DRIP-seq
DRIP-seq (secuenciación DRIP) es una tecnología para el perfil de todo el genoma de un tipo de híbrido de ADN-ARN llamado " bucle R ". [1] DRIP-seq utiliza un anticuerpo independiente de la secuencia pero específico de la estructura para la inmunoprecipitación de ADN-ARN (DRIP) para capturar los bucles R para la secuenciación de ADN masivamente paralela . [1]
Un bucle R es una estructura de ácido nucleico de tres hebras , que consta de un dúplex híbrido ADN-ARN y un ADN monocatenario desplazado (ssDNA). [2] Los bucles R se forman predominantemente en regiones genómicas ricas en citosina durante la transcripción [2] y se sabe que están involucrados con la expresión génica y el cambio de clase de inmunoglobulina . [1] [3] [4] Se han encontrado en una variedad de especies, desde bacterias hasta mamíferos. [2] Se localizan preferentemente en los promotores de islas CpG en células humanas y en regiones altamente transcritas en levaduras. [1] [3]
En condiciones anormales, es decir, producción elevada de híbridos de ADN-ARN, los bucles R pueden causar inestabilidad del genoma al exponer el ADN monocatenario a daños endógenos ejercidos por la acción de enzimas como AID y APOBEC , o sobreexposición a especies químicamente reactivas. [4] Por lo tanto, comprender dónde y en qué circunstancias se forman los bucles R en el genoma es crucial para comprender mejor la inestabilidad del genoma. La caracterización del bucle R se limitó inicialmente a enfoques específicos de locus. [5] Sin embargo, tras la llegada de la secuenciación paralela masiva tecnologías y, posteriormente, derivados como DRIP-seq, se ha abierto la posibilidad de investigar genomas completos para bucles R.
DRIP-seq se basa en la alta especificidad y afinidad del anticuerpo monoclonal (mAb) S9.6 hacia híbridos de ADN-ARN de diversas longitudes. El mAb S9.6 se creó y caracterizó por primera vez en 1986 y actualmente se usa para la inmunoprecipitación selectiva de bucles R. [6] Desde entonces, se ha utilizado en diversos métodos de inmunoprecipitación para la caracterización del bucle R. [1] [3] [7] [8] El concepto detrás de DRIP-seq es similar a la secuenciación de ChIP ; Los fragmentos de bucle R son el principal material inmunoprecipitado en DRIP-seq.
DRIP-seq se utiliza principalmente para el mapeo de bucles R. La identificación de los sitios de formación del bucle R permite el estudio de diversos eventos celulares, como la función de la formación del bucle R en regiones específicas, la caracterización de estas regiones y el impacto en la expresión génica. También se puede utilizar para estudiar la influencia de los bucles R en otros procesos como la replicación y síntesis de ADN. Indirectamente, DRIP-seq se puede realizar en líneas celulares mutantes deficientes en genes implicados en la resolución del bucle R. [3] Este tipo de estudios proporcionan información sobre las funciones del gen mutado en la supresión de la formación de ADN-ARN y, potencialmente, sobre la importancia de los bucles R en la inestabilidad del genoma.
DRIP-seq se utilizó por primera vez para el perfil de todo el genoma de bucles R en humanos, que mostró una formación generalizada de bucles R en los promotores de islas CpG. [1] En particular, los investigadores encontraron que la formación de bucles R está asociada con el estado no metilado de las islas CpG.
