Cerebro de mosca virtual
Virtual Fly Brain , o VFB , es una herramienta interactiva basada en la web que permite a los neurobiólogos explorar la neuroanatomía detallada , la expresión transgénica y los fenotipos asociados del cerebro de Drosophila melanogaster . [1] Los usuarios pueden explorar pilas de imágenes 3D pintadas del cerebro de Drosophila , elegir cualquier plano de sección que deseen y hacer clic en regiones pintadas para encontrar definiciones de nombres, referencias y sinónimos para la región elegida. Para cada región, pueden ejecutar consultas para encontrar neuronas ., expresión transgénica y fenotipos. Para cada neurona encontrada, los usuarios pueden buscar definiciones, referencias y sinónimos.
Virtual Fly Brain es una aplicación genérica basada en la web que permite explorar pilas de imágenes en 3D y consultar la base de datos de anatomía y expresión subyacente que mantiene FlyBase. [2] El proyecto Virtual Fly Brain es llevado a cabo por investigadores de la Universidad de Cambridge y la Universidad de Edimburgo .
Virtual Fly Brain utiliza un modelo ontológico de la anatomía de Drosophila escrito en OWL2 y basado en la literatura de Drosophila . Contiene información detallada sobre la neuroanatomía general, las clases de neuronas y las relaciones entre ellas. Detrás de cada consulta de neuroanatomía hay una consulta de esta ontología en OWL-DL .
Las consultas de fenotipo y expresión utilizan el gran volumen de datos de expresión y fenotipo en FlyBase [3] anotados utilizando la ontología anatómica de Drosophila . Cada consulta de expresión o fenotipo comienza con una consulta de la ontología anatómica de los términos apropiados para la región elegida. El resultado de esta consulta se usa luego como entrada para una consulta de la base de datos de FlyBase chado [4] para expresión o fenotipo anotado usando estos términos.
Las imágenes en el visor se entregan como una serie de mosaicos que cubren solo el área visible en la ventana del navegador. Los mosaicos se producen a partir de un objeto compuesto 3D Woolz [5] [6] que representa la estructura general y los dominios pintados individuales.
