Una etiqueta de secuencia de péptidos es un fragmento de información sobre un péptido obtenido por espectrometría de masas en tándem que puede usarse para identificar este péptido en una base de datos de proteínas . [1] [2] [3]
Espectrometría de masas
En general, los péptidos pueden identificarse fragmentándolos en un espectrómetro de masas . Por ejemplo, durante la disociación inducida por colisión, los péptidos chocan con un gas dentro del espectrómetro de masas y se rompen en pedazos en sus enlaces peptídicos . El fragmento resultante iones (llamados iones b e y-iones ) tienen diferencias de masa correspondientes a los residuos de masas de los respectivos aminoácidos . Por tanto, un espectro de masas en tándem contiene información parcial sobre la secuencia de aminoácidos del péptido. El enfoque de etiqueta de secuencia de péptidos, desarrollado por Matthias Wilm y Matthias Mann en el EMBL , [4] utiliza esta información para identificar el péptido en una base de datos. Brevemente, se extraen un par de masas del espectro para obtener la etiqueta de secuencia de péptidos. Esta etiqueta de secuencia de péptidos es un identificador único de un péptido específico y puede usarse para encontrarlo en una base de datos que contiene todas las posibles secuencias de péptidos.
Notación de fragmentos de péptidos
![](http://wikiimg.tojsiabtv.com/wikipedia/commons/thumb/f/fb/Peptide_fragmentation.gif/300px-Peptide_fragmentation.gif)
Se ha desarrollado una notación para indicar fragmentos de péptidos que surgen de un espectro de masas en tándem. [5] Los iones de fragmentos de péptidos se indican mediante a, b, oc si la carga se retiene en el extremo N-terminal y mediante x, yoz si la carga se mantiene en el extremo C-terminal . El subíndice indica el número de residuos de aminoácidos en el fragmento. Los símbolos primos indican el número de protones o hidrógenos añadidos al fragmento para formar el ión observado. Por ejemplo, y ”indica el ión con carga simple análogo a un péptido protonado, (y” ”) 2+ es un ión doblemente cargado análogo a un péptido doblemente protonado. [6]
Ver también
Referencias
- ^ Hardouin J (2007). "Información de secuencia de proteínas por espectrometría de masas de desorción en fuente de desorción / ionización láser asistida por matriz". Revisiones de espectrometría de masas . 26 (5): 672–82. Código Bibliográfico : 2007MSRv ... 26..672H . doi : 10.1002 / mas.20142 . PMID 17492750 .
- ^ Shadforth I, Crowther D, Bessant C (2005). "Algoritmos de identificación de proteínas y péptidos que utilizan MS para su uso en tuberías automatizadas de alto rendimiento". Proteómica . 5 (16): 4082–95. doi : 10.1002 / pmic.200402091 . PMID 16196103 .
- ^ Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (1996). "Identificación de etiquetas de secuencia de proteínas intactas haciendo coincidir los datos espectrales de masas de Tanden con bases de datos de secuencias" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 93 (16): 8264–7. Código bibliográfico : 1996PNAS ... 93.8264M . doi : 10.1073 / pnas.93.16.8264 . PMC 38658 . PMID 8710858 .
- ^ Mann M, Wilm M (1994). "Identificación tolerante a errores de péptidos en bases de datos de secuencias mediante etiquetas de secuencia de péptidos". Anal. Chem . 66 (24): 4390–9. doi : 10.1021 / ac00096a002 . PMID 7847635 .
- ^ a b Roepstorff P, Fohlman J (1984). "Propuesta de nomenclatura común para secuencia de iones en espectros de masas de péptidos". Biomed. Mass Spectrom . 11 (11): 601. doi : 10.1002 / bms.1200111109 . PMID 6525415 .
- ^ Tang XJ, Thibault P, Boyd RK (octubre de 1993). "Reacciones de fragmentación de péptidos protonados múltiples e implicaciones para la secuenciación por espectrometría de masas en tándem con disociación inducida por colisión de baja energía". Anal. Chem. 65 (20): 2824–34. doi : 10.1021 / ac00068a020 . PMID 7504416 .
enlaces externos
- Programa PeptideSearch
- SPIDER: herramienta de búsqueda basada en etiquetas de secuencia
- Tutorial de etiquetas de secuencia de péptidos