En software de computadora , Orac es un programa clásico de dinámica molecular , para simular sistemas moleculares complejos a nivel atomístico. En 1989-1990, el código fue escrito originalmente por Massimo Marchi durante su estancia en International Business Machines ( IBM ), Kingston (EE. UU.). En 1995, el código se desarrolló más en el Centre européen de calcul atomique et moléculaire (CECAM). Está escrito en el lenguaje de programación Fortran . En 1997, fue lanzado bajo una Licencia Pública General GNU (GPL). [1] La última versión [2] de Orac se puede ejecutar en paralelo utilizando la interfaz estándar de paso de mensajes.(MPI), que permiten simulaciones de intercambio de réplicas , simulaciones de metadinámica de caminantes múltiples [3] y trayectorias de desequilibrio de dinámica molecular [4] múltiple dirigida .
Autor (es) original (es) | Massimo Marchi, Piero Procacci |
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Desarrollador (es) | CEA, Saclay, París, FR; Universidad de Florencia, IT |
Versión inicial | 1990 |
Lanzamiento estable | 5.4.1 / 2010 |
Versión de vista previa | 6.0 / 2016 |
Escrito en | Fortran |
Sistema operativo | Unix , Linux |
Plataforma | IA-32 , x86-64 , NUMA |
Disponible en | inglés |
Tipo | Dinámica molecular |
Licencia | GPL |
Sitio web | www |
Ver también
Referencias
- ↑ Procacci, P .; Darden, TA; Paci, E .; Marchi, M. (1997). "ORAC: un programa de dinámica molecular para simular sistemas moleculares complejos con interacciones electrostáticas realistas". Revista de Química Computacional . 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895 . doi : 10.1002 / (SICI) 1096-987X (19971130) 18:15 <1848 :: AID-JCC2> 3.0.CO; 2-O .
- ^ Marsili, S .; Signorini, GF; Chelli, R .; Marchi, M .; Procacci, P. (2010). "ORAC: un programa de simulación de dinámica molecular para explorar superficies de energía libre en sistemas biomoleculares a nivel atomístico" . Revista de Química Computacional . 31 (5): 1106-1116. doi : 10.1002 / jcc.21388 . PMID 19824035 .
- ^ Laio, A .; Gervasio, FL (2008). "Metadinámica: un método para simular eventos raros y reconstruir la energía libre en biofísica, química y ciencia de materiales". Informes sobre avances en física . 71 (12): 126601. Código Bibliográfico : 2008RPPh ... 71l6601L . doi : 10.1088 / 0034-4885 / 71/12/126601 .
- ^ Isralewitz, B .; Gao, M .; Schulten, K. (2001). "Dirigida la dinámica molecular y las funciones mecánicas de las proteínas". Opinión actual en biología estructural . 11 (2): 224–230. doi : 10.1016 / S0959-440X (00) 00194-9 . PMID 11297932 .
enlaces externos
- Sitio web oficial , Università di Firenze, IT