El dominio de homología 3 de SRC (o dominio SH3 ) es un pequeño dominio de proteína de aproximadamente 60 residuos de aminoácidos. Inicialmente, SH3 se describió como una secuencia conservada en la proteína adaptadora viral v-Crk. Este dominio también está presente en las moléculas de fosfolipasa y varias tirosina quinasas citoplasmáticas como Abl y Src . [1] [2] También se ha identificado en varias otras familias de proteínas como: PI3 Quinasa , proteína activadora de Ras GTPasa , CDC24 y cdc25 . [3] [4] [5] Los dominios SH3 se encuentran en proteínas de vías de señalización que regulan el citoesqueleto , la proteína Ras , la cinasa Src y muchas otras. Las proteínas SH3 interactúan con proteínas adaptadoras y tirosina quinasas. Al interactuar con las tirosina quinasas, las proteínas SH3 generalmente se unen lejos del sitio activo . Aproximadamente 300 dominios SH3 se encuentran en proteínas codificadas en el genoma humano. Además de eso, el dominio SH3 era responsable de controlar las interacciones proteína-proteína en las vías de transducción de señales [6] y de regular las interacciones de las proteínas involucradas en la señalización citoplasmática. [7]
Dominio SH3 | ||||||||
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Identificadores | ||||||||
Símbolo | SH3_1 | |||||||
Pfam | PF00018 | |||||||
Clan pfam | CL0010 | |||||||
InterPro | IPR001452 | |||||||
INTELIGENTE | SM00326 | |||||||
PROSITE | PS50002 | |||||||
SCOP2 | 1shf / SCOPe / SUPFAM | |||||||
CDD | cd00174 | |||||||
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Estructura
El dominio SH3 tiene un pliegue en barril beta característico que consta de cinco o seis hebras β dispuestas como dos láminas β antiparalelas apretadas . Las regiones de enlace pueden contener hélices cortas. El pliegue de tipo SH3 es un pliegue antiguo que se encuentra tanto en eucariotas como en procariotas. [8]
Unión de péptidos
El dominio SH3 clásico se encuentra generalmente en proteínas que interactúan con otras proteínas y median el ensamblaje de complejos de proteínas específicos, típicamente mediante la unión a péptidos ricos en prolina en su respectivo compañero de unión. Los dominios SH3 clásicos están restringidos en humanos a proteínas intracelulares, aunque la pequeña familia de proteínas extracelulares MIA humana también contiene un dominio con un pliegue similar a SH3.
Muchos epítopos de proteínas de unión a SH3 tienen una secuencia de consenso que se puede representar como una expresión regular o un motivo lineal corto :
-XPpXP- 1 2 3 4 5
siendo 1 y 4 aminoácidos alifáticos , 2 y 5 siempre y 3 a veces prolina. La secuencia se une al bolsillo hidrofóbico del dominio SH3. Más recientemente, se han descrito dominios SH3 que se unen a un motivo de consenso central RxxK. Algunos ejemplos son los dominios SH3 C-terminales de proteínas adaptadoras como Grb2 y Mona (también conocidas como Gads, Grap2, Grf40, GrpL, etc.). Han surgido otros motivos de unión a SH3 y todavía están surgiendo en el curso de varios estudios moleculares, destacando la versatilidad de este dominio.
Interactomas SH3
Las redes de interacción proteína-proteína mediadas por el dominio SH3, es decir , los interactomas SH3, revelaron que el interactoma SH3 del gusano se asemeja a la red de levadura análoga porque está significativamente enriquecida en proteínas con funciones en la endocitosis. [9] [10] Sin embargo, las interacciones ortólogas mediadas por el dominio SH3 están altamente reconfiguradas entre el gusano y la levadura. [9]
Proteínas con dominio SH3
- Proteínas adaptadoras de transducción de señales
- CDC24
- Cdc25
- Quinasa PI3
- Fosfolipasa
- Proteína activadora de Ras GTPasa
- Protooncogén Vav
- GRB2
- p54 S6 quinasa 2 (S6K2)
- SH3D21
- ARMH3 (potencialmente)
- STAC3
- Algunas miosinas
- SH3 y múltiples dominios de repetición de anquirina: SHANK1 , SHANK2 , SHANK3
- YAP1
- ARHGAP12
- vexin ( VXN )
- TANGO1
- Integrasa
- Quinasa de adhesión focal (FAK, PTK2)
- Tirosina quinasa rica en prolina (Pyk2, CADTK, PTK2beta)
- VIAJE10 (cip4)
Ver también
- Src homología 2 que contiene el dominio
- Dominio estructural
Referencias
- ^ Pawson T, Schlessingert J (julio de 1993). "Dominios SH2 y SH3". Biología actual . 3 (7): 434–42. doi : 10.1016 / 0960-9822 (93) 90350-W . PMID 15335710 . S2CID 53273571 .
- ^ Mayer BJ (abril de 2001). "Dominios SH3: complejidad con moderación". Revista de ciencia celular . 114 (Pt 7): 1253–63. PMID 11256992 .
- ^ Musacchio A, Gibson T, Lehto VP, Saraste M (julio de 1992). "SH3 - un dominio proteico abundante en busca de una función" . Cartas FEBS . 307 (1): 55–61. doi : 10.1016 / 0014-5793 (92) 80901-R . PMID 1639195 . S2CID 8564342 .
- ^ Mayer BJ, Baltimore D (enero de 1993). "Señalización mediante dominios SH2 y SH3". Tendencias en biología celular . 3 (1): 8–13. doi : 10.1016 / 0962-8924 (93) 90194-6 . PMID 14731533 .
- ^ Pawson T (febrero de 1995). "Módulos de proteínas y redes de señalización". Naturaleza . 373 (6515): 573–80. doi : 10.1038 / 373573a0 . PMID 7531822 . S2CID 4324726 .
- ^ Schlessinger J (febrero de 1994). "Proteínas de señalización SH2 / SH3". Opinión Actual en Genética y Desarrollo . 4 (1): 25–30. doi : 10.1016 / 0959-437X (94) 90087-6 . PMID 8193536 .
- ^ Koch CA, Anderson D, Moran MF, Ellis C, Pawson T (mayo de 1991). "Dominios SH2 y SH3: elementos que controlan las interacciones de las proteínas de señalización citoplasmática". Ciencia . 252 (5006): 668–74. doi : 10.1126 / science.1708916 . PMID 1708916 .
- ^ Whisstock JC, Lesk AM (abril de 1999). "Dominios SH3 en procariotas". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 24 (4): 132–3. doi : 10.1016 / s0968-0004 (99) 01366-3 . PMID 10322416 .
- ^ a b Xin, Xiaofeng; Gfeller, David; Cheng, Jackie; Tonikian, Raffi; Sun, Lin; Guo, Ailan; López, Lianet; Pavlenco, Alevtina; Akintobi, Adenrele (1 de enero de 2013). "El interactoma SH3 conserva la función general sobre una forma específica" . Biología de sistemas moleculares . 9 : 652. doi : 10.1038 / msb.2013.9 . ISSN 1744-4292 . PMC 3658277 . PMID 23549480 .
- ^ Tonikian, Raffi; Xin, Xiaofeng; Toret, Christopher P .; Gfeller, David; Landgraf, Christiane; Panni, Simona; Paoluzi, Serena; Castagnoli, Luisa; Currell, Bridget (1 de octubre de 2009). "El modelado bayesiano del interactoma del dominio SH3 de levadura predice la dinámica espacio-temporal de las proteínas de endocitosis" . PLOS Biología . 7 (10): e1000218. doi : 10.1371 / journal.pbio.1000218 . ISSN 1545-7885 . PMC 2756588 . PMID 19841731 .
enlaces externos
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_SH3_1
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_SH3_2
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_SH3_3
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_SH3_4
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_SH3_5
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso TRG_PEX_1
- Dominios de interacción de proteínas de Nash Lab en la transducción de señales: el dominio SH3
- GENEART: criba su proteína contra todos los dominios SH3 humanos en un solo ciclo de presentación de fagos