Un árbol filogenético (también filogenia o árbol evolutivo [3] ) es un diagrama de ramificación o un árbol que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies biológicas u otras entidades basadas en similitudes y diferencias en sus características físicas o genéticas. Toda la vida en la Tierra es parte de un solo árbol filogenético, lo que indica una ascendencia común .
En un árbol filogenético enraizado , cada nodo con descendientes representa el ancestro común más reciente inferido de esos descendientes, [ cita requerida ] y las longitudes de los bordes en algunos árboles pueden interpretarse como estimaciones de tiempo. Cada nodo se denomina unidad taxonómica. Los nodos internos generalmente se denominan unidades taxonómicas hipotéticas, ya que no se pueden observar directamente. Los árboles son útiles en campos de la biología como la bioinformática , la sistemática y la filogenética . Los árboles sin raíz ilustran solo la relación de los nodos de hoja y no requieren que la raíz ancestral sea conocida o inferida.
La idea de un " árbol de la vida " surgió de las nociones antiguas de una progresión en forma de escalera desde formas de vida inferiores a superiores (como en la Gran Cadena del Ser ). Las primeras representaciones de árboles filogenéticos "ramificados" incluyen un "gráfico paleontológico" que muestra las relaciones geológicas entre plantas y animales en el libro Geología elemental , de Edward Hitchcock (primera edición: 1840).
Charles Darwin (1859) también produjo una de las primeras ilustraciones y popularizó de manera crucial la noción de un "árbol" evolutivo en su libro seminal El origen de las especies . Más de un siglo después, los biólogos evolutivos todavía usan diagramas de árbol para representar la evolución porque dichos diagramas transmiten efectivamente el concepto de que la especiación ocurre a través de la división adaptativa y semialeatoria de linajes. Con el tiempo, la clasificación de especies se ha vuelto menos estática y más dinámica.
El término filogenético , o filogenia , deriva de las dos palabras griegas antiguas φῦλον ( phûlon ), que significa "raza, linaje", y γένεσις ( génesis ), que significa "origen, fuente". [4] [5]
Un árbol filogenético enraizado (ver dos gráficos en la parte superior) es un árbol dirigido con un nodo único, la raíz, correspondiente al ancestro común más reciente (generalmente imputado ) de todas las entidades en las hojas del árbol. El nodo raíz no tiene un nodo principal, pero actúa como el principal de todos los demás nodos del árbol. Por lo tanto, la raíz es un nodo de grado 2, mientras que otros nodos internos tienen un grado mínimo de 3 (donde "grado" aquí se refiere al número total de aristas entrantes y salientes).