El interferón lambda 3 (símbolo del gen: IFNL3) codifica la proteína IFNL3. IFNL3 se llamaba anteriormente IL28B , pero el Comité de Nomenclatura Genética de la Organización del Genoma Humano renombró este gen en 2013 mientras asignaba un nombre al gen IFNL4 recién descubierto en ese momento . [5] Junto con IFNL1 (antes IL29 ) e IFNL2 (antes IL28A ), estos genes se encuentran en un grupo en la región cromosómica 19q13. IFNL3 comparte ~ 96% de identidad de aminoácidos con IFNL2, ~ 80% de identidad con IFNL1 y ~ 30% de identidad con IFNL4.
IFNL3 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
Identificadores | |||||||||||||||||||||||||
Alias | IFNL3 , IL-28B, IL28B, IL28C, interleucina 28B, interferón, lambda 3, interferón lambda 3, IFN-lambda-3, IFN-lambda-4, IL-28C | ||||||||||||||||||||||||
Identificaciones externas | OMIM : 607402 MGI : 2450574 HomoloGene : 77540 GeneCards : IFNL3 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortólogos | |||||||||||||||||||||||||
Especies | Humano | Ratón | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ensembl |
|
| |||||||||||||||||||||||
UniProt |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (ARNm) |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (proteína) |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ubicación (UCSC) | 19: 39,24 - 39,25 Mb | Crónicas 7: 28,52 - 28,52 Mb | |||||||||||||||||||||||
Búsqueda en PubMed | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
Los genes de interferón lambda codifican citocinas clasificadas como interferones de tipo III , que están relacionados lejanamente con los interferones de tipo I y la familia IL-10 . Los interferones de tipo III son inducidos por una infección viral e interactúan con un receptor de citocina heterodimérico de clase II que consiste en el receptor de interleucina 10, beta (IL10RB) y el receptor de interferón lambda 1 (IFNLR1) para señalizar a través de la vía antiviral JAK-STAT. [proporcionado por RefSeq , julio de 2008].
Hepatitis C
En 2009 (es decir, antes del descubrimiento de IFNL4 ), los resultados de los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) indicaron que los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) que se encuentran cerca de IFNL3 (rs12979860, rs8099917 y otros) estaban fuertemente asociados con la respuesta al interferón-α pegilado. y tratamiento con ribavirina para la hepatitis C crónica, [6] [7] [8] [9] , así como la eliminación espontánea de la infección por hepatitis C (VHC). [10] [11] [12] [13] El gen entonces conocido como IL28B (ahora IFNL3) era el gen conocido más cercano en ese momento, por lo que estas variantes genéticas se denominaron " variantes de IL28B ". Se asumió que las asociaciones observadas reflejaban diferencias en la estructura o regulación de ese gen. Sin embargo, el descubrimiento de IFNL4 reveló que el SNP rs12979860 se encuentra dentro del intrón 1 de IFNL4 , mientras que rs8099917 se encuentra en una región intergénica , pero más cercana a IFNL4. [5] Los SNP rs12979860 y rs8099917 están en alto desequilibrio de ligamiento con una variante de IFNL4 ( IFNL4- ΔG / TT; rs368234815) que controla la generación de la proteína IFNL4. [5] IFNL4- ΔG / TT parece ser el polimorfismo funcional que explica las asociaciones GWAS de SNP cercanos con la eliminación del VHC, y se demostró que IFNL4- ΔG / TT tiene una asociación estadística más fuerte con la eliminación del VHC que la de rs12979860, especialmente en poblaciones de ascendencia africana en la que el desequilibrio de ligamiento entre estas variantes es más débil que en otras poblaciones. [5] [14]
Una posible variante funcional en IFNL3 es el SNP rs4803217, que se encuentra en la región reguladora no traducida 3 ' . La sustitución de guanina por la timina ancestral en este sitio aumenta la expresión del ARNm de IFNL3 al disminuir la degradación del ARNm y la unión de microARN inducida por el VHC [15] y cambia la estructura del ARN. [16] [11] Existe un alto desequilibrio de ligamiento entre rs4803217 y la variante IFNL4- ΔG / TT. [5] Se ha demostrado que rs4803217 se asocia con la eliminación del VHC, [16] sin embargo, esa asociación parece provenir de un desequilibrio de ligamiento con IFNL4- ΔG / TT en lugar de un efecto funcional directo del propio SNP rs4803217.
Referencias
- ^ a b c GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000197110 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000060747 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia de PubMed del ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ a b c d e Prokunina-Olsson L, Muchmore B, Tang W, Pfeiffer RM, Park H, Dickensheets H, et al. (Febrero de 2013). "Una variante aguas arriba de IFNL3 (IL28B) que crea un nuevo gen de interferón IFNL4 se asocia con una eliminación deficiente del virus de la hepatitis C" . Genética de la naturaleza . 45 (2): 164–71. doi : 10.1038 / ng.2521 . PMC 3793390 . PMID 23291588 .
- ^ Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, et al. (Septiembre de 2009). "La variación genética en IL28B predice el aclaramiento viral inducido por el tratamiento de la hepatitis C". Naturaleza . 461 (7262): 399–401. Código bibliográfico : 2009Natur.461..399G . doi : 10.1038 / nature08309 . PMID 19684573 . S2CID 1707096 .
- ^ Suppiah V, Moldavan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, et al. (Octubre de 2009). "IL28B se asocia con la respuesta a la terapia crónica con interferón-alfa y ribavirina de la hepatitis C". Genética de la naturaleza . 41 (10): 1100-4. doi : 10.1038 / ng.447 . PMID 19749758 . S2CID 21619093 .
- ^ Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, et al. (Octubre de 2009). "Asociación de todo el genoma de IL28B con la respuesta a la terapia con interferón-alfa pegilado y ribavirina para la hepatitis C crónica". Genética de la naturaleza . 41 (10): 1105–9. doi : 10.1038 / ng.449 . PMID 19749757 . S2CID 20399078 .
- ^ Muir AJ, Gong L, Johnson SG, Lee MT, Williams MS, Klein TE, et al. (Febrero 2014). "Directrices del Consorcio de implementación de farmacogenética clínica (CPIC) para el genotipo IFNL3 (IL28B) y regímenes basados en interferón-α PEG" . Farmacología clínica y terapéutica . 95 (2): 141–6. doi : 10.1038 / clpt.2013.203 . PMC 3904555 . PMID 24096968 .
- ^ Thomas DL, Thio CL, Martin MP, Qi Y, Ge D, O'Huigin C, et al. "Variación genética en IL28B y aclaramiento espontáneo del virus de la hepatitis C". Cite journal requiere
|journal=
( ayuda ) - ^ a b Salum GM, Dawood RM, Abd El-Meguid M, Ibrahim NE, Abdel Aziz AO, El Awady MK (septiembre de 2020). "Correlación entre las variantes genéticas de IL28B / TLR4 y el desarrollo de HCC con / sin tratamiento con AAD en pacientes con VHC crónico" . Genes y enfermedades . 7 (3): 392–400. doi : 10.1016 / j.gendis.2019.05.004 . PMID 32884993 .
- ^ Thomas DL, Thio CL, Martin MP, Qi Y, Ge D, O'Huigin C, et al. (Octubre de 2009). "Variación genética en IL28B y aclaramiento espontáneo del virus de la hepatitis C" . Naturaleza . 461 (7265): 798–801. Código Bib : 2009Natur.461..798T . doi : 10.1038 / nature08463 . PMC 3172006 . PMID 19759533 .
- ^ Rauch A, Kutalik Z, Descombes P, Cai T, Di Iulio J, Mueller T, et al. (Abril de 2010). "La variación genética en IL28B se asocia con la hepatitis C crónica y el fracaso del tratamiento: un estudio de asociación de todo el genoma". Gastroenterología . 138 (4): 1338–45, 1345.e1-7. doi : 10.1053 / j.gastro.2009.12.056 . PMID 20060832 . S2CID 25546833 .
- ^ Lu YF, Goldstein DB, Urban TJ, Bradrick SS (febrero de 2015). "El interferón-λ4 es un interferón de tipo III autónomo asociado con la carga del virus de la hepatitis C antes del tratamiento" . Virología . 476 : 334–340. doi : 10.1016 / j.virol.2014.12.020 . PMC 4494652 . PMID 25577150 .
- ^ McFarland AP, Horner SM, Jarret A, Joslyn RC, Bindewald E, Shapiro BA, et al. (Enero 2014). "El genotipo IFNL3 favorable escapa a la descomposición del ARNm mediada por elementos ricos en AU y microARN inducidos por el virus de la hepatitis C" . Inmunología de la naturaleza . 15 (1): 72–9. doi : 10.1038 / ni.2758 . PMC 4183367 . PMID 24241692 .
- ^ a b Lu YF, Mauger DM, Goldstein DB, Urban TJ, Weeks KM, Bradrick SS (noviembre de 2015). "La estructura del ARNm de IFNL3 está remodelada por un polimorfismo funcional no codificante asociado con la eliminación del virus de la hepatitis C" . Informes científicos . 5 : 16037. doi : 10.1038 / srep16037 . PMID 26531896 .
Otras lecturas
- Sheppard P, Kindsvogel W, Xu W, Henderson K, Schlutsmeyer S, Whitmore TE, et al. (Enero de 2003). "IL-28, IL-29 y su receptor de citocinas de clase II IL-28R". Inmunología de la naturaleza . 4 (1): 63–8. doi : 10.1038 / ni873 . PMID 12469119 . S2CID 35764259 .
- Kotenko SV, Gallagher G, Baurin VV, Lewis-Antes A, Shen M, Shah NK, et al. (Enero de 2003). "IFN-lambdas median la protección antiviral a través de un complejo receptor de citocinas de clase II distinto". Inmunología de la naturaleza . 4 (1): 69–77. doi : 10.1038 / ni875 . PMID 12483210 . S2CID 2734534 .
- Li M, He S (abril de 2006). "Purificación y caracterización de la interleucina-29 humana recombinante expresada en Escherichia coli". Revista de Biotecnología . 122 (3): 334–40. doi : 10.1016 / j.jbiotec.2005.11.019 . PMID 16413080 .
- Mennechet FJ, Uzé G (junio de 2006). "Las células dendríticas tratadas con interferón lambda inducen específicamente la proliferación de células T supresoras que expresan FOXP3" . Sangre . 107 (11): 4417–23. doi : 10.1182 / sangre-2005-10-4129 . PMID 16478884 .
- Li MC, Wang HY, Wang HY, Li T, He SH (abril de 2006). "Expresión de IL-28 e IL-29 mediada por liposomas en células A549 y efecto antivírico de IL-28 e IL-29 en células WISH" . Acta Pharmacologica Sinica . 27 (4): 453–9. doi : 10.1111 / j.1745-7254.2006.00292.x . PMID 16539846 .
- Lasfar A, Lewis-Antes A, Smirnov SV, Anantha S, Abushahba W, Tian B, et al. (Abril de 2006). "Caracterización del sistema receptor-ligando IFN-lambda de ratón: IFN-lambdas exhibe actividad antitumoral contra el melanoma B16" . Investigación del cáncer . 66 (8): 4468–77. doi : 10.1158 / 0008-5472.CAN-05-3653 . PMID 16618774 .
- Dellgren C, Gad HH, Hamming OJ, Melchjorsen J, Hartmann R (marzo de 2009). "El interferón-lambda3 humano es un miembro potente de la familia del interferón tipo III" . Genes e inmunidad . 10 (2): 125–31. doi : 10.1038 / gene.2008.87 . PMID 18987645 .
- Li M, Liu X, Zhou Y, Su SB (julio de 2009). "Interferón-lambdas: los moduladores de las respuestas antivirus, antitumoral e inmunológica" . Revista de biología de leucocitos . 86 (1): 23–32. doi : 10.1189 / jlb.1208761 . PMID 19304895 . S2CID 37741272 .
- Gad HH, Dellgren C, Hamming OJ, Vends S, Paludan SR, Hartmann R (julio de 2009). "El interferón-lambda es funcionalmente un interferón pero estructuralmente relacionado con la familia de la interleucina-10" . La revista de química biológica . 284 (31): 20869–75. doi : 10.1074 / jbc.M109.002923 . PMC 2742852 . PMID 19457860 .
- Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, et al. (Septiembre de 2009). "La variación genética en IL28B predice el aclaramiento viral inducido por el tratamiento de la hepatitis C". Naturaleza . 461 (7262): 399–401. Código bibliográfico : 2009Natur.461..399G . doi : 10.1038 / nature08309 . PMID 19684573 . S2CID 1707096 .