El factor de transcripción II B ( TF II B ) es un factor de transcripción general que participa en la formación del complejo de preiniciación (PIC) de la ARN polimerasa II [4] y ayuda a estimular el inicio de la transcripción . TF II B se localiza en el núcleo y proporciona una plataforma para la formación de PIC al unirse y estabilizar el complejo ADN-TBP ( proteína de unión a TATA ) y al reclutar ARN polimerasa II y otros factores de transcripción. Está codificado por el gen TFIIB , [5] [6] y es homólogo afactor de transcripción archaeal B y análogo a los factores sigma bacterianos . [7]
TF II B es un único polipéptido de 33 kDa que consta de 316 aminoácidos . [8] TF II B se compone de cuatro regiones funcionales: el dominio central C-terminal ; el enlazador B; el lector B y la cinta de zinc amino terminal .
TF II B realiza interacciones proteína-proteína con la subunidad de la proteína de unión a TATA (TBP) del factor de transcripción IID , [9] [10] y la subunidad RPB1 de la ARN polimerasa II . [10]
TF II B realiza interacciones proteína-ADN específicas de secuencia con el elemento de reconocimiento B (BRE), un elemento promotor que flanquea el elemento TATA . [11] [12]
Hay seis pasos en el mecanismo de acción de TF II B en la formación del PIC y el inicio de la transcripción: [13]
Cada una de las regiones funcionales de TF II B interactúa con diferentes partes de la ARN polimerasa II. La cinta B amino terminal está ubicada en el dominio de acoplamiento de la ARN polimerasa II y se extiende hacia la hendidura hacia el sitio activo. La extensión de la cinta B es el lector B que se extiende a través del túnel de salida del ARN hasta el sitio de unión del híbrido ADN-ARN y hacia el sitio activo . El enlazador B es la región entre el lector B y el núcleo B que se encuentra en la hendidura de la ARN polimerasa II y continúa por el timón y la pinza enrollada hasta llegar al núcleo C terminal B que se encuentra por encima de la pared de ARN polimerasa II. [13] [14]El lector B y el enlazador B consisten en residuos altamente conservados que se colocan a través del túnel de la ARN polimerasa II hacia el sitio activo y aseguran una unión estrecha, sin que se produzca la disociación de estos residuos clave . También se cree que estos dos dominios ajustan la posición de algunas de las áreas más flexibles de la ARN polimerasa II para permitir el posicionamiento preciso del ADN y permitir la adición de los nuevos NTP en la cadena de ARN naciente. [15] Al unirse a la ARN polimerasa II, el lector B y el enlazador B provocan un ligero reposicionamiento del dominio de protuberancia de la ARN polimerasa II, lo que permite que un segundo ion de magnesio esencial se una al sitio activo. [dieciséis]Forma una hoja beta y un bucle ordenado que ayuda a la estabilidad de la estructura cuando se inicia la transcripción. [14]