Negativicutes

Clase de bacteria

Negativicutes
clasificación cientifica
Dominio:	Bacterias
Filo:	Firmicutes
Clase:	Negativicutes Marchandin et al. 2010
Órdenes y familias
Selenomonadales Marchandin et al. 2010 enmienda. Campbell y col. 2015 Selenomonadaceae Campbell et al. 2015 Sporomusaceae Campbell y col. 2015 Acidaminococcales Campbell et al. 2015 Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 enmienda. Campbell y col. 2015 Veillonellales Campbell y col. 2015 Veillonellaceae Rogosa 1969 enmienda. Campbell y col. 2015

Los Negativicutes son una clase de bacterias del filo Firmicutes , cuyos miembros tienen una pared celular peculiar con una membrana externa de lipopolisacárido que tiñe gramnegativos , a diferencia de la mayoría de los otros miembros de Firmicutes . ^[1] Aunque varias especies vecinas de Clostridia (bacterias firmicute) también tiñen gramnegativas, las proteínas responsables de la estructura inusual de diderm de los Negativicutes pueden haber sido adquiridas lateralmente de Proteobacteria . ^{[1] [2] [3][4]} Se requiere investigación adicional para confirmar el origen de la envoltura celular diderm en los Negativicutes.

La mayoría de los miembros de esta clase son anaerobios obligados y se encuentran en hábitats como ríos, lagos e intestinos de vertebrados. Van desde formas esféricas, como Megasphaera y Veillonella , hasta varillas curvas, tipificadas por las selenomonads . Selenomonas tiene una forma de media luna característica, con flagelos insertados en el lado cóncavo, mientras que Sporomusa es similar, pero no móvil. Sus nombres se refieren a esta morfología distintiva: selene significa luna y musa significa plátano . ^[5]

Taxonomía

La clase actualmente consta de 32 géneros con nombres válidos en tres órdenes y cuatro familias. ^{[6] [7]} Los órdenes Veillonellales y Acidaminococcales contienen cada uno una sola familia, Veillonellaceae y Acidaminococcaceae , respectivamente, mientras que el orden Selenomonadales contiene dos familias, Selenomonadaceae y Sporomusaceae. ^[7]

Firmas moleculares

Históricamente, los Negativicutes consistieron en un solo orden, los Selenomonadales, y dos familias, Veillonellaceae y Acidaminococcaceae, basadas en la similitud de la secuencia del gen 16S rRNA. ^{[8] [9]} Sin embargo, estos grupos no incluyeron a varios miembros dentro de los Negativicutes que se ramificaron fuera de las dos familias. La vista taxonómica actual incluye a estos miembros que han sido válidamente asignados a las familias Selenomonadaceae y Sporomusaceae dentro del orden Selenomonadales enmendado. ^[7] Marcadores moleculares en forma de indeles de firma conservados(CSI) y proteínas (CSP) justifican las actuales divisiones taxonómicas. Estos marcadores moleculares se encuentran en cada rango taxonómico y su distribución está de acuerdo con la ramificación filogenética observada. ^{[10] [11]}

Muchos trabajos han implicado que los Negativicutes deben reclasificarse como un orden dentro de la clase Clostridia , basándose en una ramificación filogenética cercana, y la observación de que los miembros formadores de esporas de los Negativicutes comparten genes de esporulación similares a los Clostridia, y que ambos tiñen gram- negativo. ^{[10] [11]} Sin embargo, la heterogeneidad de miembros dentro de los Negativicutes, así como la distribución de firmas moleculares, apoya la opinión de que los Negativicutes son de hecho una clase independiente dentro de los Firmicutes, con Clostridia como sus vecinos filogenéticos más cercanos. ^{[9] [11] [12] [13]}Además, se ha descubierto que varios CSI y CSP se comparten de forma única entre todos los Negativicutes, mientras que no se ha encontrado ningún CSI compartido por Negativicutes y Clostridia . ^[7]

Filogenia

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN) ^[14] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) ^[15]

• Selenomonadales Marchandin et al. 2010 enmienda. Campbell y col. 2015
  • Selenomonadaceae Campbell et al. 2015
    • Anaerovibrio Hungate 1966
    • Centipeda (bacteria) Lai et al. 1983
    • Megamonas Shah y Collins 1983
    • Mitsuokella Shah y Collins 1983
    • Pectinatus Lee y col. 1978 enmienda. Juvonen y Suihko 2006
    • Propionispira Schink y col. 1983
    • Schwartzia van Gylswyk y col. 1997
    • Selenomonas von Prowazek 1913
    • Zymophilus Schleifer y col. 1990
  • Sporomusaceae Campbell y col. 2015
    • Acetonema Kane y Breznak 1992
    • Anaeroarcus Strömpl y col. 1999
    • Anaeromusa Baena y col. 1999
    • Anaerosinus Strömpl y col. 1999
    • Anaerospora ♠ Woo et al. 2005
    • Dendrosporobacter Strömpl et al. 2000
    • Desulfosporomusa ♠ Sass et al. 2004
    • Pelosinus Shelobolina et al. 2007
    • Propionispora Biebl y col. 2001
    • Psychrosinus ♠ Sattley et al. 2008
    • Sporolituus Ogg y Patel 2009
    • Sporomusa Möller y col. 1985
    • Thermosinus Sokolova y col. 2004
• Acidaminococcales Campbell et al. 2015
  • Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 enmienda. Campbell y col. 2015
    • Acidaminococcus Rogosa 1969 enmienda. Jumas-Bilak y col. 2007
    • Phascolarctobacterium Del Dot et al. 1994
    • Succiniclasticum van Gylswyk 1995
    • Succinispira Janssen y O'Farrell 1999
• Veillonellales Campbell y col. 2015
  • Veillonellaceae Rogosa 1969 enmienda. Campbell y col. 2015
    • Allisonella Garner y col. 2003
    • Anaeroglobus Carlier et al. 2002
    • Dialister (ex Bergey et al. 1923) Moore y Moore 1994 enmendan. Morotomi y col. 2008
    • Megasphaera Rogosa 1971 enmienda. Marchandin y col. 2003
    • Negativicoccus Marchandin et al. 2010
    • Veillonella Prévot 1933 enmienda. Mays y col. mil novecientos ochenta y dos
• Desclasificado
  • • Quinella ♪ Krumholz y col. 1993

Acidaminococcaceae   Succinispira mobilis Janssen y O'Farrell 1999       Acidaminococcus Rogosa 1969 enmienda. Jumas-Bilak y col. 2007       Phascolarctobacterium faecium Del Dot et al. 1994 (tipo sp.)     Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012     Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995         Veillonellaceae   ? Anaerospora hongkongensis ♠ Woo et al. 2005     ? Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass et al. 2004     ? Psychrosinus fermentans ♠ Sattley et al. 2008     ? Quinella ovalis ♪ Krumholz et al. 1993 (Óvalo de Quin)     ? Sporotalea colonica ♠ Ezaki et al. 2008     Sporomusa Möller y col. 1985           Sporolituus thermophilus Ogg y Patel 2009     Thermosinus carboxydivorans Sokolova et al. 2004         Veillonella Prévot 1933 enmienda. Mays y col. mil novecientos ochenta y dos       Megasphaera [incl. Anaeroglobus geminatus ]       Negativicoccus succinicivorans Marchandin et al. 2010     Dialister [incl. Allisonella histaminiformans ]               Anaeromusa acidaminophila Baena et al. 1999     Anaeroarcus burkinensis (Ouattara et al. 1992) Strömpl et al. 1999           Acetonema longum Kane y Breznak 1992     Pelosinus Shelobolina et al. 2007         Propionispora Biebl y col. 2001       Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich et al. 1971) Strömpl et al. 2000       Anaerosinus glycerini (Schauder y Schink 1996) Strömpl et al. 1999         Propionispira arboris Schink y col. 1983     Zymophilus Schleifer y col. 1990           Megamonas Shah y Collins 1983     Pectinatus Lee y col. 1978 enmienda. Juvonen y Suihko 2006         Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966     Selenomonas [incl. Schwartzia succinivorans , Centipeda periodontii y Mitsuokella ]

Notas:
♠ Cepas encontradas en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), pero que no figuran en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN)
♪ Procariotas donde no hay cultivos puros ( axénicos ) aislados o disponibles, es decir, no cultivados o no se puede sostener en cultivo por más de unos pocos pasajes en serie

Referencias

1. Sutcliffe IC (2010). "Una perspectiva de nivel de phylum en la arquitectura de la envoltura de células bacterianas" . Trends Microbiol . 18 (10): 464–470. doi : 10.1016 / j.tim.2010.06.005 . PMID  20637628 .
2. Gupta RS (2011). "Origen de las bacterias diderm (Gram-negativas): la presión de selección de antibióticos en lugar de la endosimbiosis probablemente condujo a la evolución de células bacterianas con dos membranas" . Antonie van Leeuwenhoek . 100 (2): 171–182. doi : 10.1007 / s10482-011-9616-8 . PMC 3133647 . PMID 21717204 .  
3. Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). "El análisis comparativo del proteoma de Acidaminococcus intestini apoya una relación entre la biogénesis de la membrana externa en Negativicutes y Proteobacteria" (PDF) . Arch Microbiol . 196 (4): 307–310. doi : 10.1007 / s00203-014-0964-4 . PMID 24535491 .  
4. Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). "Remodelación de peptidoglicanos y conversión de una membrana interna en una membrana externa durante la esporulación" . Celular . 146 (5): 799–812. doi : 10.1016 / j.cell.2011.07.029 . PMC 3176627 . PMID 21884938 .  
5. Marchandin, H .; Teyssier, C .; Campos, J .; Jean-Pierre, H .; Roger, F .; Gay, B .; Carlier, J. -P .; Jumas-Bilak, E. (2009). "Negativicoccus succinicivorans gen. Nov., sp. Nov., aislado de muestras clínicas humanas, descripción modificada de la familia Veillonellaceae y descripción de Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. Nov. Y Acidaminococcaceae fam. Nov. En el filo bacteriano Firmicutes" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 60 (6): 1271-1279. doi : 10.1099 / ijs.0.013102-0 . PMID 19667386 . 
6. Sayers; et al. "Negativicutes" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2013 .
7. Campbell C, Adeolu M, Gupta RS (2015). "Marco taxonómico basado en el genoma para la clase Negativicutes: división de la clase Negativicutes en los órdenes Selenomonadales emend., Acidaminococcales ord. Nov. Y Veillonellales ord. Nov" . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (9): 3203–3215. doi : 10.1099 / ijs.0.000347 . PMID 25999592 . 
8. Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Hoja de ruta revisada para el filo Firmicutes. En: Manual de Bergey de bacteriología sistemática, vol. 3, 2ª ed. págs. 1-13. Eds P. De Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, FA Rainey, KH Schleifer y WB Whitman Springer-: Nueva York.
9. Marchandin H, Teyssier C, Campos J, Jean-Pierre H, Roger F, Gay B, Carlier JP, Jumas-Bilak E (2010). "Negativicoccus succinicivorans gen. Nov., Sp. Nov., Aislado de muestras clínicas humanas, descripción modificada de la familia Veillonellaceae y descripción de Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. Nov. Y Acidaminococcaceae fam. Nov. En el filo bacteriano Firmicutes" . Int J Syst Evol Microbiol . 60 (Parte 6): 1271-1279. doi : 10.1099 / ijs.0.013102-0 . PMID 19667386 . 
10. Yutin N, Galperin MY (2013). "Una actualización genómica de la filogenia clostridial: formadores de esporas Gram-negativas y otros clostridios fuera de lugar" . Environ Microbiol . 15 (10): 2631–2641. doi : 10.1111 / 1462-2920.12173 . PMC 4056668 . PMID 23834245 .  
11. Vesth T, Ozen A, Andersen SC, Kaas RS, Lukjancenko O, Bohlin J, Nookaew I, Wassenaar TM, Ussery DW (2013). "Veillonella, Firmicutes: microbios disfrazados de gramnegativos" . Stand Genomic Sci . 9 (2): 431–448. doi : 10.4056 / sigs.2981345 . PMC 4062629 . PMID 24976898 .  
12. Merchandin H, Jumas-Bilak E (2014) La familia Veillonellaceae. En: The Prokaryotes, vol. 7, 4ª ed. págs. 433–453. Eds E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt y F. Thompson Springer-: Berlín, Heidelberg.
13. Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). "Los marcos taxonómicos de SILVA y" All-Species Living Tree Project (LTP) " . Ácidos nucleicos Res . 42 (Problema de la base de datos): D643–8. doi : 10.1093 / nar / gkt1209 . PMC 3965112 . PMID 24293649 .  
14. JP Euzéby. "Negativicutes" . Lista de nombres procariotas con posición en nomenclatura (LPSN). Archivado desde el original el 27 de enero de 2013 . Consultado el 21 de octubre de 2016 .
15. Sayers; et al. "Negativicutes" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2013 .