El factor de transcripción B de Archaeal ( ATFB o TFB ) es una familia de proteínas de factores de transcripción extrínsecos que guían el inicio de la transcripción de ARN en organismos que caen bajo el dominio de Archaea . [1] Es homólogo al TFIIB eucariota y, más distante, al factor sigma bacteriano . [2] Al igual que estas proteínas, participa en la formación de complejos de preiniciación de la transcripción . [3]Su estructura incluye varios motivos conservados que interactúan con el ADN y otros factores de transcripción, en particular el tipo único de ARN polimerasa que realiza la transcripción en Archaea. [1]
Factor de transcripción II B | ||||||
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![]() Estructura cristalográfica del factor de transcripción II B (arriba; color del arco iris, N-terminal = azul, C-terminal = rojo) complejado con ADN bicatenario (abajo). | ||||||
Identificadores | ||||||
Organismo | ||||||
Símbolo | tfb | |||||
PDB | 1d3u | |||||
UniProt | P61999 | |||||
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Historia
En bacterias y eucariotas , las proteínas TFIIB y el factor sigma están involucrados en el inicio de la transcripción, donde facilitan la formación del complejo de preiniciación y la unión específica de ARN polimerasa-ADN. La contraparte de arqueas de estas dos proteínas es TFB, que se identificó por primera vez en la especie Pyrococcus woesei en 1992. [4] [5] Desde entonces, la investigación ha encontrado que las especies de arqueas deben contener al menos una copia de TFB para funcionar, aunque algunas las especies pueden tener múltiples isoformas en su genoma. [6]
Estructura
El TFB es un polipéptido único, de alrededor de 280 a 300 aminoácidos de longitud y 34 kDa de masa, [3] que se requiere para el reclutamiento de la ARN polimerasa (RNAP) para comenzar la transcripción, y también puede afectar la estructura del complejo de transcripción durante los cambios. que ocurren antes de la transcripción, aunque se desconocen los mecanismos específicos. La estructura de TFB consiste en una región amino-terminal (TFB N ) con secuencias conservadas y estructuras complejas, unidas a una región carboxilo-terminal globular más grande (TFB C ). [1] Mientras que el dominio N-terminal media las interacciones RNAP, el dominio C-terminal media las interacciones con el complejo formado por la caja TATA y TBP, una secuencia de ADN y polipéptido implicados en el inicio de la traducción. [7] El grado de conservación de la secuencia de TFB en Archaea oscila entre el 50% y el 60%. [3] Con respecto a su equivalente eucariota, TFB muestra "altos niveles de conservación estructural y funcional". [1] Las interacciones entre TBP y una secuencia aguas arriba de la caja TATA gobiernan la polaridad de la transcripción, "producen un complejo de preiniciación de arqueas" y orientan el complejo en la dirección en la que se debe transcribir el gen objetivo. El TBP muestra una orientación invertida en comparación con el TFIIB eucariota. [8]
TFB N constituye aproximadamente un tercio de la proteína y contiene un motivo de dedo B (homólogo al dedo B de TFIIB) y un motivo de dedo de zinc , [9] el último de los cuales se encuentra en los aminoácidos 2-34. [10] El tamaño del dominio N-terminal varía de 100 a 120 aminoácidos de longitud. [3] Los experimentos de reticulación han demostrado que este dominio está ubicado cerca del sitio de inicio de la transcripción. El dedo de zinc interactúa con el dominio de acoplamiento de RNAP y el dedo B puede afectar las interacciones del promotor de RNAP. TFB C contiene motivos que interactúan con la proteína de unión de TATA (TBP), los elementos de reconocimiento de TFB (BRE) aguas arriba de la caja TATA y secuencias de ADN aguas abajo de TATA. [1] Su tamaño es de aproximadamente 180 aminoácidos, que se compone de dos repeticiones de una secuencia de 90 aminoácidos. El dominio C-terminal específicamente puede ser lo que influye en la dirección del complejo de preiniciación. [3] Dado que TFB N se une al RNAP y TFB C se une al complejo TBP-TATA, TBP conecta los dos. [7]
Mecanismo
TFB es reclutado por otro factor de traducción, TBP, después de que reconoce la caja TATA y dobla el ADN para que pueda iniciarse la transcripción. TFB estabiliza el complejo TBP-ADN para que las proteínas puedan reclutar ARN polimerasa y derretir el ADN a través de un mecanismo aún desconocido. Esta apertura del ADN no es un proceso dependiente de la energía en Archaea; Dado que TFB, TBP y RNAP se encuentran más cerca entre sí que en Eukarya, la rigidez de las proteínas y sus interacciones pueden proporcionar más áreas de contacto para abrir el ADN y tensar físicamente el ADN, lo que conduce a una transcripción abierta. complejo. [6]
TFB utiliza un ion de zinc (Zn 2+ ) como cofactor y acepta un ion por subunidad. [10]
Referencias
- ↑ a b c d e Micorescu M, Grünberg S, Franke A, Cramer P, Thomm M, Bartlett M (enero de 2008). "Transcripción de Archaeal: función de un factor de transcripción B alternativo de Pyrococcus furiosus" . Revista de bacteriología . 190 (1): 157–67. doi : 10.1128 / JB.01498-07 . PMC 2223750 . PMID 17965161 .
- ^ Burton SP, Burton ZF (6 de noviembre de 2014). "El enigma σ: factores σ bacterianos, TFB arqueal y TFIIB eucariota son homólogos" . Transcripción . 5 (4): e967599. doi : 10.4161 / 21541264.2014.967599 . PMC 4581349 . PMID 25483602 .
- ^ a b c d e Soppa J (marzo de 1999). "Iniciación de la transcripción en Archaea: hechos, factores y aspectos futuros" . Microbiología molecular . 31 (5): 1295–305. doi : 10.1046 / j.1365-2958.1999.01273.x . PMID 10200952 .
- ^ Kyrpides NC, Ouzounis CA (julio de 1999). "Transcripción en arqueas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 96 (15): 8545–50. doi : 10.1073 / pnas.96.15.8545 . PMC 17553 . PMID 10411912 .
- ^ Ouzounis C, Sander C (octubre de 1992). "TFIIB, un vínculo evolutivo entre las maquinarias de transcripción de arqueobacterias y eucariotas". Celular . 71 (2): 189–90. doi : 10.1016 / 0092-8674 (92) 90347-F . PMID 1423586 . S2CID 11141214 .
- ^ a b Gehring AM, Walker JE, Santangelo TJ (julio de 2016). "Regulación de la transcripción en Archaea" . Revista de bacteriología . 198 (14): 1906-1917. doi : 10.1128 / JB.00255-16 . PMC 4936096 . PMID 27137495 .
- ^ a b Renfrow MB, Naryshkin N, Lewis LM, Chen HT, Ebright RH, Scott RA (enero de 2004). "El factor de transcripción B se pone en contacto con el ADN del promotor cerca del sitio de inicio de la transcripción del complejo de iniciación de la transcripción de arqueo" . La revista de química biológica . 279 (4): 2825–31. doi : 10.1074 / jbc.M311433200 . PMID 14597623 .
- ^ Bell SD, Kosa PL, Sigler PB, Jackson SP (noviembre de 1999). "Orientación del complejo de preiniciación de la transcripción en arqueas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 96 (24): 13662–7. doi : 10.1073 / pnas.96.24.13662 . PMC 24121 . PMID 10570129 .
- ^ Paytubi S, White MF (junio de 2009). "El parálogo TFB3 del factor de transcripción B inducible por daños en el ADN crenarqueal es un activador general de la transcripción". Microbiología molecular . 72 (6): 1487–99. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2009.06737.x . PMID 19460096 .
- ^ a b "tfb - factor de iniciación de la transcripción IIB - Pyrococcus woesei - gen y proteína tfb" . www.uniprot.org . Consultado el 15 de julio de 2018 .