BioMart es un proyecto impulsado por la comunidad para proporcionar un único punto de acceso a datos de investigación distribuidos . El proyecto BioMart aporta software de código abierto y servicios de datos a la comunidad científica internacional . Aunque el software BioMart es utilizado principalmente por la comunidad de investigación biomédica , está diseñado de tal manera que cualquier tipo de datos puede incorporarse al marco de BioMart. El proyecto BioMart se originó en el Instituto Europeo de Bioinformática como una solución de gestión de datos [1] para el Proyecto Genoma Humano . [2]Desde entonces, BioMart ha crecido hasta convertirse en una colaboración de múltiples institutos que involucra varios proyectos de bases de datos en los cinco continentes. [3] [4] [5] [6]
BioMart es un sistema de base de datos federado , de código abierto y de libre acceso que proporciona acceso unificado a fuentes de datos dispersas y distribuidas geográficamente. [7] BioMart permite que las bases de datos alojadas en diferentes servidores se presenten sin problemas a los usuarios, facilitando proyectos colaborativos. BioMart contiene varios niveles de optimización de consultas para administrar de manera eficiente grandes conjuntos de datos y ofrece una selección diversa de interfaces gráficas de usuario e interfaces de programación de aplicaciones para permitir que las consultas se realicen de la manera que sea más conveniente para el usuario. Las capacidades de BioMart se amplían mediante la integración con varios paquetes de software ampliamente utilizados, comoBioconductor , [8] Galaxy , [9] Cytoscape , [10] y Taverna . [11]
Hay alrededor de 40 fuentes de datos de BioMart, incluido el Atlas of UTR Regulatory Activity (AURA), la base de datos de cáncer COSMIC , Ensembl Genomes, HapMap , InterPro , Mouse Genome Informatics (MGI), Rfam y UniProt . El acceso es proporcionado por instituciones como el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) y el Instituto Wellcome Trust Sanger en el Reino Unido, el Laboratorio Cold Spring Harbor y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) en los Estados Unidos y el Centro Nacional Francés de Investigación Científica.(CNRS). [12] El BioMart Central Portal se estableció para proporcionar un conveniente punto único de acceso a este creciente grupo de fuentes de datos. [3] [5] [6]