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La clasificación de virus es el proceso de nombrar virus y colocarlos en un sistema taxonómico similar a los sistemas de clasificación utilizados para los organismos celulares .

Los virus se clasifican por características fenotípicas , como morfología , tipo de ácido nucleico , modo de replicación, organismos hospedadores y el tipo de enfermedad que causan. La clasificación taxonómica formal de los virus es responsabilidad del sistema del Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV), aunque el sistema de clasificación de Baltimore se puede utilizar para colocar los virus en uno de siete grupos según su forma de síntesis de ARNm. La ICTV establece convenciones de nomenclatura específicas y otras pautas de clasificación.

Se ha propuesto un catálogo de todos los virus conocidos del mundo y, en 2013, se estaban realizando algunos esfuerzos preliminares. [1]

Definición de especie de virus [ editar ]

Las especies forman la base de cualquier sistema de clasificación biológica. Antes de 1982, se pensaba que los virus no podían adaptarse al concepto reproductivo de especie de Ernst Mayr , por lo que no eran susceptibles de tal tratamiento. En 1982, la ICTV comenzó a definir una especie como "un grupo de cepas" con cualidades de identificación únicas. En 1991, se adoptó el principio más específico de que una especie de virus es una clase politética de virus que constituye un linaje en replicación y ocupa un nicho ecológico particular. [2]

En julio de 2013, la definición de especie de ICTV cambió para declarar: "Una especie es un grupo monofilético de virus cuyas propiedades se pueden distinguir de las de otras especies por múltiples criterios". [3] Los virus son entidades físicas reales producidas por la evolución biológica y la genética, mientras que las especies de virus y los taxones superiores son conceptos abstractos producidos por el pensamiento racional y la lógica. Por tanto, la relación virus / especie representa la primera línea de la interfaz entre biología y lógica. [4]

Los criterios reales utilizados varían según el taxón y, en ocasiones, pueden ser inconsistentes (umbrales de similitud arbitrarios) o no estar relacionados con el linaje (geografía). [5] Para muchos, el asunto aún no está resuelto. [2]

Clasificación ICTV [ editar ]

Comparación de la taxonomía de virus de 1991 y 2018b por ICTV

El Comité Internacional de Taxonomía de Virus comenzó a diseñar e implementar reglas para el nombre y la clasificación de virus a principios de la década de 1970, un esfuerzo que continúa hasta el presente. El ICTV es el único organismo encargado por la Unión Internacional de Sociedades Microbiológicas con la tarea de desarrollar, refinar y mantener una taxonomía de virus universal. [6] El sistema comparte muchas características con el sistema de clasificación de organismos celulares , como la estructura del taxón . Sin embargo, existen algunas diferencias, como el uso universal de cursiva para todos los nombres taxonómicos, a diferencia del Código Internacional de Nomenclatura para algas, hongos y plantas yCódigo Internacional de Nomenclatura Zoológica . [7]

La clasificación viral comienza en el nivel de reino y continúa de la siguiente manera, con los sufijos taxonómicos entre paréntesis: [7]

Reino ( -viria )
Subrealm ( -vira )
Reino ( -virae )
Subreino ( -virites )
Phylum ( -viricota )
Subfilo ( -viricotina )
Clase ( -viricetos )
Subclase ( -viricetidae )
Orden ( -virales )
Suborden ( -virineae )
Familia ( -viridae )
Subfamilia ( -virinae )
Género ( -virus )
Subgénero ( -virus )
Especies

A diferencia del sistema de nomenclatura binomial adoptado en las especies celulares, actualmente no existe una forma estandarizada para los nombres de las especies de virus. En la actualidad, la ICTV exige que el nombre de una especie debe contener la menor cantidad de palabras posible sin dejar de ser distinto, y no solo debe contener la palabra virus y el nombre de host. [8] Los nombres de las especies a menudo toman la forma de virus [Enfermedad] , particularmente para plantas y animales superiores. En 2019, la ICTV publicó una propuesta para adoptar un sistema más formalizado de nomenclatura binomial para los nombres de las especies de virus, que se votará en 2020. [9] Sin embargo, algunos virólogos luego objetaron el posible cambio del sistema de nombres, argumentando que el debate se produjo mientras que muchos en el campo estaban preocupados debido a laPandemia de COVID-19 . [10]

A partir de 2019, se utilizan todos los niveles de taxones, excepto el subreal, el subreino y la subclase. Se reconocen cuatro reinos, un orden incertae sedis , 24 familias incertae sedis y tres géneros incertae sedis : [11]

Reinos : Duplodnaviria , Monodnaviria , Riboviria y Varidnaviria

Orden Incertae sedis : Ligamenvirales

Familias de Incertae sedis :

  • Alphasatellitidae
  • Ampullaviridae
  • Anelloviridae
  • Avsunviroidae
  • Baculoviridae
  • Bicaudaviridae
  • Clavaviridae
  • Finnlakeviridae
  • Fuselloviridae
  • Globuloviridae
  • Guttaviridae
  • Halspiviridae
  • Hytrosaviridae
  • Nimaviridae
  • Nudiviridae
  • Ovaliviridae
  • Plasmaviridae
  • Polydnaviridae
  • Portogloboviridae
  • Pospiviroidae
  • Spiraviridae
  • Thaspiviridae
  • Tolecusatellitidae
  • Tristromaviridae

Incertae sedis géneros : Deltavirus , Dinodnavirus , Rhizidiovirus

Clasificación de virus basada en estructura [ editar ]

Se ha sugerido que la similitud en el ensamblaje de viriones y la estructura observada para ciertos grupos virales que infectan huéspedes de diferentes dominios de la vida (p. Ej., Tectivirus bacterianos y adenovirus eucariotas o Caudovirales procariotas y herpesvirus eucariotas) refleja una relación evolutiva entre estos virus. [12] Por lo tanto, se ha sugerido que la relación estructural entre virus se utilice como base para definir taxones de nivel superior (linajes virales basados ​​en estructuras) que podrían complementar el esquema de clasificación de ICTV de 2010. [13]

El ICTV ha agregado gradualmente muchos taxones de nivel superior utilizando relaciones en los pliegues de proteínas. Los cuatro reinos definidos en la versión de 2019 están definidos por la presencia de una proteína de cierta familia estructural. [14]

Clasificación de Baltimore [ editar ]

La clasificación de virus de Baltimore se basa en el método de síntesis de ARNm viral

La clasificación de Baltimore (definida por primera vez en 1971) es un sistema de clasificación que coloca a los virus en uno de siete grupos dependiendo de una combinación de su ácido nucleico ( ADN o ARN ), cadena (monocatenario o bicatenario), sentido y método de replicación . Nombrados en honor a David Baltimore , un biólogo ganador del Premio Nobel , estos grupos se designan con números romanos. Otras clasificaciones están determinadas por la enfermedad causada por el virus o su morfología, ninguna de las cuales es satisfactoria debido a que diferentes virus causan la misma enfermedad o tienen un aspecto muy similar. Además, las estructuras virales suelen ser difíciles de determinar con el microscopio. La clasificación de los virus de acuerdo con su genoma significa que aquellos en una categoría determinada se comportarán de manera similar, lo que ofrece alguna indicación de cómo proceder con más investigaciones. Los virus pueden clasificarse en uno de los siete grupos siguientes: [15]

  • I: virus dsDNA (por ejemplo , adenovirus , herpesvirus , poxvirus )
  • II: virus ssDNA (hebra + o "sentido") DNA (por ejemplo, parvovirus )
  • III: virus dsRNA (por ejemplo, reovirus )
  • IV: (+) ssRNA virus (+ cadena o sentido) ARN (por ejemplo , coronavirus , picornavirus , togavirus )
  • V: (-) ssRNA virus (- hebra o antisentido) ARN (p. Ej. , Ortomixovirus , rabdovirus )
  • VI: virus ssRNA-RT (hebra + o sentido) ARN con ADN intermedio en el ciclo de vida (por ejemplo, retrovirus )
  • VII: ADN de virus dsDNA-RT con ARN intermedio en el ciclo de vida (p. Ej., Hepadnavirus )
Visualización de los 7 grupos de virus según la Clasificación de Baltimore

Virus de ADN [ editar ]

Los virus con un genoma de ADN , a excepción de los virus de transcripción inversa de ADN , son miembros de tres de los cuatro reinos virales reconocidos : Duplodnaviria , Monodnaviria y Varidnaviria . Pero el orden incertae sedis Ligamenvirales , y muchas otras familias y géneros incertae sedis , también se utilizan para clasificar los virus de ADN. Los dominios Duplodnaviria y Varidnaviria consisten en virus de ADN bicatenario; otros virus de ADN de doble hebra son incertae sedis . El dominio Monodnaviriaconsta de virus de ADN monocatenario que generalmente codifican una endonucleasa HUH ; otros virus de ADN monocatenario son incertae sedis . [11]

  • Grupo I : los virus poseen ADN bicatenario. Los virus que causan la varicela y el herpes se encuentran aquí.
  • Grupo II : los virus poseen ADN monocatenario.

Virus de ARN [ editar ]

Todos los virus que tienen un genoma de ARN , y que codifican una ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp), son miembros del reino Orthornavirae , dentro del reino Riboviria . [dieciséis]

  • Grupo III : los virus poseen genomas de ARN bicatenario, por ejemplo, rotavirus .
  • Grupo IV : los virus poseen genomas de ARN monocatenario de sentido positivo. En este grupo se encuentran muchos virus bien conocidos, incluidos los picornavirus (que es una familia de virus que incluye virus bien conocidos como el virus de la hepatitis A, enterovirus, rinovirus, poliovirus y virus de la fiebre aftosa), virus del SARS , hepatitis Virus C , virus de la fiebre amarilla y virus de la rubéola .
  • Grupo V : los virus poseen genomas de ARN monocatenario de sentido negativo. Los virus del Ébola y Marburg son miembros bien conocidos de este grupo, junto con el virus de la influenza , el sarampión , las paperas y la rabia .

Virus de transcripción inversa [ editar ]

Todos los virus que codifican una transcriptasa inversa (también conocida como RT o ADN polimerasa dependiente de ARN) son miembros de la clase Revtraviricetes , dentro del filo Arterviricota , reino Pararnavirae y reino Riboviria . La clase Blubervirales contiene la familia única Hepadnaviridae de virus ADN RT (transcripción inversa); todos los demás virus de RT son miembros de la clase Ortervirales . [17]

  • Grupo VI : los virus poseen virus de ARN monocatenario que se replican a través de un intermedio de ADN. Los retrovirus se incluyen en este grupo, del cual el VIH es miembro.
  • Grupo VII : los virus poseen genomas de ADN bicatenario y se replican mediante transcriptasa inversa. El virus de la hepatitis B se puede encontrar en este grupo.

Sistemas históricos [ editar ]

Clasificación de Holmes [ editar ]

Holmes (1948) utilizó una taxonomía linneana con nomenclatura binomial para clasificar los virus en 3 grupos bajo un orden, Virales . Se colocan de la siguiente manera:

  • Grupo I: Phaginae (ataca a las bacterias)
  • Grupo II: Phytophaginae (ataca a las plantas)
  • Grupo III: Zoophaginae (ataca animales)

El sistema no fue aceptado por otros debido a que descuidaba las similitudes morfológicas. [18]

Agentes subvirales [ editar ]

Los siguientes agentes infecciosos son más pequeños que los virus y solo tienen algunas de sus propiedades. [19] [20] Desde 2015, la ICTV ha permitido que se clasifiquen de manera similar a los virus. [21]

Viroides y agentes dependientes de virus [ editar ]

Viroides [ editar ]

  • Familia Avsunviroidae [22]
    • Género Avsunviroid ; especie tipo : viroide de aguacate sunblotch
    • Género Pelamoviroid ; Especie tipo: Viroide mosaico latente de melocotón
    • Género Elaviroid ; especie tipo: Viroide latente de berenjena
  • Familia Pospiviroidae [23]
    • Género Pospiviroid ; especie tipo: viroide del tubérculo fusiforme de la patata
    • Género Hostuviroid ; especie tipo: viroide del truco del lúpulo
    • Género Cocadviroid ; especie tipo: coco cadang-cadang viroide
    • Género Apscaviroid ; especie tipo: viroide de piel de cicatriz de manzana
    • Género Coleviroid ; especie tipo: Coleus blumei viroide 1

Satélites [ editar ]

Los satélites dependen de la coinfección de una célula huésped con un virus auxiliar para la multiplicación productiva. Sus ácidos nucleicos tienen secuencias de nucleótidos sustancialmente distintas de su virus auxiliar o de su anfitrión. Cuando un agente subviral satélite codifica la proteína de la cubierta en la que está encapsulado, se denomina virus satélite.

Los ácidos nucleicos satélites se asemejan a los ácidos nucleicos satélites en que se replican con la ayuda de virus auxiliares. Sin embargo, se diferencian en que pueden codificar funciones que pueden contribuir al éxito de sus virus auxiliares; aunque a veces se consideran elementos genómicos de sus virus auxiliares, no siempre se encuentran dentro de sus virus auxiliares. [19]

  • Virus de satélite [24]
    • Virus satélite de ARN monocatenario
      • (familia sin nombre)
        • Aumaivirus - Virus satélite del mosaico de la línea blanca del maíz
        • Papanivirus - virus satélite del mosaico de Panicum
        • Virtovirus - Virus satélite del mosaico del tabaco
        • Albetovirus - Virus satélite de la necrosis del tabaco
      • Familia Sarthroviridae
        • Macronovirus - Virus satélite Macrobrachium 1 ( virus extrapequeño )
      • (género sin nombre) - Nilaparvata lugens comensal X virus
      • (género sin nombre) - Virus satélite de parálisis de abejas crónica
    • Virus satélite de ADN bicatenario
      • Familia Lavidaviridae - Virophages
    • Virus satélite de ADN monocatenario
      • Género Dependoparvovirus - Grupo de virus adenoasociado
  • Ácidos nucleicos satélite
    • ADN satélite monocatenario
      • Familia Alphasatellitidae (que codifica una proteína iniciadora de la replicación)
      • Familia Tolecusatellitidae (que codifica un determinante de patogenicidad βC1)
    • ARN satélite de doble hebra
    • ARN satélite monocatenario
      • Subgrupo 1: ARN satélites grandes
      • Subgrupo 2: ARN pequeños satélites lineales
      • Subgrupo 3: ARN satélites circulares ( virusoides )
      • Género Deltavirus
      • ARN asociados a polerovirus
    • ARN tipo satélite
    • ADN similar a un satélite

Partículas interferentes defectuosas [ editar ]

Las partículas interferentes defectuosas son virus defectuosos que han perdido su capacidad de replicarse excepto en presencia de un virus auxiliar, que normalmente es el virus parental. También pueden interferir con el virus auxiliar.

  • Partículas interferentes defectuosas (ARN)
  • Partículas interferentes defectuosas (ADN)

Ver también [ editar ]

  • Glosario de denominación científica
  • Nomenclatura binomial
  • Clasificación biológica
  • Comité Internacional de Taxonomía de Virus
  • Lista de géneros de virus
  • Lista de especies de virus
  • Códigos de nomenclatura
  • Prion
  • Taxonomía
  • Nomenclatura trinomial
  • Virología

Notas [ editar ]

  1. ^ Zimmer C (5 de septiembre de 2013). "¿Un catálogo de todos los virus del mundo?" . New York Times . Consultado el 6 de septiembre de 2013 .
  2. ↑ a b Alimpiev, Egor (15 de marzo de 2019). Repensar el concepto de especie de virus (PDF) .
  3. ^ Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Carstens EB (diciembre de 2013). "Cambios acordados recientemente en el Código Internacional de Clasificación y Nomenclatura de Virus" . Archivos de Virología . 158 (12): 2633–9. doi : 10.1007 / s00705-013-1749-9 . PMID 23836393 . 
  4. ^ "Comité internacional de taxonomía de virus (ICTV)" . Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) . Consultado el 25 de marzo de 2020 .
  5. ^ Peterson, A Townsend (23 de julio de 2014). "Definición de especies virales: hacer útil la taxonomía" . Revista de virología . 11 (1). doi : 10.1186 / 1743-422X-11-131 . PMC 4222810 . PMID 25055940 .  
  6. ^ Lefkowitz EJ, Dempsey DM, Hendrickson RC, Orton RJ, Siddell SG, Smith DB (enero de 2018). "Taxonomía de virus: la base de datos del Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV)" . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D708 – D717. doi : 10.1093 / nar / gkx932 . PMC 5753373 . PMID 29040670 .  
  7. ^ a b "Código ICTV" . talk.ictvonline.org . Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Consultado el 26 de abril de 2020 .
  8. ^ "El código internacional de clasificación y nomenclatura de virus" . ICTV . Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  9. ^ Siddell, Stuart; Walker, Peter; Lefkowitz, Elliot; Mushegian, Arcady; Dutilh, Bas; Harrach, Balázs; Harrison, Robert; Junglen, Sandra; Knowles, Nick; Kropinski, Andrew; Krupovic, Mart; Kuhn, Jens; Nibert, Max; Rubino, Luisa; Sabanadzovic, Sead; Simmonds, Peter; Varsani, Arvind; Zerbini, Francisco; Davison, Andrew (3 de diciembre de 2019). "Nomenclatura binomial para especies de virus: una consulta" . Arch Virol (165): 519–525. doi : 10.1007 / s00705-019-04477-6 . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  10. ^ Mallapaty, Smriti (30 de julio de 2020). "¿Deberían cambiar las reglas de nomenclatura de virus durante una pandemia? La pregunta divide a los virólogos" . Naturaleza (584): 19-20. doi : 10.1038 / d41586-020-02243-2 . Consultado el 2 de septiembre de 2020 .
  11. ^ a b "Taxonomía de virus: versión de 2019" . talk.ictvonline.org . Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Consultado el 26 de abril de 2020 .
  12. ^ Bamford DH (mayo de 2003). "¿Los virus forman linajes en diferentes dominios de la vida?". Investigación en Microbiología . 154 (4): 231–6. doi : 10.1016 / S0923-2508 (03) 00065-2 . PMID 12798226 . 
  13. ^ Krupovič M, Bamford DH (diciembre de 2010). "Orden al universo viral" . Revista de Virología . 84 (24): 12476–9. doi : 10.1128 / JVI.01489-10 . PMC 3004316 . PMID 20926569 .  
  14. ^ "Taxonomía de virus: versión de 2019" . talk.ictvonline.org . Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Consultado el 26 de abril de 2020 .
  15. ^ "Clasificación de virus de Baltimore" (sitio web). Libro web de biología molecular - http://web-books.com/ . Consultado el 18 de agosto de 2008.
  16. ^ "Taxonomía de virus: versión de 2019" . talk.ictvonline.org . Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Consultado el 25 de abril de 2020 .
  17. ^ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH. "Propuesta: Crear un marco megataxonómico, llenando todos los principales rangos taxonómicos, para el reino Riboviria" . Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) . Consultado el 21 de mayo de 2020 .CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  18. ^ Kuhn, Jens H. (2020). "Taxonomía de virus". Módulo de referencia en Ciencias de la Vida . doi : 10.1016 / B978-0-12-809633-8.21231-4 . ISBN 978-0-12-809633-8. PMC  7157452 .
  19. ^ a b "Agentes subvirales del noveno informe de ICTV (2011)" . Comité Internacional de Taxonomía de Virus . Consultado el 15 de junio de 2020 .( versión actualizada en sincronía con la versión actual )
  20. ^ STRAUSS, JAMES H .; STRAUSS, ELLEN G. (2008). "Agentes subvirales". Virus y enfermedades humanas . Elsevier. págs. 345–368. doi : 10.1016 / b978-0-12-373741-0.50012-x . ISBN 978-0-12-373741-0.
  21. ^ TaxoProp 2015.002aG
  22. ^ "80.002 Avsunviroidae - Índice de virus ICTVdB". (Sitio web). Sitio web de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. Consultado el 27 de septiembre de 2007.
  23. ^ "80.001 Popsiviroidae - Índice de virus ICTVdB". (Sitio web). Sitio web de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. Consultado el 27 de septiembre de 2007.
  24. ^ Krupovic, Mart; Kuhn, Jens H .; Fischer, Matthias G. (7 de octubre de 2015). "Un sistema de clasificación de virófagos y virus satélite" . Archivos de Virología . 161 (1): 233–247. doi : 10.1007 / s00705-015-2622-9 . PMID 26446887 . 

Enlaces externos [ editar ]

  • Sitio web de ICTV
  • Comité Internacional de Taxonomía de Virus de ICTV Lista Maestra de Especies 2009 Versión 10 (Esta versión fue publicada el 24 de agosto de 2011)
  • El método Baltimore
  • Recurso de análisis y base de datos de patógenos de virus (ViPR)
  • ¿Cómo se clasifican los virus?