Consorcio COVID-19 Genomics UK
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COVID-19 Genomics Reino Unido
Nuevo logo de COG-UK.jpg
EstablecidoAbril de 2020
AtenciónSecuenciación genómica de COVID-19
Gente clavePavo real de sharon
Presupuesto20 millones de libras [1]
Localización
Reino Unido

El COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) es un grupo de agencias de salud pública e instituciones académicas en el Reino Unido creado en abril de 2020 [1] [2] [3] para recolectar, secuenciar y analizar genomas de SARS-CoV -2 como parte de la respuesta a la pandemia de COVID-19 . El consorcio comprende las cuatro agencias de salud pública del Reino Unido, las organizaciones del Servicio Nacional de Salud, los socios académicos y el Instituto Wellcome Sanger . El consorcio es conocido por identificar por primera vez la variante alfa del SARS-CoV-2 (en ese momento, denominada Variante de preocupación 202012/01) en noviembre de 2020. [4]En enero de 2021, el 45% de todas las secuencias de SARS-CoV-2 cargadas en la base de datos de secuenciación de GISAID se originaron en COG-UK. [5] [6] [7]

Metas estratégicas

La secuenciación amplia de virus patógenos humanos (que inducen enfermedades) cumple múltiples objetivos estratégicos dentro de la respuesta pandémica: [8]

1) Permite reconocer lo antes posible las nuevas variantes emergentes de mayor transmisibilidad o gravedad. En el caso de la variante alfa del SARS-CoV-2 , el COG-Reino Unido alcanzó este objetivo [4] como resultado de la cooperación internacional: Tulio de Oliveira, biólogo computacional de la Universidad de KwaZulu-Natal que participó en el descubrimiento del La variante Beta del SARS-CoV-2 (' variante del virus de Sudáfrica', N501Y.V2), encontró indicios de que la mutación N501Y acelera la propagación del virus y compartió sus hallazgos con Andrew Rambaut.. Rambaut buscó de inmediato los datos de la COG británica en el Reino Unido y encontró la misma mutación puntual en los genomas de ARN de East Anglia (?), Y los datos en inglés respaldaron los hallazgos de Oliveira: 501Y se volvió rápidamente más frecuente (a diferencia de 501N) en partes de Inglaterra también. . [5]

Pronto, se emitió un bloqueo estricto en la región, incluido el Gran Londres . Esto probablemente ayudó a prevenir consecuencias aún más graves de la epidemia.

2) Este método puede mejorar el descubrimiento rápido de variantes de escape inmunes emergentes , y es posible el desarrollo o ajuste más temprano de vacunas que cubren una inmunización fuerte contra estas mutaciones de escape. Declaraciones similares son válidas para el desarrollo y uso de anticuerpos monoclonales. Estos son solo dos ejemplos en los que las decisiones sobre la terapia y la prevención pueden depender de la cepa de virus específica. Patrick Vallance dijo: "La secuenciación genómica ... también puede ayudar a guiar los tratamientos en el futuro ..." [1]

3) La secuenciación del genoma completo mejora la certeza sobre las cadenas de transmisión. Un caso sospechoso de contagio entre dos personas solo puede confirmarse si los virus que infectan a estas dos personas son idénticos o casi idénticos. En el caso de nuevos virus emergentes como el SARS-CoV-2, estos datos pueden ayudar a establecer conocimientos sobre las rutas de transmisión, lo cual es vital para orientar la formulación de políticas sobre enfermedades infecciosas y para definir las preguntas para el rastreo de contactos. Sharon Peacock dijo que "se esperan mutaciones y son una parte natural de la evolución. Ya han surgido muchos miles de mutaciones, y la gran mayoría no tienen ningún efecto sobre el virus, pero pueden ser útiles como código de barras para monitorear brotes". [4] [9]

Estructura

COG-UK cuenta con una financiación de 20 millones de libras esterlinas del Departamento de Salud y Asistencia Social , Investigación e Innovación del Reino Unido (UKRI) y el Instituto Wellcome Sanger , [1] administrado por UKRI. [ cita requerida ] El consorcio también fue respaldado por el Fondo de Innovación de Pruebas del Departamento de Salud y Atención Social el 16 de noviembre de 2020 para facilitar la capacidad de secuenciación del genoma necesaria para satisfacer el creciente número de casos de COVID-19 en el Reino Unido durante el período invernal. [10]

Los socios del consorcio incluyen el Wellcome Sanger Institute , el Quadram Institute y 15 universidades más [11] , incluidas Queen's University Belfast , la Universidad de Birmingham , la Universidad de Cardiff , la Universidad de Cambridge , la Universidad de Edimburgo , la Universidad de Exeter , la Universidad de Glasgow , Universidad de Liverpool , Universidad de Northumbria , Universidad de Nottingham , Universidad de Oxford , Universidad de Portsmouth ,University College London , Imperial College London y la Universidad de Sheffield . [12]

Gente clave

La directora ejecutiva del consorcio es Sharon Peacock , profesora y microbióloga de la Universidad de Cambridge . [13] [5] Peacock también está en comisión de servicio a tiempo parcial en Public Health England como Directora de Ciencias, donde se centra en el desarrollo de la secuenciación de patógenos a través de COG-UK. [14]

Desarrollos

Durante la pandemia de COVID-19, las herramientas desarrolladas por el consorcio COG-UK se han utilizado ampliamente, incluida, por ejemplo, la asignación filogenética de linajes de brotes globales nombrados (PANGOLIN). [15] El consorcio COG-Reino Unido detectó la variante alfa del SARS-CoV-2 en noviembre de 2020. [4] [16] La variante es objeto de investigaciones en curso por parte de las agencias de salud pública del Reino Unido, coordinadas por Public Health England y respaldadas por COG-UK. [17] El número de secuencias que COG-UK ha subido a GISAID es un poco menos del 5% de todos los casos de COVID-19 del Reino Unido, en comparación con el 3,2% de los Estados Unidos y el 60% de Australia .[5] Aproximadamente el 60% de estos fueron secuenciados en el Instituto Wellcome Sanger . [13] En diciembre de 2020, se informó que el consorcio COG-Reino Unido había comprendido "la historia genética de más de 150.000 muestras del virus Sars-Cov-2". [18]

Publicaciones Seleccionadas

  • Lo, Stephanie W .; Jamrozy, Dorota (20 de julio de 2020). "Genómica y vigilancia epidemiológica" . Reseñas de la naturaleza. Microbiología : 1. doi : 10.1038 / s41579-020-0421-0 . ISSN  1740-1526 . PMC  7371787 . PMID  32690878 .
  • Meredith, Luke W .; Hamilton, William L .; Warne, Ben; Houldcroft, Charlotte J .; Hosmillo, Myra; Jahun, Aminu S .; Curran, Martin D .; Parmar, Surendra; Persona que llama, Laura G .; Caddy, Sarah L .; Khokhar, Fahad A. (1 de noviembre de 2020). "Implementación rápida de secuenciación de SARS-CoV-2 para investigar casos de COVID-19 asociados a la atención médica: un estudio prospectivo de vigilancia genómica" . Enfermedades Infecciosas de The Lancet . 20 (11): 1263-1271. doi : 10.1016 / S1473-3099 (20) 30562-4 . ISSN  1473-3099 . PMID  32679081 .
  • Rambaut, Andrew; Holmes, Edward C .; O'Toole, Áine; Hill, Verity; McCrone, John T .; Ruis, Christopher; du Plessis, Louis; Pybus, Oliver G. (noviembre de 2020). "Una propuesta de nomenclatura dinámica para linajes de SARS-CoV-2 para ayudar a la epidemiología genómica" . Microbiología de la naturaleza. 5 (11): 1403–1407. doi: 10.1038 / s41564-020-0770-5 . ISSN 2058-5276 .
  • da Silva Filipe, Ana; Pastor, James G .; Williams, Thomas; Hughes, Joseph; Aranday-Cortes, Eliú; Asamaphan, Patawee; Ashraf, Shirin; Balcazar, Carlos; Brunker, Kirstyn; Campbell, Alasdair; Carmichael, Stephen (enero de 2021). "La epidemiología genómica revela múltiples introducciones de SARS-CoV-2 desde Europa continental en Escocia" . Microbiología de la naturaleza. 6 (1): 112–122. doi: 10.1038 / s41564-020-00838-z . ISSN 2058-5276 .
  • Thomson, Emma C .; Rosen, Laura E .; Pastor, James G .; Spreafico, Roberto; da Silva Filipe, Ana; Wojcechowskyj, Jason A .; Davis, Chris; Piccoli, Luca; Pascall, David J .; Dillen, Josh; Lytras, Spyros (enero de 2021). "Las variantes circulantes de SARS-CoV-2 pico N439K mantienen la aptitud mientras evaden la inmunidad mediada por anticuerpos" . Celular . doi : 10.1016 / j.cell.2021.01.037 . ISSN  0092-8674 . PMC  7843029 .

Referencias

  1. ^ a b c d "Reino Unido lanza una alianza de secuencia de genoma completo para mapear la propagación del coronavirus" . Consorcio COG-Reino Unido . 23 de marzo de 2020 . Consultado el 23 de diciembre de 2020 .
  2. ^ Peacock, Sharon (17 de diciembre de 2020). "Una breve historia del consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK)" . Consorcio COG-Reino Unido . Consultado el 19 de enero de 2021 .
  3. ^ Gallagher, James (23 de marzo de 2020). "Coronavirus a rastrear usando su código genético" . www.bbc.co.uk . Consultado el 27 de enero de 2021 . El proyecto, denominado Covid-19 Genomics UK Consortium, es una colaboración entre el NHS, las agencias de salud pública y las universidades del Instituto Wellcome Sanger. El secretario comercial Alok Sharma dijo: "Este nuevo consorcio reunirá a los mejores y más brillantes científicos del Reino Unido para desarrollar nuestra comprensión de esta pandemia, abordar la enfermedad y, en última instancia, salvar vidas".
  4. ↑ a b c d Wise, Jacqui (16 de diciembre de 2020). "Covid-19: se identifica nueva variante de coronavirus en Reino Unido" . BMJ . 371 : m4857. doi : 10.1136 / bmj.m4857 . ISSN 1756-1833 . PMID 33328153 .  
  5. ↑ a b c d David Cyranoski (15 de enero de 2021). "Las variantes de COVID alarmantes muestran un papel vital de la vigilancia genómica" . www.nature.com . Consultado el 28 de febrero de 2021 .
  6. ^ "En el seguimiento de las mutaciones de Covid, la mayoría de los países vuelan a ciegas" . www.nst.com.my . 22 de enero de 2021 . Consultado el 23 de enero de 2021 .
  7. ^ "Bio-Britain está liderando el mundo en la ciencia de Covid" . Daily Telegraph . 10 de enero de 2021.
  8. ^ Sheri Fink (21 de diciembre de 2020). "Sudáfrica anuncia una nueva variante de coronavirus" . NY Times . Consultado el 30 de abril de 2021 . … Los científicos de todo el mundo los rastrean [es decir, cambios y nuevos linajes] para evaluar si afectan características como la transmisibilidad, la gravedad de la enfermedad y la respuesta a tratamientos y vacunas.
  9. ^ (en idioma alemán :) Grill, Markus; Jolmes, Johannes (28 de enero de 2021). "Coronavirus in Deutschland - Die schleppende Suche nach den Mutanten" (en alemán). NDR / WDR Tagesschau Investigativ . Consultado el 24 de abril de 2021 . … Die Muster der SarsCoV2-Übertragung en Krankenhäusern, Pflegeheimen, Universitäten und am Arbeitsplatz… [zu verstehen: Damit will man]… ein höher aufgelöstes Bild der… [Infektionswege / Bewegung] des Virus erstellen.
  10. ^ Nov 2020, COG-UK 16. "Impulso de £ 12,2 millones para vigilancia genómica en tiempo real de SARS-CoV-2 - COG-UK Consortium" . www.cogconsortium.uk . Consultado el 19 de enero de 2021 .
  11. ^ "Variante del coronavirus del Reino Unido: 'estamos siendo sancionados por transparencia ' " . Daily Telegraph .
  12. ^ "Socios del consorcio" . Consorcio COG-Reino Unido . Consultado el 22 de diciembre de 2020 .
  13. ^ a b "Cómo Gran Bretaña ha hecho tanta secuenciación del genoma del coronavirus" . www.economist.com . 16 de enero de 2021 . Consultado el 28 de febrero de 2021 .
  14. ^ "Profesora Sharon Peacock - CBE FMedSci | Sitio web y blog" . Sharon Peacock . Consultado el 19 de enero de 2021 .
  15. ^ "Informe del consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) n. ° 10-11 de agosto de 2020 (consulte la sección 'Resumen de las principales herramientas y canalizaciones desarrolladas por COG-UK')" (PDF) . www.cogconsortium.uk . 11 de agosto de 2020 . Consultado el 23 de enero de 2021 .
  16. ^ "Las nuevas variantes de Covid son un peligro para todos nosotros" . www.ft.com .
  17. ^ Diciembre de 2020, COG-UK 14. "Actualización sobre la nueva variante de SARS-CoV-2 y cómo COG-UK rastrea mutaciones emergentes - COG-UK Consortium" . www.cogconsortium.uk . Consultado el 19 de enero de 2021 .
  18. ^ Schraer, Rachel (22 de diciembre de 2020). "Covid: nueva variante encontrada 'debido al arduo trabajo de los científicos del Reino Unido ' " . www.bbc.co.uk . Consultado el 23 de enero de 2021 .

enlaces externos

  • Página web oficial
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