El elemento de ARN asociado a eps ( EAR ; también llamado motivo epsC ) es un motivo de ARN conservado asociado con genes de biosíntesis de exopolisacárido ( eps ) o cápsula en un subconjunto de bacterias clasificadas dentro del orden Bacillales . [1] [2] Inicialmente se descubrió en Bacillus subtilis , ubicado entre el segundo y tercer gen en el operón eps (es decir, entre epsB y epsC ). La eliminación del elemento EAR perjudica formación de biopelículas . [1]
elemento de ARN asociado a eps | |
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Identificadores | |
Símbolo | motivo epsC |
Alt. Simbolos | OÍDO |
Rfam | RF01735 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | Elemento regulador cis |
Dominio (s) | Bacillales |
Estructuras PDB | PDBe |
La combinación de alineamientos de secuencia comparativos y datos de sondeo estructural reveló que la estructura secundaria del ARN EAR consta de cinco segmentos helicoidales (P1-P5) y un pseudonudo [1] [2] (ver diagrama). En general, las mutaciones que alteran las regiones helicoidales conservadas eliminan la formación de biopelículas por B. subtilis , mientras que las mutaciones en regiones variables no conservadas no presentan tal efecto. [1] Por lo tanto, la estructura secundaria de EAR juega un papel importante para su función in vivo .
A nivel de transcripción , la alteración del motivo EAR conduce a una disminución significativa en la expresión de genes eps localizados distalmente ( epsF-O ) sin afectar a los genes proximales ( epsC-E ). [1] De acuerdo con esta observación, se encontraron varias horquillas terminadoras intrínsecas potenciales dentro de la región de codificación de epsF . [1] Un elemento EAR de tipo salvaje es capaz de promover la lectura transcripcional de estos sitios terminadores de epsF . Por el contrario, la alteración mutacional de EAR permite en cambio la terminación en los terminadores epsF . [1] El elemento EAR también promueve la lectura completa de sitios de terminación heterólogos. A partir de estos datos, se planteó la hipótesis de que el elemento EAR controla la expresión de eps a través de un mecanismo de antiterminación procesiva para garantizar la síntesis completa del operón de 16 kilobase . [1] La antiterminación procesiva, a diferencia del mecanismo de atenuación de la transcripción que suelen utilizar otros ARN reguladores que actúan en cis , es un proceso en el que el complejo de elongación de la transcripción es alterado por factores accesorios para volverse resistente a las señales de pausa y terminación. Hasta ahora, EAR es el único sistema antiterminación procesivo específico para bacterias Gram-positivas . Otros experimentos no lograron reconstituir el mecanismo de antiterminación procesiva mediado por EAR in vitro o en un hospedador heterólogo Gram-negativo ( E. coli ), lo que sugiere que también pueden ser necesarios factores adicionales específicos de B. subtilis para la antiterminación de EAR. [1]
Referencias
- ↑ a b c d e f g h i Irnov I, Winkler WC (marzo de 2010). "Un ARN regulador necesario para la antiterminación de operones de polisacárido capsular y biofilm en Bacillales". Mol Microbiol . 76 (3): 559–575. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2010.07131.x . PMID 20374491 .
- ^ a b Weinberg Z, Wang JX, Bogue J y col. (Marzo de 2010). "La genómica comparativa revela 104 candidatos de ARN estructurados de bacterias, arqueas y sus metagenomas" . Genome Biol . 11 (3): R31. doi : 10.1186 / gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571 . PMID 20230605 .
enlaces externos
- Página para epsC RNA en Rfam