La Base de datos de toxicogenómica comparativa ( CTD ) es un sitio web público y una herramienta de investigación lanzada en noviembre de 2004 que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas / fármacos, genes / proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción. La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte .
Desarrollador (es) | Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte y el Departamento de Bioinformática, Laboratorio Biológico MDI |
---|---|
Versión inicial | 12 de noviembre de 2004 |
Disponible en | inglés |
Tipo | Bioinformática , análisis de datos |
Sitio web | ctdbase |
Fondo
La Comparative Toxicogenomics Database (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que recopila datos científicos que describen relaciones entre sustancias químicas, genes / proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, rutas y módulos de interacción, lanzado el 12 de noviembre de 2004. [ 1] [2] [3] [4] La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte. [ cita requerida ]
Metas y objetivos
Uno de los objetivos principales de CTD es avanzar en la comprensión de los efectos de las sustancias químicas ambientales en la salud humana a nivel genético, un campo llamado toxicogenómica .
La etiología de muchas enfermedades crónicas implica interacciones entre factores ambientales y genes que modulan procesos fisiológicos importantes. Los productos químicos son un componente importante del medio ambiente. Se sabe que afecciones como el asma , el cáncer, la diabetes , la hipertensión , la inmunodeficiencia y la enfermedad de Parkinson están influenciadas por el medio ambiente; sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas correlaciones no se comprenden bien. CTD puede ayudar a resolver estos mecanismos. La lista extensa más actualizada de artículos científicos revisados por pares sobre CTD está disponible en su página de publicaciones [5]
Datos básicos
CTD es un recurso único donde los biocuradores [6] [7] leen la literatura científica y seleccionan manualmente cuatro tipos de datos básicos:
- Interacciones químico-genético
- Asociaciones de enfermedades químicas
- Asociaciones gen-enfermedad
- Asociaciones químico-fenotipo
Integración de datos
Al integrar los cuatro conjuntos de datos anteriores, CTD construye automáticamente redes putativas de enfermedades, fenotipos, genes y químicos para iluminar los mecanismos moleculares subyacentes a las enfermedades influenciadas por el medio ambiente.
Estas relaciones inferidas se califican y clasifican estadísticamente y pueden ser utilizadas por científicos y biólogos computacionales para generar y verificar hipótesis comprobables sobre los mecanismos toxicogenómicos y cómo se relacionan con la salud humana.
Los usuarios pueden buscar CTD para explorar datos científicos en busca de sustancias químicas, genes, enfermedades o interacciones entre cualquiera de estos tres conceptos. Actualmente, [ ¿cuándo? ] CTD integra datos toxicogenómicos para vertebrados e invertebrados.
CTD integra datos o hipervínculos a estas bases de datos:
- ChemIDplus, un diccionario de más de 400.000 sustancias químicas que se encuentran en la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. [8]
- DrugBank
- Proyecto de infraestructura de datos para la seguridad química (diXa) Data Warehouse del Instituto Europeo de Bioinformática [9] [10], que en noviembre de 2015 contenía 469 compuestos, 188 conjuntos de datos de enfermedades en tres subcategorías de enfermedades hepáticas, renales y cardiovasculares. [11]
- Consorcio de Ontología Genética
- KEGG
- NCBI Entrez-Gene
- NCBI PubMed
- Taxonomía NCBI [12]
- Encabezados de materias médicas de la NLM
- OMIM
- Reactome
Referencias
- ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (septiembre de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD): un recurso para estudios toxicológicos comparativos" . Revista de Zoología Experimental Parte A: Biología Experimental Comparativa . 305 (9): 689–92. doi : 10.1002 / jez.a.307 . PMC 1586110 . PMID 16902965 .
- ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (agosto de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD): un recurso de especies cruzadas para la construcción de redes de interacción químico-gen" . Toxicol. Sci . 92 (2): 587–95. doi : 10.1093 / toxsci / kfl008 . PMC 1586111 . PMID 16675512 .
- ^ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). "Promoción de estudios moleculares comparativos en la investigación de la salud ambiental: una visión general de la base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD)" . Farmacogenómica J . 4 (1): 5–8. doi : 10.1038 / sj.tpj.6500225 . PMID 14735110 .
- ^ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (mayo de 2003). "La Base de Datos de Toxicogenómica Comparativa (CTD)" . Reinar. Perspectiva de salud . 111 (6): 793–5. doi : 10.1289 / ehp.6028 . PMC 1241500 . PMID 12760826 . Archivado desde el original el 6 de junio de 2010.
- ^ Página de publicaciones de CTD ctdbase.org
- ^ Bourne PE, McEntyre J (octubre de 2006). "Biocuradores: contribuyentes al mundo de la ciencia" . PLoS Comput. Biol . 2 (10): e142. Código Bibliográfico : 2006PLSCB ... 2..142B . doi : 10.1371 / journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157 . PMID 17411327 .
- ^ Salimi N, Vita R (octubre de 2006). "El biocurador: conectar y mejorar los datos científicos" . PLoS Comput. Biol . 2 (10): e125. Código bibliográfico : 2006PLSCB ... 2..125S . doi : 10.1371 / journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147 . PMID 17069454 .
- ^ ChemIDplus Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU., Sin fecha, consultado el 7 de noviembre de 2015
- ^ DiXa Data Warehouse nd, consultado el 7 de noviembre de 2015
- ^ Hendrickx, DM; Aerts, HJWL; Caiment, F .; Clark, D .; Ebbels, TMD; Evelo, CT; Gmuender, H .; Hebels, DGAJ; Herwig, R .; Hescheler, J .; Jennen, DGJ; Jetten, MJA; Kanterakis, S .; Keun, HC; Matser, V .; Overington, JP; Pilicheva, E .; Sarkans, U .; Segura-Lepe, diputado; Sotiriadou, I .; Wittenberger, T .; Wittwehr, C .; Zanzi, A .; Kleinjans, JCS (12 de diciembre de 2014). "diXa: una infraestructura de datos para la evaluación de la seguridad química" . Bioinformática . 31 (9): 1505-1507. doi : 10.1093 / bioinformatics / btu827 . PMC 4410652 . PMID 25505093 .
- ^ Train online, Disease data European Molecular Biology Laboratory, nd, consultado el 7 de noviembre de 2015
- ^ Taxonomía NCBI
enlaces externos
- Base de datos comparativa de toxicogenómica
- Laboratorio biológico MDI