Las proteínas de unión monocatenarias ( SSB ) son una clase de proteínas que se han identificado tanto en virus como en organismos, desde bacterias hasta humanos.
SSB | ||||||||
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![]() Estructura cristalina de PriB, una proteína de replicación del ADN primosomal de Escherichia coli | ||||||||
Identificadores | ||||||||
Símbolo | SSB | |||||||
Pfam | PF00436 | |||||||
Clan pfam | CL0021 | |||||||
InterPro | IPR000424 | |||||||
PROSITE | PDOC00602 | |||||||
SCOP2 | 1kaw / SCOPe / SUPFAM | |||||||
TCDB | 3.A.7 | |||||||
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SSB viral
Viral_DNA_bp | ||||||||
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![]() Proteína de unión a ADN monocatenario (icp8) del virus del herpes simple -1 | ||||||||
Identificadores | ||||||||
Símbolo | Viral_DNA_bp | |||||||
Pfam | PF00747 | |||||||
InterPro | IPR000635 | |||||||
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Aunque el panorama general de la síntesis de ADN del citomegalovirus humano (HHV-5) parece típico de los herpesvirus, están surgiendo algunas características novedosas.
Estructura
En ICP8, la proteína de unión a ADN monocatenaria del virus del herpes simple (HSV-1) ( proteína de unión a ADNss (SSB)), la cabeza consta de ocho hélices alfa . La parte frontal de la región del cuello consta de una hoja beta de cinco hebras y dos hélices alfa, mientras que la parte trasera es una hoja beta de tres hebras. La parte del hombro del dominio N-terminal contiene una hélice alfa y una beta. región de la hoja. [1] El virus del herpes simple (HSV-1) SSB, ICP8, es una proteína nuclear que, junto con otras proteínas de replicación, es necesaria para la replicación del ADN viral durante la infección lítica. [1]
Mecanismo
Seis genes comunes del grupo del virus del herpes codifican proteínas que probablemente constituyen la maquinaria de la horquilla de replicación , incluida una ADN polimerasa de dos subunidades, un complejo Helicasa-primasa y una proteína de unión al ADN de una sola hebra. [2] La proteína de unión al ADN monocatenario del virus del herpes humano 1 (HHV-1) ICP8 es una metaloproteína de zinc de 128 kDa . El marcaje por fotoafinidad ha demostrado que la región que abarca los residuos de aminoácidos 368-902 contiene el sitio de unión al ADN monocatenario de ICP8. [3] El HHHV-1 UL5, UL8 y UL52 genes codifican una esencial heterotrimeric ADN helicasa-primasa que es responsable de ADN concomitante desenrollar y cebador de síntesis a la viral tenedor de replicación de ADN. ICP8 puede estimular el desenrollamiento del ADN y permitir la derivación del ADN dañado por cisplatino al reclutar la helicasa-primasa en el ADN. [4]
SSB bacteriano
Los dominios de proteína SSB en bacterias son importantes para mantener el metabolismo del ADN , más específicamente la replicación , reparación y recombinación del ADN. [5] Tiene una estructura de tres cadenas beta a una sola hoja beta de seis cadenas para formar un dímero . [6]
Proteína A de replicación eucariota
Proteína de replicación A | |||||||||||||
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(heterotrímero) | |||||||||||||
![]() Ésta es una imagen de la proteína A de replicación humana. De PDB : 1L1O Proteopedia protein A Replication protein A | |||||||||||||
Función | unión al ADN dañado, unión al ADN monocatenario | ||||||||||||
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La proteína de replicación A es el equivalente funcional de SSB en el núcleo de células eucariotas, aunque no existe homología de secuencia.
SSB mitocondrial eucariota
Las mitocondrias de las células eucariotas contienen su propia proteína de unión al ADN monocatenario. La SSB mitocondrial humana (mtSSB) se une al ADN mitocondrial monocatenario como un tetrámero y tiene una secuencia similar a la SSB bacteriana. [7] La mtSSB humana está codificada por el gen SSBP1 . En la levadura, está codificado por el gen RIM1. [8]
Papel en la reparación del genoma y el antienvejecimiento
Recientemente, se ha descubierto que 1. Ayuda a proteger el genoma, 2. Es vital para las células madre y 3. Participa en el mantenimiento de la longitud de los telómeros. [9] [10] [11]
Ver también
- Proteína de unión al ADN
- Proteína de replicación A
- Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
Referencias
- ↑ a b Mapelli M, Panjikar S, Tucker PA (2005). "La estructura cristalina de la proteína de unión a ssDNA del virus del herpes simple 1 sugiere la base estructural para la unión de ADN monocatenario flexible y cooperativa" . J Biol Chem . 280 (4): 2990–7. doi : 10.1074 / jbc.M406780200 . PMID 15507432 .
- ^ Anders DG, McCue LA (1996). "Los genes y proteínas del citomegalovirus humanos necesarios para la síntesis de ADN". Intervirología . 39 (5–6): 378–88. doi : 10.1159 / 000150508 . PMID 9130047 .
- ^ White EJ, Boehmer PE (octubre de 1999). "Etiquetado de fotoafinidad de la proteína de unión a ADN monocatenario de tipo 1 del virus del herpes simple (ICP8) con oligodesoxirribonucleótidos". Biochem. Biophys. Res. Comun . 264 (2): 493–7. doi : 10.1006 / bbrc.1999.1566 . PMID 10529391 .
- ^ Tanguy Le Gac N, Villani G, Boehmer PE (mayo de 1998). "La proteína de unión a ADN de una sola hebra del virus del herpes simple de tipo 1 (ICP8) mejora la capacidad de la helicasa-primasa de ADN viral para desenrollar el ADN modificado con cisplatino" . J. Biol. Chem . 273 (22): 13801–7. doi : 10.1074 / jbc.273.22.13801 . PMID 9593724 .
- ^ Meyer RR, Laine PS (diciembre de 1990). "La proteína de unión a ADN monocatenario de Escherichia coli" . Microbiol. Rev . 54 (4): 342–80. doi : 10.1128 / MMBR.54.4.342-380.1990 . PMC 372786 . PMID 2087220 .
- ^ Raghunathan S, Ricard CS, Lohman TM, Waksman G (junio de 1997). "Estructura cristalina del dominio de unión al ADN homo-tetramérico de la proteína de unión al ADN monocatenario de Escherichia coli determinada por difracción de rayos X de longitud de onda múltiple en la proteína selenometionilo a una resolución de 2.9-A" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 94 (13): 6652–7. doi : 10.1073 / pnas.94.13.6652 . PMC 21213 . PMID 9192620 .
- ^ Tiranti, V; Rocchi, M; DiDonato, S; Zeviani, M (30 de abril de 1993). "Clonación de ADNc humanos y de rata que codifican la proteína de unión al ADN monocatenario (SSB) mitocondrial". Gene . 126 (2): 219-25. doi : 10.1016 / 0378-1119 (93) 90370-i . PMID 8482537 .
- ^ Van Dyck, E; Foury, F; Stillman, B; Brill, SJ (septiembre de 1992). "Una proteína de unión a ADN monocatenario necesaria para la replicación del ADN mitocondrial en S. cerevisiae es homóloga a E. coli SSB" . El diario EMBO . 11 (9): 3421-30. doi : 10.1002 / j.1460-2075.1992.tb05421.x . PMC 556877 . PMID 1324172 .
- ^ Pfeifer, Matthias; Brem, Reto; Lippert, Timothy P .; Boulianne, Bryant; Ho, Howin Ng; Robinson, Mark E .; Stebbing, Justin; Feldhahn, Niklas (15 de junio de 2019). "Las proteínas SSB1 / SSB2 salvaguardan el desarrollo de células B protegiendo los genomas de los precursores de células B" . La revista de inmunología . 202 (12): 3423–3433. doi : 10.4049 / jimmunol.1801618 . PMC 6545462 . PMID 31085591 .
- ^ Shi, Wei; Vu, Therese; Boucher, Didier; Biernacka, Anna; Nde, Jules; Pandita, Raj K .; Straube, Jasmin; Boyle, Glen M .; Al-Ejeh, tarifas; Nag, Purba; Jeffery, Jessie; Harris, Janelle L .; Bain, Amanda L .; Grzelak, Marta; Skrzypczak, Magdalena; Mitra, Abhishek; Dojer, Norbert; Crosetto, Nicola; Cloonan, Nicole; Becherel, Olivier J .; Finnie, John; Skaar, Jeffrey R .; Walkley, Carl R .; Pandita, Tej K .; Rowicka, Maga; Ginalski, Krzysztof; Lane, Steven W .; Khanna, Kum Kum (4 de mayo de 2017). "Ssb1 y Ssb2 cooperan para regular las células madre y progenitoras hematopoyéticas de ratón resolviendo el estrés replicativo" . Sangre . 129 (18): 2479–2492. doi : 10.1182 / sangre-2016-06-725093 . PMC 5418634 . PMID 28270450 .
- ^ Pandita, RK; Chow, TT; Udayakumar, D .; Bain, AL; Cubeddu, L .; Hunt, CR; Shi, W .; Horikoshi, N .; Zhao, Y .; Wright, NOSOTROS; Khanna, KK; Shay, JW; Pandita, TK (14 de enero de 2015). "La proteína de unión a ADN de una sola hebra SSB1 facilita el reclutamiento de TERT a los telómeros y mantiene los salientes G de los telómeros" . Investigación del cáncer . 75 (5): 858–869. doi : 10.1158 / 0008-5472.CAN-14-2289 . PMC 4351820 . PMID 25589350 .
enlaces externos
- Monocatenario + ADN + Unión + Proteínas en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- SSB en PFAM