PSORT es una herramienta bioinformática utilizada para la predicción de sitios de localización de proteínas en las células . [1] [2] Recibe la información de una secuencia de aminoácidos y su taxón de origen (por ejemplo, bacterias Gram-negativas ) como entradas. Luego analiza la secuencia de entrada aplicando las reglas almacenadas para varias características de secuencia de señales de clasificación de proteínas conocidas. Finalmente, informa la posibilidad de que la proteína de entrada se localice en cada sitio candidato con información adicional.
Los investigadores que utilizan esta herramienta pueden predecir con cierto grado de razón dónde es más probable que se localice una proteína en una célula. Esto se debe a que las proteínas están localizadas por la maquinaria celular que reconoce secuencias de péptidos señal (similar a una dirección postal) y mueve la proteína a la ubicación adecuada. El péptido señal a menudo se escinde después de que se alcanza el destino. PSORT utiliza secuencias de péptidos señal conocidos para analizar y predecir qué es más probable que una secuencia de entrada cause una localización.
La localización de proteínas es importante porque respalda una función propuesta que puede tener una proteína. Por ejemplo, es de esperar que las enzimas catalasa (proteínas que convierten el peróxido en agua y oxígeno) se localicen en un peroxisoma porque es un área de alta actividad de peróxido. Al analizar una secuencia de péptido señal y la localización visual mediante la expresión de GFP , se obtienen pruebas sólidas de este papel.
El programa fue escrito por el Dr. Kenta Nakai del Centro del Genoma Humano en el Instituto de Ciencias Médicas , Universidad de Tokio , Japón y está disponible gratuitamente para todos los usuarios.
Referencia externa
Referencias
- ^ Nakai K, Horton P (enero de 1999). "PSORT: un programa para detectar señales de clasificación en proteínas y predecir su localización subcelular". Trends Biochem. Sci . 24 (1): 34–6. doi : 10.1016 / S0968-0004 (98) 01336-X . PMID 10087920 .
- ^ Gardy JL, Spencer C, Wang K y col. (Julio de 2003). "PSORT-B: mejora la predicción de localización subcelular de proteínas para bacterias Gram-negativas" . Ácidos nucleicos Res . 31 (13): 3613–7. doi : 10.1093 / nar / gkg602 . PMC 169008 . PMID 12824378 .