En bioquímica , un diagrama de Eadie-Hofstee (más comúnmente llamado diagrama de Eadie-Hofstee ) es una representación gráfica de la ecuación de Michaelis-Menten en cinética enzimática . Se le ha conocido por varios nombres diferentes, incluida la trama de Eadie , la trama de Hofstee y la trama de Augustinsson . La atribución a Woolf es engañosa, porque aunque Haldane y Stern [1] atribuyeron a Woolf la ecuación subyacente, fue sólo una de las tres transformaciones lineales de la ecuación de Michaelis-Menten que derivó.
Derivación de la ecuación para la gráfica
La ecuación más simple para la tasa de una reacción catalizada por enzimas en función de la concentración del sustrato es la ecuación de Michaelis-Menten, que se puede escribir de la siguiente manera:
en el cual es la tasa de saturación del sustrato (cuando se aproxima al infinito, o tasa límite , y es el valor de a la mitad de la saturación, es decir, para , conocida como la constante de Michaelis . Eadie [2] y Hofstee [3] transformaron independientemente esto en relaciones de línea recta, de la siguiente manera: Tomar recíprocos de ambos lados de la ecuación da la ecuación subyacente a la gráfica Lineweaver-Burk :
- ·
Esto se puede reorganizar para expresar una relación en línea recta diferente:
- ·
lo que muestra que una trama de en contra es una línea recta con intersección en ordenada y pendiente (Parcela de Hofstee). En el gráfico de Eadie, los ejes están invertidos, pero el principio es el mismo. Estos gráficos son versiones cinéticas del gráfico de Scatchard utilizado en experimentos de unión de ligandos. [4]
Parcela de Augustinsson
La trama se atribuye ocasionalmente a Augustinsson, [5] pero el artículo en cuestión no figura en la lista de Web of Science o en el sitio web de la revista, y parece que no se puede obtener. Es imposible saber, por tanto, si se trataba de una derivación independiente o una cita del artículo de Eadie (dado que ambos autores trabajaron con colinesterasas ).
Efecto del error experimental
Generalmente se asume que el error experimental afecta la tasa y no la concentración de sustrato , entonces es la variable dependiente . [6] Como resultado, ambos ordenan y abscisas están sujetos a error experimental, por lo que las desviaciones que se producen debido al error no son paralelas al eje de ordenadas, sino hacia o desde el origen. Siempre que el gráfico se utilice para ilustrar un análisis en lugar de para estimar los parámetros , eso importa muy poco. Independientemente de estas consideraciones, varios autores [7] [8] [9] han comparado la idoneidad de los distintos gráficos para mostrar y analizar datos.
Utilizar para estimar parámetros
Al igual que otras formas de línea recta de la ecuación de Michaelis-Menten, la gráfica de Eadie-Hofstee se utilizó históricamente para una evaluación rápida de los parámetros. y , pero ha sido reemplazado en gran medida por métodos de regresión no lineal que son significativamente más precisos y ya no son computacionalmente inaccesibles.
Hacer visibles las fallas en el diseño experimental
Como la escala de ordenadas abarca todo el rango de teóricamente posibles vales, de 0 a uno puede ver de un vistazo en un diagrama de Eadie-Hofstee qué tan bien el diseño experimental llena el espacio de diseño teórico, y el diagrama hace que sea imposible ocultar un diseño deficiente. Por el contrario, las otras gráficas rectas conocidas facilitan la elección de escalas que implican que el diseño es mejor de lo que es.
Ver también
Notas al pie y referencias
- ^ Haldane, JBS; Stern, KG (1932). Allgemeine Chemie der Enzyme . Dresde y Leipzig: Steinkopff. págs. 119–120.
- ^ Eadie, GS (1942). "La inhibición de la colinesterasa por fisostigmina y prostigmina". J. Biol. Chem . 146 : 85–93.
- ^ Hofstee, BHJ (1959). "Parcelas no invertidas versus invertidas en cinética enzimática". Naturaleza . 184 (4695): 1296–1298. doi : 10.1038 / 1841296b0 .
- ^ Srinivasan, Bharat (8 de octubre de 2020). "Tratamiento explícito de cinética atípica y no Michaelis-Menten en el descubrimiento temprano de fármacos" . dx.doi.org . Consultado el 19 de abril de 2021 .
- ^ Augustinsson, KB (1948). "(título desconocido)". Acta Physiol. Scand . 15 Suplemento: 52.
- ^ Es probable que esto sea cierto, al menos aproximadamente, aunque probablemente sea optimista pensar que se conoce exactamente.
- ^ Dowd, JE; Riggs, DS (1965). "Una comparación de estimaciones de las constantes cinéticas de Michaelis-Menten de diversas transformaciones lineales". J. Biol. Chem . 240 : 863–869. PMID 14275146 . }}
- ^ Atkins, GL; Nimmo, IA (1975). "Una comparación de siete métodos para ajustar la ecuación de Michaelis-Menten" . Biochem. J . 149 (3): 775–777. doi : 10.1042 / bj1490775 . PMC 1165686 .
- ^ Cornish-Bowden, A. Fundamentos de la cinética enzimática (4ª ed.). Weinheim, Alemania: Wiley-Blackwell. págs. 51–53. ISBN 978-3-527-33074-4.