Las Erwiniaceae son una familia de bacterias gramnegativas que incluye varios patógenos vegetales y endosimbiontes de insectos. [1] Esta familia es un miembro del orden Enterobacterales en la clase Gammaproteobacteria del filo Proteobacteria . El género tipo de esta familia es Erwinia . [2]
Erwiniaceae | |
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clasificación cientifica | |
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Familia: | Erwiniaceae Adeolu et al., 2016 |
Genera | |
Buchnera |
El nombre Erwiniaceae se deriva del término latino Erwinia , refiriéndose al género tipo de la familia y el sufijo "-aceae", una terminación usada para denotar una familia. Juntos, Erwiniaceae se refiere a una familia cuyo tipo nomenclatural es el género Erwinia . [1]
Características bioquímicas [1]
Estas bacterias son catalasas positivas, oxidasa negativas y no producen indol ni disulfuro de hidrógeno. La mayoría de las especies son positivas para la prueba de Voges-Proskauer, con la excepción de Erwinia toletana, Erwinia ypographi y algunas cepas de Erwinia oleae.
Sistemática histórica y taxonomía actual
Erwiniaceae , a partir de 2021, contiene ocho géneros publicados válidamente. [2] Los miembros de esta familia eran originalmente miembros de la familia Enterobacteriaceae , un gran grupo de especies no relacionadas filogenéticamente con distintas características bioquímicas y diferentes nichos ecológicos. La asignación original de especies a la familia Enterobacteriaceae se basó en gran medida en los análisis de la secuencia del genoma del ARNr 16S, que se sabe que tiene un bajo poder discriminatorio y cuyos resultados dependen del algoritmo y la información del organismo utilizado. A pesar de esto, los análisis todavía mostraron ramificaciones polifiléticas, lo que indica la presencia de distintos subgrupos dentro de la familia. [3]
En 2016, Adeolu et al. propuso la división de Enterobacteriaceae en 7 nuevas familias basadas en análisis genómicos comparativos y el patrón de ramificación de varios árboles filogenéticos construidos a partir de secuencias de genoma conservadas, secuencias de rRNA 16S y análisis de secuencias multilocus. Los marcadores moleculares, indeles de firma específicamente conservados , específicos de esta familia también se identificaron como evidencia que apoya la división independiente de los árboles filogenéticos. [1]
Firmas moleculares
Los miembros de esta familia se pueden distinguir de forma fiable de todas las demás bacterias mediante marcadores moleculares conocidos como indeles de firma conservados (CSI). Los CSI se encuentran en regiones conservadas en genes y proteínas de un grupo de organismos y están flanqueados en ambos lados por secuencias altamente conservadas, lo que garantiza un alineamiento de secuencias confiable y su confiabilidad como marcador molecular. [4] Estas inserciones y deleciones específicas son el resultado de cambios genéticos raros en un antepasado común y se transmiten verticalmente a los descendientes del antepasado. [4] Los CSI también pueden servir como base para desarrollar métodos de diagnóstico para especies patógenas. [5] [6]
Se identificaron 12 CSI para esta familia en las proteínas glutamato-cisteína ligasa, ADN girasa (subunidad B), proteína de ensamblaje de LPS LptD, tiol: proteína de intercambio disulfuro Precursor DsbA, sensor de dos componentes histidina quinasa, ARN helicasa, ARNt pseudour idina (13) sintasa TruD, proteína transportadora de ATP transportadora ABC de glicina / betaína, superóxido dismutasa y proteína inducible en fase estacionaria CsiE. [1] Estos CSI se pueden utilizar para identificar especies adicionales pertenecientes a Erwiniaceae mediante métodos in-silico u otros métodos experimentales.
Referencias
- ^ a b c d e Adeolu, M; Alnajar, S; Naushad, S; S Gupta, R (diciembre de 2016). "Filogenia y taxonomía basadas en el genoma de las 'Enterobacteriales': propuesta para Enterobacterales ord. Nov. Dividida en las familias Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. Nov., Pectobacteriaceae fam. Nov., Yersiniaceae fam. Nov., Hafniaceae fam. Nov., Morganellaceae fam. Nov. Y Budviciaceae fam. Nov " . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 66 (12): 5575–5599. doi : 10.1099 / ijsem.0.001485 . PMID 27620848 .
- ^ a b "Familia: Erwiniaceae" . lpsn.dsmz.de . Consultado el 5 de junio de 2021 .
- ^ Francino, M. Pilar; Santos, Scott R .; Ochman, Howard (2006), "Relaciones filogenéticas de bacterias con especial referencia a endosimbiontes y especies entéricas" , The Prokaryotes , Nueva York, NY: Springer New York, págs. 41–59, ISBN 978-0-387-25496-8, consultado el 2 de junio de 2021
- ^ a b Naushad, Hafiz Sohail; Lee, Brian; Gupta, Radhey S. (1 de febrero de 2014). "Indels de firma conservados y proteínas de firma como herramientas novedosas para comprender la filogenia microbiana y la sistemática: identificación de firmas moleculares que son específicas para los géneros fitopatógenos Dickeya, Pectobacterium y Brenneria" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 64 (Pt_2): 366–383. doi : 10.1099 / ijs.0.054213-0 . ISSN 1466-5026 .
- ^ Wong, Shirley Y .; Paschos, Athanasios; Gupta, Radhey S .; Schellhorn, Herb E. (7 de octubre de 2014). "Enfoque basado en inserción / deleción para la detección de Escherichia coli O157: H7 en ambientes de agua dulce" . Ciencia y tecnología ambientales . 48 (19): 11462-11470. doi : 10.1021 / es502794h . ISSN 1520-5851 . PMID 25166281 .
- ^ Ahmod, Nadia Z .; Gupta, Radhey S .; Shah, Haroun N. (1 de diciembre de 2011). "Identificación de un indel específico de Bacillus anthracis en el gen yeaC y desarrollo de un ensayo de pirosecuenciación rápida para distinguir B. anthracis del grupo B. cereus" . Revista de métodos microbiológicos . 87 (3): 278-285. doi : 10.1016 / j.mimet.2011.08.015 . ISSN 1872-8359 . PMID 21907250 .