional del Cáncer de EE. UU. , NIH y Nature Publishing Group en 2005 y se lanzó en noviembre de 2006. En septiembre de 2012, se detuvo la curación activa y los datos PID ahora están disponibles en Network Data Exchange, NDEx .
Contenido | |
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Descripción | Base de datos de interacción de vías. |
Contacto | |
Laboratorio | Instituto Nacional del Cáncer NIH Nature Publishing Group |
Cita primaria | Schaefer & al. (2009) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2005 |
Acceso | |
Estándares | BioPAX |
Formato de datos | XML |
Sitio web | http://www.ndexbio.org |
Contenido de la base de datos
En noviembre de 2007, la base de datos contenía 59 vías (que comprendían 3309 interacciones moleculares) seleccionadas por el equipo editorial de NCI-Nature. Cada mes se agregan nuevas vías. La base de datos también contiene 254 vías (que comprenden 3003 interacciones) importadas de la edición de junio de 2004 de la base de datos de vías de BioCarta .
Los datos seleccionados por NCI-Nature se recopilan de la literatura de investigación publicada y son revisados por científicos expertos antes de su publicación. Se asignan códigos de evidencia a cada interacción molecular, lo que permite a los usuarios evaluar la confiabilidad de las interacciones o buscar interacciones identificadas por técnicas experimentales particulares.
Salida y descarga de datos
El contenido de la base de datos se puede ver en rutas predefinidas e independientes. La base de datos también puede generar dinámicamente redes de interacción para visualizar los resultados de las búsquedas en la base de datos. Las rutas y las redes generadas dinámicamente se muestran en imágenes GIF y SVG y se pueden descargar como XML (incluido el formato de intercambio de rutas estándar, BioPAX ). La base de datos completa también está disponible para su descarga.
Ver también
Referencias
- ↑ a b Schaefer, Carl F; Anthony Kira; Krupa Shiva; Buchoff Jeffrey; Día Mateo; Hannay Timo; Buetow Kenneth H (enero de 2009). "PID: la base de datos de interacción de vías" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 37 (Problema de la base de datos): D674-9. doi : 10.1093 / nar / gkn653 . PMC 2686461 . PMID 18832364 .