Las herramientas de diseño CRISPR-Cas son plataformas de software informático y herramientas bioinformáticas que se utilizan para facilitar el diseño de ARN guía (ARNg) para su uso con el sistema de edición de genes CRISPR / Cas .
CRISPR-Cas
El sistema CRISPR / Cas (repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente interespaciadas / nucleasas asociadas a CRISPR) se descubrió originalmente como un mecanismo de respuesta inmune adquirida utilizado por arqueas y bacterias . Desde entonces se ha adoptado para su uso como herramienta en la ingeniería genética de organismos superiores.
El diseño de un ARNg apropiado es un elemento importante de la edición del genoma con el sistema CRISPR / Cas. Un ARNg puede tener interacciones no deseadas ("fuera de los objetivos") con otras ubicaciones del genoma de interés, ya veces las tiene. Para un ARNg candidato dado, estas herramientas informan su lista de posibles objetivos fuera de objetivos en el genoma, lo que permite al diseñador evaluar su idoneidad antes de embarcarse en cualquier experimento.
Los científicos también han comenzado a explorar la mecánica del sistema CRISPR / Cas y qué rige qué tan bueno o activo es un ARNg para dirigir la nucleasa Cas a una ubicación específica del genoma de interés. [1] [2] Como resultado de este trabajo, se han publicado nuevos métodos para evaluar un gRNA por su 'actividad', [1] [2] y ahora es una buena práctica considerar tanto las interacciones no deseadas de un gRNA como así como la actividad predicha de un gRNA en la etapa de diseño.
Mesa
La siguiente tabla enumera las herramientas disponibles y sus atributos.
Nombre de la herramienta | Proveedor | Busca objetivos en todo el genoma | Devuelve todos los objetivos del genoma | Se puede definir la extensión y la ubicación de la semilla | Número máximo de discrepancias admitidas | Predice la actividad de gRNA | Disponible Protospacer motivo adyacente (PAM) secuencias | Se informa la anotación | sugerencia o puntuación de gRNA | Referencias |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CRISPRon, CRISPRoff | Centro de ARN no codificante en Tecnología y Salud, Universidad de Copenhague | sí | sí | sí | Todas | sí | NGG, NGA, NAG | sí | sí | [3] , [4] |
Editor del genoma de Invitrogen TrueDesign | Thermo Fisher Scientific | sí | sí | No | 3 | No | NGG | sí | sí | [5] |
Rompiendo-Cas | Centro Nacional de Biotecnología de España | Sí (más de 1000 genomas) | sí | Si (por pesos) | 4 | No | Personalizable por el usuario | sí | sí | [6] |
Cas-OFFinder | Universidad Nacional de Seúl | sí | sí | No | 0-10 | No | NGG, NRG, NNAGAAW, NNNNGMTT | No | sí | [7] |
FUNDICIÓN | Caagle | sí | sí | No | 3 | No | NGG y NAG | No | sí | [8] |
Crujiente | Universidad técnica de Dinamarca | sí | sí | No | Todas | No | NGG | sí | sí | [9] |
CCTop | Universidad de Heidelberg | sí | sí | Parcial | 5 (0-5) | sí | NGG, NRG, NNGRRT, NNNNGATT, NNAGAAW, NAAAAC | sí | sí | [10] |
CHOPCHOP | Universidad Harvard | sí | sí | Parcial | 0, 2 | No | NGG, NNAGAA, NNNNGANN | No | sí | [11] |
CHOPCHOP v2 | Universidad de Bergen | sí | sí | sí | 3 (0-3) | sí | Personalizable por el usuario | sí | sí | [12] |
CRISPOR | Universidad de California, Santa Cruz TEFOR | Sí (más de 200 genomas) | sí | No | 4 | sí | NGG, NGA, NGCG, NNAGAA, NGGNG, NNGRRT, NNNRRT, NNNNGMTT, NNNNACA, TTTN | sí | sí | [13] |
Diseño CRISPR | Laboratorio de Zhang, MIT | sí | No | No | 4 | No | NGG y NAG | exones de ARNm | sí | [14] |
CRISPRdirect | Centro de bases de datos para ciencias de la vida (DBCLS) | Sí (más de 200 especies) | sí | No | Cualquier número | No | NNN | sí | sí | [15] |
CRISPRscan | Laboratorio Giraldez, Yale | sí | sí | No | 4 | sí | NGG, TTTV, TTTN | sí | sí | [dieciséis] |
CRISPRseek | Bioconductor | sí | sí | No | Cualquier número | No | Personalizable por el usuario | exones de ARNm | sí | [17] |
ESCRITORIO | Genética de escritorio | sí | sí | sí | Cualquier número | sí | Totalmente personalizable por el usuario | sí | sí | [18] |
GuideScan | GuideScan | sí | sí | sí | 3 en el sitio web y personalizable con línea de comando | sí | NGG / NAG en el sitio web y personalizable con línea de comando | sí | sí | [19] |
GT-Scan | CSIRO y EMBL-ABR | sí | sí | sí | 3 (0-3) | No | Personalizable por el usuario | Enlaces al navegador del genoma Ensembl | sí | [20] |
Fuera de Spotter | Universidad Thomas Jefferson | sí | sí | sí | 0-5 | NGG, NAG, NNNNACA, NNGRRT (R es A o G) | ARNm de exones , unspliced ARNm, ARNm, 5'UTR , CDS , 3'UTR , unspliced lincRNA , lincRNA | Personalizable por el usuario | [21] | |
Diseñador sgRNA | Instituto amplio | No | No | No | 0 | sí | NGG | CDS (si busca por ID de transcripción) | sí | [1] |
Herramienta de diseño Synthego | Synthego | Sí (más de 120.000 genomas) | No (optimizado para nocaut) | sí | 3 | sí | NGG | Sí (RefSeq, Ensembl, Gencode) | sí | [22] |
Toscana | CSIRO | No | No | No | 0 | sí | NGG | No | sí | [23] |
VARSCOT | CSIRO | sí | sí | No | 0-8 | sí | Personalizable por el usuario | No | sí | [24] |
Diseñador de genes dirigido a CRISPR | Descubrimiento del horizonte | Sí, múltiple | sí | sí | 4 | sí | NGG, NNGRRT, YTTV, otros | sí | sí | (21) |
Referencias
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