El cónclave papal de 1799–1800 siguió a la muerte del Papa Pío VI el 29 de agosto de 1799 y condujo a la selección del cardenal Barnaba Niccolò Maria Luigi Chiaramonti, quien tomó el nombre de Pío VII , el 14 de marzo de 1800. Este cónclave se celebró en Venecia y fue el último que tuvo lugar fuera de Roma. Este período estuvo marcado por la incertidumbre para el Papa y la Iglesia Católica Romana tras la invasión de los Estados Pontificios y el secuestro de Pío VI bajo el Directorio francés .
El reinado de Pío VI había estado marcado por la tensión entre su autoridad y la de los monarcas europeos y otras instituciones, tanto seculares como eclesiásticas. Esto se debió en gran parte a sus pretensiones liberales y reformadoras moderadas. Al comienzo de su pontificado prometió continuar la obra de su predecesor, el papa Clemente XIV , en cuyo breve Dominus ac Redemptor de 1773 se anunciaba la disolución de la Compañía de Jesús . Los poderes pro-jesuitas permanecieron en apoyo de Pío, creyéndolo secretamente más inclinado a la Compañía que Clemente. El archiducado de Austria resultó ser una amenaza cuando su gobernante, el emperador José II, hizo reformas internas que entraron en conflicto con parte del poder del papado. Además, los arzobispos alemanes habían mostrado independencia en el Congreso de Ems de 1786 , pero pronto se alinearon.
Al estallar la Revolución Francesa, Pío se vio obligado a ver la supresión de la Iglesia Galicana independiente , la confiscación de las posesiones pontificias y eclesiásticas en Francia, y la quema de una efigie de sí mismo por el populacho en el Palais Royal . El asesinato del agente republicano Hugo Basseville en las calles de Roma (enero de 1793) dio nuevo motivo de ofensa; la corte papal fue acusada de complicidad por la Convención Francesa , y Pío se unió a la Primera Coalición contra la Primera República Francesa .
En 1796 Napoleón Bonaparte invadió la Península Itálica , derrotó a las tropas papales y ocupó Ancona y Loreto . No continuó y conquistó Roma, como ordenó el Directorio francés , sabiendo que esto no ganaría el favor de las poblaciones francesa e italiana. Pío pidió la paz, que fue concedida en Tolentino el 19 de febrero de 1797. El Tratado de Tolentino transfirió Romaña a la recién formada República Cispadana de Bonaparte (fundada en diciembre de 1796 a partir de la fusión de Reggio , Módena , Bolonia y Ferrara) .) con la esperanza de que los franceses no siguieran persiguiendo las tierras papales. Se hicieron varias reformas en las regiones controladas por los franceses, donde se confiscaron muchas propiedades de la Iglesia.
Algunos factores llevaron a la ocupación completa de Roma por parte de los franceses. En primer lugar, la entrada del ejército ruso en el norte de Italia hizo retroceder a los franceses. En segundo lugar, el 28 de diciembre de 1797, en un motín creado por algunos revolucionarios italianos y franceses, el general francés Mathurin-Léonard Duphot de la embajada francesa fue asesinado y se proporcionó un nuevo pretexto para la invasión.
Louis Alexandre Berthier marchó a Roma, entró sin oposición el 13 de febrero de 1798 y, proclamando una República romana , exigió al Papa la renuncia a su autoridad temporal . Sus acciones estaban bajo la dirección del Gobierno francés, en ese momento el Directorio . Ante la negativa del Papa, fue hecho prisionero, y el 20 de febrero fue escoltado del Vaticano a Siena , y de allí a la Certosa , cerca de Florencia . La declaración de guerra francesa contra Fernando III, Gran Duque de Toscana, llevó a la expulsión de Pío, aunque en ese momento estaba mortalmente enfermo, a través de Parma , Piacenza ., Turín y Grenoble a la ciudadela de Valence , donde murió seis semanas después, el 29 de agosto de 1799. Napoleón no estuvo directamente implicado. Estuvo en Oriente Próximo, y no volvió a Francia hasta noviembre de 1799, donde llevó a cabo el golpe de Estado del 9 de noviembre ( 18 Brumario ).