Secuenciación de ARN pequeño
La secuenciación de ARN pequeño (Small RNA-Seq) es un tipo de secuenciación de ARN basada en el uso de tecnologías NGS que permite aislar y obtener información sobre moléculas de ARN no codificantes para evaluar y descubrir nuevas formas de ARN pequeño y predecir sus posibles funciones. . Mediante el uso de esta técnica, es posible discriminar los ARN pequeños de la familia de ARN más grande para comprender mejor sus funciones en la célula y en la expresión génica . Small RNA-Seq puede analizar miles de pequeñas moléculas de ARN con un alto rendimiento y especificidad. La mayor ventaja de utilizar RNA-seq está representada por la posibilidad de generar bibliotecas de fragmentos de RNA a partir de todo el contenido de RNA de una célula.
Los ARN pequeños son moléculas de ARN no codificantes de entre 20 y 200 nucleótidos de longitud. El elemento "ARN pequeño" es un término bastante arbitrario, que se define vagamente en función de su longitud en comparación con el ARN regular, como el ARN mensajero (ARNm). Anteriormente, los ARN reguladores cortos bacterianos se denominaban ARN pequeños, pero no están relacionados con los ARN pequeños eucariotas. [1]
Los ARN pequeños incluyen varias clases diferentes de ARN no codificantes, según sus tamaños y funciones: snRNA , snoRNA , scRNA , piRNA , miRNA , YRNA , tsRNA, rsRNA y siRNA . Sus funciones van desde RNAi (específico para miRNA expresado endógenamente y siRNA derivado exógenamente), procesamiento y modificación del RNA, silenciamiento de genes (inactivación del cromosoma X por Xist RNA ), modificaciones epigenéticas , estabilidad y transporte de proteínas.
Este paso es muy crítico e importante para cualquier técnica de base molecular, ya que asegura que los pequeños fragmentos de ARN que se encuentran en las muestras a analizar se caracterizan por un buen nivel de pureza y calidad. Existen diferentes métodos de purificación que se pueden utilizar, según los propósitos del experimento:
Una vez que se han aislado los ARN pequeños, es importante cuantificarlos y evaluar la calidad de la purificación. Hay dos métodos diferentes para hacer esto:
