Dominio KIX
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KIX (CBP)
KIX y TAD en complejo, estructura de Lecoq 2017, PDB 5U4K.jpg
Complejo entre el dominio KIX de CBP (amarillo, verde y cian) y el dominio de transactivación C-terminal de p65 / RELA (rojo) [1]
Identificadores
SímboloKIX
PfamPF02172
Clan pfamCL0589
InterProIPR003101
CATH1sb0
SCOP21sb0 / SCOPe / SUPFAM
Estructuras proteicas disponibles:
Pfam  estructuras / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumresumen de estructura
KIX (MED15)
Identificadores
SímboloKIX_2
PfamPF16987
InterProIPR036546
Estructuras proteicas disponibles:
Pfam  estructuras / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumresumen de estructura

En bioquímica, el dominio KIX (dominio de interacción de dominio inducible por quinasa (KID)) o dominio de unión a CREB es un dominio de proteína de los coactivadores transcripcionales eucariotas CBP y P300 . Sirve como un sitio de acoplamiento para la formación de heterodímeros entre el coactivador y factores de transcripción específicos . Estructuralmente, el dominio KIX es un dominio globular que consta de tres hélices α y dos hélices cortas de 3 10 .

El dominio KIX se descubrió originalmente en 1996 como la región mínima y específica en CBP que se une e interactúa con CREB fosforilado para activar la transcripción. [2] Por lo tanto, primero se denominó dominio de unión a CREB. Sin embargo, cuando más tarde se descubrió que también se une a muchas otras proteínas, se favoreció el nombre más general de dominio KIX. El dominio KIX contiene dos sitios de unión separados: el "sitio c-Myb", llamado así por la oncoproteína c-Myb , y el "sitio MLL", llamado así por el protooncogén MLL (leucemia de linaje mixto, KMT2A ). [3]

Los coactivadores parálogos CBP ( CREBBP ) y P300 ( EP300 ) se reclutan en factores de transcripción unidos al ADN para activar la transcripción. Los coactivadores pueden asociarse con promotores y potenciadores en el ADN solo indirectamente a través de contactos proteína-proteína con factores de transcripción . CBP y P300 activan la transcripción sinérgicamente de dos maneras: primero, remodelando y relajando la cromatina a través de su actividad intrínseca de histona acetiltransferasa , y segundo, reclutando la transcripción basalmaquinaria, como la ARN polimerasa II . [4]

El dominio KIX pertenece a la superfamilia de dominios GACKIX propuesta . GACKIX comprende dominios altamente homólogos estructural y funcionalmente en proteínas relacionadas. Lleva el nombre de la proteína GAL11 / ARC105 ( MED15 ), la proteína vegetal similar a CBP y el dominio KIX de CBP y P300. [5] Ejemplos adicionales incluyen RECQL5 y proteínas vegetales relacionadas. [6] [7] Todos estos contienen un dominio KIX o un dominio relacionado con KIX que interactúa con el dominio de transactivación de muchos factores de transcripción diferentes. La distinción entre un dominio KIX, un dominio relacionado con KIX y un dominio GACKIX está sujeta a un debate continuo y no está claramente definido.

La proteína CBP / P300 completa

Descripción general de los dominios estructurales de CBP

Aparte del dominio KIX, CBP y P300 contienen muchos otros dominios de unión a proteínas que no deben confundirse (los números son numeraciones aa ):

  • Dominio CH1 / TAZ1, CBP [347–433], P300 [323-423] [8]
  • Dominio KIX, CBP [587–666], P300 [566–645] [8]
  • Bromodominio , CBP [1103-1175], P300 [1067-1139] [8]
  • Dominio CH2 ( IPR010303 ), CBP [1191-1317], P300 [1155-1280]. [9]
  • Dominio HAT, CBP [1323-1700], P300 [1287-1663] [8]
  • Dominio CH3 / ZZ, CBP [1701-1744], P300 [1664-1707] [8]
  • Dominio CH3 / TAZ2, CBP [1765–1846], P300 [1728-1809] [8]
  • Unión de IRF-3 (i-BiD), [10] Unión del coactivador del receptor nuclear (NCBD), [11] o dominio de interacción SRC1 (SID; IPR014744 ), [12] CBP [2020-2113], P300 [1992-2098] .

Los tres dominios CH (ricos en cisteína / histidina) son dedos de zinc . [9]

Interacciones

Complejos de dominio 9aaTAD-KIX

Proteínas humanas y animales:

  • ARNTL (BMAL1) [13] [14]
  • ATF1 [15]
  • ATF4 (CREB2) [15]
  • BRCA1 [4] [15]
  • CREB [10]
  • Cubitus interruptus (en D. melanogaster ) [4] [15]
  • ELK4 (SAP1) [15]
  • FOXO3 (FOXO3a) [16]
  • GLI3 [15] [17]
  • JUN (c-Jun) [4] [15]
  • KMT2A (MLL) [18] [4]
  • MYB (c-Myb) [4] [15]
  • NFE2 (NF-E2 p45) [15]
  • RELA (NF-κB p65) [1] [19]
  • SREBP [4] [15]
  • STAT1 [4]
  • TCF3 (E2A) [20]
  • TP53 (p53) [4]
  • YY1 [15]

Proteínas de levadura:

  • Gal4p [4]
  • Gcn4 [4]
  • Pdr1 [4]
  • Pdr3 [4]
  • Oaf1 [4]

Proteínas virales:

  • Proteína reguladora E2 (del virus del papiloma humano ) [4] [15]
  • Tat (del VIH -1) [4]
  • Impuesto (de Deltaretrovirus ) [4] [15]

Referencias

  1. ^ a b Lecoq L, Raiola L, Chabot PR, Cyr N, Arseneault G, Legault P, Omichinski JG (mayo de 2017). "Caracterización estructural de interacciones entre el dominio de transactivación 1 de la subunidad p65 de NF-κB y factores reguladores de la transcripción" . Investigación de ácidos nucleicos . 45 (9): 5564–5576. doi : 10.1093 / nar / gkx146 . PMC  5435986 . PMID  28334776 .
  2. ^ Parker D, Ferreri K, Nakajima T, LaMorte VJ, Evans R, Koerber SC, et al. (Febrero de 1996). "La fosforilación de CREB en Ser-133 induce la formación de complejos con la proteína de unión a CREB a través de un mecanismo directo" . Biología Molecular y Celular . 16 (2): 694–703. doi : 10.1128 / MCB.16.2.694 . PMC 231049 . PMID 8552098 .  
  3. ^ Ir a NK, Zor T, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Wright PE (noviembre de 2002). "Cooperatividad en la unión del factor de transcripción al coactivador de la proteína de unión a CREB (CBP). El dominio de activación de la proteína de leucemia de linaje mixto (MLL) se une a un sitio alostérico en el dominio KIX" . La revista de química biológica . 277 (45): 43168–74. doi : 10.1074 / jbc.M207660200 . PMID 12205094 . 
  4. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q Thakur JK, Yadav A, Yadav G (febrero de 2014). "Reconocimiento molecular por el dominio KIX y su papel en la regulación de genes" . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (4): 2112-25. doi : 10.1093 / nar / gkt1147 . PMC 3936767 . PMID 24253305 .  
  5. ^ Novatchkova M, Eisenhaber F (enero de 2004). "Vinculación de mediadores transcripcionales a través de la superfamilia del dominio GACKIX" . Biología actual . 14 (2): R54-5. doi : 10.1016 / j.cub.2003.12.042 . PMID 14738747 . 
  6. ^ Popuri V, Ramamoorthy M, Tadokoro T, Singh DK, Karmakar P, Croteau DL, Bohr VA (julio de 2012). "Dinámica de contratación y retención de RECQL5 en sitios de rotura de doble hebra de ADN" . Reparación de ADN . 11 (7): 624–35. doi : 10.1016 / j.dnarep.2012.05.001 . PMC 3374033 . PMID 22633600 .  
  7. ^ Yadav A, Thakur JK, Yadav G (noviembre de 2017). "KIXBASE: Un recurso web integral para la identificación y exploración de dominios KIX" . Informes científicos . 7 (1): 14924. doi : 10.1038 / s41598-017-14617-0 . PMC 5668377 . PMID 29097748 .  
  8. ^ a b c d e f Entrada UniProt e InterPro para CBP ( Q92793 ) y P300 ( Q09472 )
  9. ↑ a b Park S, Martinez-Yamout MA, Dyson HJ , Wright PE (agosto de 2013). "El dominio CH2 de CBP / p300 es un nuevo dedo de zinc" . Cartas FEBS . 587 (16): 2506-11. doi : 10.1016 / j.febslet.2013.06.051 . PMC 3765250 . PMID 23831576 .  
  10. ^ a b Lin CH, Hare BJ, Wagner G, Harrison SC, Maniatis T, Fraenkel E (septiembre de 2001). "Un pequeño dominio de CBP / p300 se une a diversas proteínas: estructura de la solución y estudios funcionales" . Célula molecular . 8 (3): 581–90. doi : 10.1016 / S1097-2765 (01) 00333-1 . PMID 11583620 . 
  11. ^ Demarest SJ, Deechongkit S, Dyson HJ, Evans RM, Wright PE (enero de 2004). "Empaquetamiento, especificidad y mutabilidad en la interfaz de unión entre el coactivador p160 y la proteína de unión a CREB" . Ciencia de las proteínas . 13 (1): 203–10. doi : 10.1110 / ps.03366504 . PMC 2286511 . PMID 14691235 .  
  12. ^ Sheppard HM, Harries JC, Hussain S, Bevan C, Heery DM (enero de 2001). "Análisis de la interfaz de interacción de la proteína de unión del coactivador 1 del receptor de esteroides (SRC1) -CREB y su importancia para la función de SRC1" . Biología Molecular y Celular . 21 (1): 39–50. doi : 10.1128 / MCB.21.1.39-50.2001 . PMC 86566 . PMID 11113179 .  
  13. ^ Takahata S, Ozaki T, Mimura J, Kikuchi Y, Sogawa K, Fujii-Kuriyama Y (septiembre de 2000). "Mecanismos de transactivación de factores de transcripción de reloj de ratón, mClock y mArnt3". Genes to Cells . 5 (9): 739–47. doi : 10.1046 / j.1365-2443.2000.00363.x . PMID 10971655 . 
  14. ^ Xu H, Gustafson CL, Sammons PJ, Khan SK, Perejil NC, Ramanathan C, et al. (Junio ​​de 2015). "El criptocromo 1 regula el reloj circadiano a través de interacciones dinámicas con el terminal C de BMAL1" . Naturaleza Biología Molecular y Estructural . 22 (6): 476–484. doi : 10.1038 / nsmb.3018 . PMC 4456216 . PMID 25961797 .  
  15. ^ a b c d e f g h i j k l m Vo N, Goodman RH (abril de 2001). "Proteína de unión a CREB y p300 en regulación transcripcional" . La revista de química biológica . 276 (17): 13505–8. doi : 10.1074 / jbc.R000025200 . PMID 11279224 . 
  16. ^ Wang F, Marshall CB, Li GY, Yamamoto K, Mak TW, Ikura M (diciembre de 2009). "Interacción sinérgica entre el reconocimiento del promotor y el reclutamiento del coactivador CBP / p300 por FOXO3a". Biología Química ACS . 4 (12): 1017–27. doi : 10.1021 / cb900190u . PMID 19821614 . 
  17. ^ Dai P, Akimaru H, Tanaka Y, Maekawa T, Nakafuku M, Ishii S (marzo de 1999). "La activación inducida por Sonic Hedgehog del promotor Gli1 está mediada por GLI3" . La revista de química biológica . 274 (12): 8143–52. doi : 10.1074 / jbc.274.12.8143 . PMID 10075717 . 
  18. ^ Ernst P, Wang J, Huang M, Goodman RH, Korsmeyer SJ (abril de 2001). "MLL y CREB se unen cooperativamente a la proteína de unión a CREB del coactivador nuclear" . Biología Molecular y Celular . 21 (7): 2249–58. doi : 10.1128 / MCB.21.7.2249-2258.2001 . PMC 86859 . PMID 11259575 .  
  19. ^ Gerritsen ME, Williams AJ, Neish AS, Moore S, Shi Y, Collins T (abril de 1997). "La proteína de unión a CREB / p300 son coactivadores transcripcionales de p65" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 94 (7): 2927–32. doi : 10.1073 / pnas.94.7.2927 . PMC 20299 . PMID 9096323 .  
  20. ^ Bradney C, Hjelmeland M, Komatsu Y, Yoshida M, Yao TP, Zhuang Y (enero de 2003). "Regulación de las actividades de E2A por histonas acetiltransferasas en el desarrollo de linfocitos B" . La revista de química biológica . 278 (4): 2370–6. doi : 10.1074 / jbc.M211464200 . PMID 12435739 . 

enlaces externos

  • KIXBASE , una base de datos de dominios de superfamilias KIX y estructuras PDB ( conjunto de datos de entrenamiento HMM )
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