Las células de los organismos eucariotas se subdividen elaboradamente en compartimentos delimitados por membranas funcionalmente distintos. Algunos componentes principales de las células eucariotas son: espacio extracelular , membrana plasmática , citoplasma , núcleo , mitocondrias , aparato de Golgi , retículo endoplásmico (ER), peroxisoma , vacuolas , citoesqueleto , nucleoplasma , nucléolo , matriz nuclear y ribosomas .
Las bacterias también tienen localizaciones subcelulares que se pueden separar cuando se fracciona la célula. Las localizaciones más comunes a las que se hace referencia incluyen el citoplasma , la membrana citoplasmática (también conocida como la membrana interna en las bacterias Gram-negativas ), la pared celular (que suele ser más gruesa en las bacterias Gram-positivas ) y el entorno extracelular . El citoplasma, la membrana citoplasmática y la pared celular son localizaciones subcelulares, mientras que el ambiente extracelular claramente no lo es. La mayoría de las bacterias Gram negativas también contienen una membrana externa y un espacio periplásmico .. A diferencia de los eucariotas, la mayoría de las bacterias no contienen orgánulos unidos a la membrana; sin embargo, existen algunas excepciones (es decir, magnetosomas ). [1]
Las ubicaciones subcelulares de las proteínas determinadas experimentalmente se pueden encontrar en UniProtKB , Compartments y en algunos recursos más especializados, como la base de datos del secretoma bacteriano del ácido láctico .
También hay varias bases de datos de ubicación subcelular con predicciones computacionales , como la base de conocimiento de secretoma fúngico y proteoma subcelular - versión 2 (FunSecKB2), la base de conocimiento de secretoma vegetal y proteoma subcelular (PlantSecKB), MetazSecKB para ubicaciones subcelulares de proteínas de humanos y animales, y ProtSecKB para las ubicaciones subcelulares de proteínas de todos los protistas.