El Synergistetes es un filo de bacterias anaeróbicas recientemente reconocido que muestra tinción Gram-negativa y tiene forma de célula de varilla / vibrioide. [1] [2] Aunque los Synergistetes tienen una envoltura celular diderm, [3] [4] los genes de varias proteínas involucradas en la biosíntesis de lipopolisacáridos aún no se han detectado en Synergistetes, lo que indica que pueden tener una envoltura celular externa atípica. [3] [4] Los Synergistetes habitan en la mayoría de entornos anaeróbicos, incluidos los tractos gastrointestinales de los animales, el suelo, los pozos de petróleo y el tratamiento de aguas residuales.plantas y también están presentes en sitios de enfermedades humanas como quistes, abscesos y áreas de enfermedad periodontal . [5] [6] Debido a su presencia en sitios relacionados con la enfermedad, se sugiere que los Synergistetes son patógenos oportunistas, pero también se pueden encontrar en individuos sanos en el microbioma del ombligo y en la flora vaginal normal . [6] [7] Las especies dentro de este filo también han sido implicadas en enfermedades periodontales , [8] infecciones gastrointestinales e infecciones de tejidos blandos. [6] Otras especies de este filo han sido identificadas como contribuyentes importantes en la degradación de lodos para la producción de biogás en digestores anaeróbicos y son candidatos potenciales para su uso en la producción de energía renovable a través de su producción de gas hidrógeno. [9] Todas las especies y géneros de Synergistetes conocidos son actualmente parte de una sola clase (Synergistia), orden (Synergistiales) y familia (Synergistaceae). [2]
Synergistaceae | |
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clasificación cientifica | |
Reino: | |
Filo: | Synergistetes Jumas-Bilak et al. 2009 |
Clase: | Synergistia Jumas-Bilak y col. 2009 |
Pedido: | Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009 |
Familia: | Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 |
Genera | |
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Sinónimos | |
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Genómica comparada y firmas moleculares
Los análisis comparativos recientes de los genomas de Synergistetes secuenciados han llevado a la identificación de un gran número de indeles de firma conservados (CSI) en secuencias de proteínas que son específicas para todas las especies de Synergistetes secuenciadas o algunos de sus subclados que se observan en árboles filogenéticos . [10] De los CSI que se identificaron, 32 en proteínas ampliamente distribuidas como RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA, etc., incluyendo un gran> El inserto de 300 aa en la proteína RpoC está presente en varias especies de Synergistetes, pero a excepción de las bacterias aisladas, estos CSI no se encuentran en las proteínas homólogas de todos los demás organismos. Estos CSI proporcionan nuevos marcadores moleculares para distinguir las especies de Synergistetes de todas las demás bacterias. [10] Se encontró que otros siete CSI en proteínas importantes, incluido un 13 aa en RpoB, estaban presentes de forma única en las especies de Jonquetella , Pyramidobacter y Dethiosulfovibrio, lo que indica una relación estrecha y específica entre estas bacterias, que también está fuertemente respaldada por árboles filogenéticos. Quince CSI adicionales que solo estaban presentes en Jonquetella y Pyramidobacter indican una asociación cercana entre estas dos especies. [10] Por último, una estrecha relación entre las especies Aminomonas y Thermanaerovibrio también está respaldada por 9 CSI identificados. Los marcadores moleculares identificados proporcionan un medio confiable para la división de especies del filo Synergistetes en rangos taxonómicos intermedios como familias y órdenes. [10]
Filogenia
La filogenia basada en el trabajo del Proyecto Árbol Vivo para Todas las Especies . [11]
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Taxonomía
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LSPN) [12] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [13]
- Subphylum Synergistetes Jumas-Bilak et al. 2009 [Synergistaeota Oren et al. 2015 [Aminanaerobia Hugenholtz ]
- Clase Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009
- Solicite Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009
- Familia Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Familia Clostridiales XV]
- Género Acetomicrobium Soutschek et al. 1985
- Especie Acetomicrobium flavidum Soutschek et al. 1985
- Género Aminiphilus Díaz et al. 2007
- Especie Aminiphilus circumscriptus Díaz et al. 2007
- Género Aminivibrio Honda et al. 2013
- Especie Aminivibrio pyruvatiphilus Honda et al. 2013
- Género Aminobacterium Baena et al. 1999
- Especie A. colombiense Baena et al. 1999 (tipo sp.)
- Especie A. mobile Baena et al. 2000
- Especie A. thunnarium Hamdi et al. 2015
- Género Aminomonas Baena et al. 1999
- Especie Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999
- Género Anaerobaculum Rees et al. 1997 enmienda. Maune y Tanner 2012
- Especies A. hydrogeniformans Maune y Tanner 2012
- Especie A. mobile Menes & Muxí 2002
- Especie A. thermoterrenum Rees et al. 1997 (tipo sp.)
- Género Candidatus Tammella Hongoh et al. 2007
- Especie Candidatus Tammella caduceiae Hongoh et al. 2007
- Género Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 enmienda. Looft y col. 2013
- Especie Cloacibacillus evryensis Ganesan et al. 2008
- Especie Cloacibacillus porcorum Looft et al. 2013
- Género Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997
- Especie D. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010
- Especie D. peptidovorans Magot et al. 1997 (tipo sp.)
- Especie D. acidaminovorans Surkov et al. 2001
- Especie D. marinus Surkov et al. 2001
- Especie D. russensis Surkov et al. 2001
- Género Fretibacterium Vartoukian et al. 2013
- Especie Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013
- Género Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007
- Especie Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007
- Género Lactivibrio Qiu et al. 2014
- Especie Lactivibrio alcoholicus Qiu et al. 2014
- Género Pyramidobacter Downes et al. 2009
- Especie Pyramidobacter piscolens Downes et al. 2009
- Género Synergistes Allison et al. 1993
- Especies Synergistes jonesii Allison et al. 1993
- Género Thermanaerovibrio Baena et al. 1999 enmienda. Palaniappan y col. 2013
- Especie T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 [ Selenomonas acidaminovorans Guangsheng et al. 1997 ] (tipo sp.)
- Especie T. velox Zavarzina et al. 2000
- Género Thermovirga Dahle y Birkeland 2006
- Especie Thermovirga lienii Dahle y Birkeland 2006
- Género Acetomicrobium Soutschek et al. 1985
- Familia Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Familia Clostridiales XV]
- Solicite Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009
- Clase Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009
Notas:
♠ Cepa encontrada en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) pero no incluida en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN)
Referencias
- ^ Hugenholtz, P., Hooper, SD y Kyrpides, NC (2009). Enfoque: Sinergistetes. Reinar. Microbiol. 11, 1327-1329.
- ↑ a b Jumas-Bilak, E .; Roudiere, L .; Marchandin, H. (2009). "Descripción de 'Synergistetes' phyl. Nov. Y descripción modificada del phylum 'Deferribacteres' y de la familia Syntrophomonadaceae, phylum 'Firmicutes ' " . En t. J. Syst. Evol. Microbiol . 59 : 1028-1035. doi : 10.1099 / ijs.0.006718-0 .
- ^ a b Gupta, RS (2011) Origen de las bacterias diderm (gramnegativas): presión de selección de antibióticos en lugar de endosimbiosis probablemente condujo a la evolución de células bacterianas con dos membranas. Antonie Van Leeuwenhoek. 100: 171–182
- ^ a b Sutcliffe, IC (2010). "Una perspectiva de nivel de phylum en la arquitectura de la envoltura de células bacterianas". Trends Microbiol . 18 : 464–470. doi : 10.1016 / j.tim.2010.06.005 . PMID 20637628 .
- ^ Jumas-Bilak, E .; Carlier, JP; Jean-Pierre, H .; Citron, D .; Bernard, K .; Damay, A .; Gay, B .; Teyssier, C .; Campos, J .; Marchandin, H. (2007). "Jonquetella anthropi gen. Nov., Sp. Nov., El primer miembro del filo candidato 'Synergistetes' aislado del hombre" . En t. J. Syst. Evol. Microbiol . 57 : 2743–2748. doi : 10.1099 / ijs.0.65213-0 . PMID 18048718 .
- ↑ a b c Vartoukian, SR, Palmer, RM y Wade, WG (2007). La división "Synergistes". Anaerobio. 13, 99-106.
- ^ Marchandin, H., Damay, A., Roudiere, L., Teyssier, C., Zorgniotti, I., Dechaud, H., Jean-Pierre, H. y Jumas-Bilak, E. (2010). Filogenia, diversidad y especialización de hospedadores en el filo Synergistetes con énfasis en cepas y clones de origen humano. Res. Microbiol. 161, 91-100.
- ^ Horz, HP; DM Citron; YA Warren; EJ Goldstein; G. Conrads (agosto de 2006). "Organismos del Grupo Sinergistas de Origen Humano" . Revista de microbiología clínica . 44 (8): 2914-2920. doi : 10.1128 / JCM.00568-06 . PMC 1594628 . PMID 16891512 .
- ^ Riviere, D., Desvignes, V., Pelletier, E., Chaussonnerie, S., Guermazi, S., Weissenbach, J., Li, T., Camacho, P. y Sghir, A. (2009). Hacia la definición de un núcleo de microorganismos implicados en la digestión anaeróbica de lodos. SOY YO. J. 3, 700–714.
- ^ a b c d Bhandari, V .; Gupta, RS (2012). "Firmas moleculares para el phylum Synergistetes y algunos de sus subclades". Antonie van Leeuwenhoek . 102 : 517–40. doi : 10.1007 / s10482-012-9759-2 . PMID 22711299 .
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- ^ JP Euzéby. "Sinergistetes" . Lista de nombres procariotas con posición en nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
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