En bioinformática , TargetScan es un servidor web que predice objetivos biológicos de microARN (miARN) buscando la presencia de sitios que coincidan con la región semilla de cada miARN. [1] Para muchas especies, también se identifican otros tipos de sitios, conocidos como sitios de compensación 3 ' [1] . El laboratorio de David Bartel, en conjunto con el Grupo de Informática de Investigación y Bioinformática del Whitehead Institute, actualiza y mejora periódicamente estas predicciones de miARN . [ cita requerida ]
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Laboratorio | Laboratorio David Bartel |
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Sitio web | http://www.targetscan.org |
TargetScan incluye TargetScanHuman, [2] [3] [4] [5] [6] TargetScanMouse, [2] [3] [4] [5] [6] TargetScanFish, [6] [7] TargetScanFly, [8] [ 9] y TargetScanWorm. [10] que proporcionan predicciones para mamíferos, pez cebra, insectos y nematodos centrados en los genes de humanos, ratones, peces cebra , Drosophila melanogaster y Caenorhabditis elegans , respectivamente.
En comparación con otras herramientas de predicción de objetivos [ ¿cuál? ] TargetScan proporciona clasificaciones precisas de los objetivos predichos para cada miARN. [6] Estas clasificaciones se basan en la probabilidad de focalización conservada evolutivamente ( puntuaciones P CT . [4] ) o en la eficacia prevista de la represión (puntuaciones context ++). [6]
Otra característica distintiva [en comparación con? ] de TargetScan es su uso de anotaciones de ARNm adicionales. En particular, TargetScanWorm y TargetScanFish se basan en modelos de ARNm de C. elegans y pez cebra para los cuales se definen regiones 3 'sin traducir (3' UTR) utilizando sitios de poliadenilación que se determinan experimentalmente utilizando métodos precisos de alto rendimiento. [7] [10]
Referencias
- ↑ a b Bartel DP (2009). "MicroRNAs: reconocimiento de objetivos y funciones reguladoras" . Celular . 136 (2): 215–33. doi : 10.1016 / j.cell.2009.01.002 . PMC 3794896 . PMID 19167326 .
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- ^ Agarwal, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitsky, yo; Bartel, DP (4 de octubre de 2018). "Predicción de la eficacia de direccionamiento de microARN en Drosophila" . Biología del genoma . 19 (1): 152. doi : 10.1186 / s13059-018-1504-3 . PMC 6172730 . PMID 30286781 .
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enlaces externos
- TargetScan
- miRBase
- Bartel Lab