ARNs de unión a hfq

ARN de unión a isrA Hfq
Estructura secundaria prevista del ARN de unión a isrA Hfq
Identificadores
Símbolo	ISRA
Rfam	RF01385
Otros datos
Tipo de ARN	gen , sRNA
Dominio (s)	Enterobacterias
Estructuras PDB	PDBe

Proteína Hfq de S. aureus con un sRNA unido.

Un sRNA de unión a Hfq es un sRNA que se une a la proteína de unión del RNA bacteriano llamada Hfq . Se han caracterizado varios ARN bacterianos pequeños que se ha demostrado que se unen a Hfq (ver lista). Muchos de estos ARN comparten una estructura similar compuesta por tres bucles de tallo . ^[1] Varios estudios han ampliado esta lista y han validado experimentalmente un total de ARNs de unión a 64 Hfq en Salmonella Typhimurium . ^[2]^[3]^[4] Un estudio de todo el transcriptoma sobre los sitios de unión de Hfq en Salmonellamapeó 126 sitios de unión de Hfq dentro de ARNs. ^[5] Se ha utilizado SELEX genómico para demostrar que los ARN de unión a Hfq están enriquecidos en el motivo de secuencia 5′-AAYAAYAA-3 ′. ^[6] El estudio de todo el genoma identificó 40 ARNs dependientes de Hfq candidatos en el patógeno vegetal Erwinia amylovora . 12 de ellos fueron confirmados por transferencia Northern. ^[7]

ARNs de unión a Hfq bacterianos

ARN de DicF
ARN DsrA
ARN FnrS
ARN de GadY
ARN de GcvB
ARN IsrJ ^[4]
ARN MicA / ARN SraD
ARN de MicC
ARN MicF
ARN OmrA / ARN OmrB / ARN RygA / ARN RygB / ARN SraE
ARN OxyS
ARN Qrr
ARN RmA
ARN de RprA
ARN RybB
ARN RydC
ARN de centeno
ARN CyaR
RyeF
ARN RyhB
ARN SgrS
Spot 42 de ARN
ARN SraH
ARN SraJ
ARN SroB / ARN MicM / RybC
ARN SroC

Referencias

^ Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (2003). "Análisis global de pequeñas dianas de ARN y ARNm de Hfq". Mol. Microbiol . 50 (4): 1111–1124. doi : 10.1046 / j.1365-2958.2003.03734.x . PMID 14622403 . S2CID 40056275 .
^ Pfeiffer V, Sittka A, Tomer R, Tedin K, Brinkmann V, Vogel J (diciembre de 2007). "Un pequeño ARN no codificante de la isla de genes de invasión (SPI-1) reprime la síntesis de proteínas de la membrana externa del genoma central de Salmonella" . Microbiología molecular . 66 (5): 1174-1191. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2007.05991.x . PMID 17971080 .
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^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). "Patrones de reconocimiento de ARN global de reguladores post-transcripcionales Hfq y CsrA revelados por reticulación UV in vivo" . EMBO J . 35 (9): 991–1011. doi : 10.15252 / embj.201593360 . PMC 5207318 . PMID 27044921 .
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^ Zeng, Quan; Sundin, George W. (1 de enero de 2014). "La identificación de todo el genoma de pequeños ARN regulados por Hfq en el patógeno del fuego bacteriano Erwinia amylovora descubrió pequeños ARN con función reguladora de virulencia" . BMC Genomics . 15 : 414. doi : 10.1186 / 1471-2164-15-414 . ISSN 1471-2164 . PMC 4070566 . PMID 24885615 .

Otras lecturas

De Lay, N .; Schu, DJ; Gottesman, S. (2013). "Regulación negativa basada en ARN pequeño bacteriano: Hfq y sus cómplices" . Revista de Química Biológica . 288 (12): 7996–8003. doi : 10.1074 / jbc.R112.441386 . PMC 3605619 . PMID 23362267 .
Peng, Y .; Soper, TJ; Woodson, SA (2013). "Efectos posicionales de motivos AAN en la regulación de rpoS por sRNA y Hfq" . Revista de Biología Molecular . 426 (2): 275–285. doi : 10.1016 / j.jmb.2013.08.026 . PMC 3947347 . PMID 24051417 .

enlaces externos

Base de datos rfam

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[pmid14622403-1] Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (2003). "Análisis global de pequeñas dianas de ARN y ARNm de Hfq". Mol. Microbiol . 50 (4): 1111–1124. doi : 10.1046 / j.1365-2958.2003.03734.x . PMID 14622403 . S2CID 40056275 .

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[pmid18725932-3] Sittka A, Lucchini S, Papenfort K, et al. (2008). Burkholder WF (ed.). "Análisis de secuenciación profunda de pequeños objetivos de ARN y ARNm no codificantes del regulador global postranscripcional, Hfq" . PLOS Genetics . 4 (8): e1000163. doi : 10.1371 / journal.pgen.1000163 . PMC 2515195 . PMID 18725932 .

[pmid18267966-4] Padalon-Brauch G, Hershberg R, Elgrably-Weiss M, et al. (Abril de 2008). "Pequeños ARN codificados dentro de islas genéticas de Salmonella typhimurium muestran expresión inducida por el huésped y papel en la virulencia" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (6): 1913-1927. doi : 10.1093 / nar / gkn050 . PMC 2330248 . PMID 18267966 .

[pmid27044921-5] Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). "Patrones de reconocimiento de ARN global de reguladores post-transcripcionales Hfq y CsrA revelados por reticulación UV in vivo" . EMBO J . 35 (9): 991–1011. doi : 10.15252 / embj.201593360 . PMC 5207318 . PMID 27044921 .

[pmid20348540-6] Lorenz C, Gesell T, Zimmermann B, Schoeberl U, Bilusic I, Rajkowitsch L, Waldsich C, von Haeseler A, Schroeder R (2010). "SELEX genómico para ARN de unión a Hfq identifica aptámeros genómicos predominantemente en transcripciones antisentido" . Ácidos nucleicos Res . 38 (11): 3794–3808. doi : 10.1093 / nar / gkq032 . PMC 2887942 . PMID 20348540 .

[7] Zeng, Quan; Sundin, George W. (1 de enero de 2014). "La identificación de todo el genoma de pequeños ARN regulados por Hfq en el patógeno del fuego bacteriano Erwinia amylovora descubrió pequeños ARN con función reguladora de virulencia" . BMC Genomics . 15 : 414. doi : 10.1186 / 1471-2164-15-414 . ISSN 1471-2164 . PMC 4070566 . PMID 24885615 .

[1]