La Colaboración internacional de bases de datos de secuencias de nucleótidos ( INSDC ) consiste en un esfuerzo conjunto para recopilar y difundir bases de datos que contienen secuencias de ADN y ARN . [1] Se trata de las siguientes bases de datos informatizadas : DNA Data Bank of Japan ( Japón ), GenBank ( EE.UU. ) y European Nucleotide Archive ( Reino Unido ). Datos nuevos y actualizados sobre nucleótidos Las secuencias aportadas por los equipos de investigación a cada una de las tres bases de datos se sincronizan a diario mediante la interacción continua entre el personal de cada una de las organizaciones colaboradoras.
Todos los datos en INSDC están disponibles para acceso gratuito y sin restricciones, para cualquier propósito, sin restricciones en el análisis, redistribución o re-publicación de los datos. Esta política ha sido un principio fundamental del INSDC desde sus inicios. La declaración de política oficial se puede encontrar en http://www.insdc.org/ . [2] Desde la década de 1990, la mayoría de las principales revistas científicas del mundo han exigido que los datos de secuencia se depositen en una base de datos del INSDC como condición previa para su publicación.
La sincronización DDBJ / EMBL / GenBank se mantiene de acuerdo con una serie de pautas que son producidas y publicadas por una Junta Asesora Internacional. [3] Las directrices consisten en una definición común de las tablas de características [4] para las bases de datos, que regulan el contenido y la sintaxis de las entradas de la base de datos, [5] en forma de una DTD ( Definición de tipo de documento ) común .
La sintaxis se llama INSDSeq y su núcleo consiste en la secuencia de letras de la expresión del gen ( secuencia de aminoácidos ) y la secuencia de letras para las bases de nucleótidos en el gen o segmento decodificado. En una operación DBFetch muestra una entrada típica de INSD en la base de datos de EBI; [6] la misma entrada en NCBI. [7]
Ver también
Referencias
- ^ Karsch-Mizrachi, I .; Nakamura, Y .; Cochrane, G .; Colaboración internacional de bases de datos de secuencias de nucleótidos (2011). "La colaboración internacional de bases de datos de secuencias de nucleótidos" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D33 – D37. doi : 10.1093 / nar / gkr1006 . PMC 3244996 . PMID 22080546 .
- ^ "insdc.org" .
- ^ "INSDC :: Asesores" . Archivado desde el original el 9 de diciembre de 2007 . Consultado el 29 de junio de 2019 .
- ^ "Definición de la tabla de funciones de DDBJ / ENA / GenBank" . Ebi.ac.uk. Archivado desde el original el 24 de marzo de 2005 . Consultado el 29 de junio de 2019 .
- ^ "Archivo europeo de nucleótidos " . www.ebi.ac.uk .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 12 de febrero de 2005 . Consultado el 2 de marzo de 2005 .Mantenimiento de CS1: copia archivada como título ( enlace )
- ^ Estados Unidos (6 de mayo de 2019). "ARNm de Trifolium repens para beta-glucosidasa no cianogénica - Nucleótido - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 29 de junio de 2019 .
enlaces externos
- Sitio oficial
enlaces externos
- Página web oficial
- Sitio EMBL INSDC
- Base de datos de nucleótidos EMBL
- Banco de datos de ADN de Japón
- Búsqueda de nucleótidos en GenBank