hepática parasitaria; plastoma contiene muchos pseudogenes
Anthoceros formosae
161,162
122
[5]
hornwort; extensa edición de ARN de plastoma
Marchantia polymorpha
121,024
[6]
agrimonia
Nothoceros aenigmaticus
153,208
124
[7]
hornwort
Pellia endiviifolia
120,546
123
[8]
agrimonia
Physcomitrella patens
122,890
118
[9]
musgo
Ptilidium pulcherrimum
119,007
122
[10]
agrimonia
Tortula ruralis
122,630
[11]
musgo
Helechos y licófitos [ editar ]
Plastomas secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Familia
Notas
Adiantum capillus-veneris
150,568
[12]
Pteridáceas
Tambiénphila spinulosa
156,661
117
[13]
Cyatheaceae
Angiopteris evecta
153,901
[14]
Marattiaceae
Equisetum arvense
133.309
Equisetaceae
Huperzia lucidula
154,373
[15]
Lycopodiaceae
Isoetes flaccida
145.303
Isoetaceae
Psilotum nudum
138,829
117
[dieciséis]
Psilotáceas
Selaginella uncinata
138,829
[17]
Selaginellaceae
Plastomas secuenciados de helechos y licófitos sin información de tamaño, número de genes y / o referencias.
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Familia
Notas
Equisetum hyemale
Equisetaceae
Lygodium japonicum
Lygodiaceae
Marsilea crenata
Marsileaceae
Ophioglossum californicum
Ophioglossaceae
Selaginella moellendorffii
Selaginellaceae
Gimnospermas [ editar ]
Plastomas secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Familia
Notas
Cryptomeria japonica
131,810
114
[18]
Cupressaceae
Cycas micronesica
[19]
Cycadaceae
Cycas taitungensis
163,403
133
[20]
Cycadaceae
Ephedra equisetina
Ephedraceae
Ginkgo biloba
156,945
134
[21]
Ginkgoaceae
Gnetum parvifolium
Gnetáceas
Picea engelmannii
Se404-851
123,542
114
[22]
Pinaceae
Picea glauca
PG29
123,266
114
[23]
Pinaceae
Picea glauca
WS77111
123,421
114
[24]
Pinaceae
Picea sitchensis
Q903
124,049
114
[25]
Pinaceae
Pinus koraiensis
116,866
Pinaceae
Pinus thunbergii
119,707
[26]
Pinaceae
Podocarpus macrophyllus
Podocarpaceae
Welwitschia mirabilis
119,726
101
[27]
Welwitschiaceae
Plantas con flores [ editar ]
Se espera que esta tabla ordenable compile genomas de plastidios completos que representen la mayor variedad de tamaños, número de genes y familias de angiospermas.
Plastomas secuenciados con tamaño completo del genoma, número de genes únicos, año de referencia y publicación.
Especies
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Año
Familia
Notas
Acorus americanus
153,819
[19]
2007
Acoraceae
Agrostis stolonifera
135.584
110
[28]
2010
Poaceae
Alniphyllum eberhardtii
155,384
113
[29]
2017
Styracaceae
Alstroemeria aurea
155,510
112
[30]
2013
Alstroemeriaceae
Amborella trichopoda
162.686
[31]
2003
Amborellaceae
Anethum graveolens
153,356
[19]
2007
Apiáceas
Arabidopsis thaliana
154,478
[32]
1999
Brassicaceae
Atropa belladona
156,687
[33]
2002
Solanáceas
Brachypodium distachyon
135.199
110
[28]
2010
Poaceae
Buxus microphylla
159,010
113
[34]
2007
Buxaceae
Calycanthus floridus var. glauco
153,337
115
[35]
2003
Calycanthaceae
Carpinus tientaiensis
160,104
114
[36]
2017
Betulaceae
Chloranthus spicatus
157,772
113
[34]
2007
Cloranthaceae
Citrus sinensis var. 'Piña Ridge'
155.189
[37]
2006
Rutaceae
Cocos nucifera
154,731
130
[38]
2013
Arecaceae
Coffea arabica
155.189
[39]
2007
Rubiaceae
Coix lacryma-jobi
140,745
[40]
2009
Poaceae
Conopholis americana
45.673
42
[41]
2013
Orobanchaceae
Parásito no fotosintético
Cucumis sativus
155,293
[42]
2007
Cucurbitáceas
Cuscuta exaltata
125,373
[43]
2007
Convolvuláceas
Cuscuta gronovii
86,744
86
[44]
2007
Convolvuláceas
Cuscuta reflexa
121,521
98
[44]
2007
Convolvuláceas
Cypripedium formosanum
178,131
[45]
2015
Orchidaceae
Cytinus hypocistis
19.400
23
[46]
2016
Cytinaceae
Holoparásito
Daucus carota
155,911
[47]
2006
Apiáceas
Dioscorea elephantipes
152,609
112
[34]
2007
Dioscoreaceae
Drimys granadensis
160,604
113
[48]
2006
Winteraceae
Epifagus virginiana
70,028
42
[49]
1992
Orobanchaceae
Epipogium aphyllum
30,650
27
[50]
2015
Orchidaceae
Micoheterotrófico
Epipogium roseum
19,047
29
[50]
2015
Orchidaceae
Micoheterotrófico
Erodium carvifolium
116,935
107
[51]
2016
Geraniaceae
Erodium chrysanthum
168,946
96
[51]
2016
Geraniaceae
Erodium texanum
130,812
106
[52]
2011
Geraniaceae
Eucalyptus globulus subsp. globulus
160,286
[53]
2005
Myrtaceae
Fagopyrum esculentum ssp. ancestrale
159.599
[54]
2008
Poligonáceas
Geranio palmatum
155,794
105
[52]
2011
Geraniaceae
Glycine max
152,218
[55]
2005
Fabaceae
Gossypium barbadense
160,317
114
[56]
2006
malváceas
Gossypium hirsutum
160.301
[57]
2006
malváceas
Helianthus annuus
151,104
[58]
2007
Asteraceae
Hordeum vulgare subsp. vulgar
136,482
110
[28]
2010
Poaceae
Hydnora visseri
27,233
24
[59]
2016
Aristolochiaceae
Holoparásito no fotosintético
Illicium oligandrum
148,552
113
[34]
2007
Schisandraceae ( sensu APG III )
Ipomoea purpurea
162,046
[43]
2007
Convolvuláceas
Jasminum nudiflorum
165,121
[60]
2007
Oleáceas
Juglans regia
160,367
129
[61]
2017
Juglandaceae
Lactuca sativa
152,765
[58]
2007
Asteraceae
Lemna menor
165,955
[62]
2008
Araliaceae
Licania alba
162,467
112
[63]
2014
Chrysobalanaceae
Lilium longiflorum
152,793
114
[30]
2013
Liliáceas
Liriodendron tulipifera
159,866
[48] [64]
2006
Magnoliaceae
Lolium perenne
135,282
110
[28]
2010
Poaceae
Lonicera japonica
155,078
[1]
2010
Caprifoliaceae
Lotus japonicus
150,519
[sesenta y cinco]
2000
Fabaceae
Manihot esculenta
161.453
[66]
2008
Euphorbiaceae
Hipopitis de Monotropa
35,336
45
[67]
2016
Ericaceae
Micoheterotrófico
Monsonia speciosa
128,787
106
[52]
2011
Geraniaceae
Morus indica
156.599
[68]
2006
Moraceae
Musa balbisiana
169,503
113
[69]
2016
Musáceas
Nandina domestica
156.599
[70]
2006
Berberidaceae
Neottia nidus-avis
92,060
56
[71]
2011
Orchidaceae
Micoheterotrófico
Nelumbo nucifera
163,330
[1]
2010
Nelumbonaceae
Nicotiana tabacum
155,943
113
[72]
1986
Solanáceas
Nuphar advena
160,866
117
[73]
2007
Nymphaeaceae
Nymphaea alba
159,930
[74]
2004
Nymphaeaceae
Oenothera argillicola cepa Douthat 1
165,055
113
[75]
2008
Onagráceas
Oenothera biennis cepa suaveolens Grado
164,807
113
[75]
2008
Onagráceas
Oenothera elata subsp. cepa hookeri johansen Standard
165,728
113
[75]
2008
Onagráceas
Oenothera glazioviana cepa r / r -lamarckiana Suecia
165,225
113
[75]
2008
Onagráceas
Oenothera parviflora cepa atrovirens estándar
163,365
113
[75]
2008
Onagráceas
Oryza sativa indica 93-11
134,496
[76]
2005
Poaceae
Oryza sativa japonica Nipponbare
134,551
110
[77] [28]
1989
Poaceae
Oryza sativa japonica PA64S
134,551
[76]
2005
Poaceae
Osyris alba
147,253
101
[78]
2015
Santalaceae
Hemiparasitario
Panax ginseng
156,318
[79]
2004
Araliaceae
Pelargonium × hortorum
217,942
[80]
2006
Geraniaceae
Petrosavia stellaris
103.835
58
[81]
2014
Petrosaviaceae
Micoheterotrófico
Phalaenopsis aphrodite subsp. Formosana
148,964
[82]
2006
Orchidaceae
Phaseolus vulgaris 'Negro Jamapa'
150,285
[83]
2007
Fabaceae
Pilostyles aethiopica
11,348
5
[84]
2016
Apodanthaceae
Endo-holoparásito
Pilostyles hamiltonii
15,167
5
[84]
2016
Apodanthaceae
Endo-holoparásito
Cenocladum Piper
160,624
113
[48]
2006
Piperáceas
Platanus occidentalis
161,791
[70]
2006
Platanaceae
Populus alba
156,505
[85]
2006
Salicaceae
Ranunculus macranthus
155,158
117
[73]
2007
Ranunculaceae
Rhizanthella gardneri
59.190
33
[86]
2011
Orchidaceae
Micoheterótrofo subterráneo
Saccharum officinarum
141.182
110
[28]
2010
Poaceae
Sciaphila densiflora
21,485
28
[87]
2015
Triuridaceae
Micoheterotrófico
Solanum tuberosum
155,298
[88]
2006
Solanáceas
Sorgo bicolor
140,754
110
[28]
2010
Poaceae
Espinacia oleracea
150,725
[89]
2001
Amaranthaceae
Trachelium caeruleum
162,321
[90]
2008
Campanulales
Trifolium subterraneum
144,763
111
[91]
2008
Fabaceae
Triticum aestivum cv. Primavera china
134,545
110
[92] [93] [28]
2000
Poaceae
Typha latifolia
165,572
113
[28]
2010
Typhaceae
Vaccinium macrocarpon
176,045
147
[94]
2013
Ericaceae
Álbum Viscum
128,921
96
[78]
2015
Viscaceae
Hemiparasitario
Viscum mínimo
131,016
99
[78]
2015
Viscaceae
Hemiparasitario
Vitis vinifera
160,928
[95]
2006
Vitaceae
Yucca schidigera
156,158
[21]
2005
Asparagáceas ( sensu APG III )
Zea mays
140,384
110
[96] [28]
2010
Poaceae
Plastomas secuenciados sin información sobre tamaño, número de genes y / o referencias.
Las metaalgas son organismos con orgánulos fotosintéticos de origen endosimbiótico secundario o terciario, y sus parientes cercanos no fotosintéticos, portadores de plastidios. Los apicomplejos son un grupo secundario de cromalveoatos no fotosintéticos que retienen un orgánulo plastidico reducido.
Cromalveolatos fotosintéticos [ editar ]
Los genomas de plastidios de dinoflagelados no están organizados en una sola molécula de ADN circular como otros genomas de plastidios, sino en una serie de minicírculos.
Plastomas secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Notas
Chromera velia
Chroomonas mesostigmatica
CCMP1168
139,403
189
[137]
Chroomonas placoidea
CCAP978 / 8
139.432
186
[137]
Contiene 3 pseudogenes anotados
Cryptomonas curvata
CNUKR
128,285
182
[137]
Cryptomonas paramecium
CCAP977 / 2a
77,717
115
[138]
Emiliania huxleyi
CCMP 373
105.309
154
[139]
Guillardia theta
121,524
167
[140]
Heterosigma akashiwo
NIES 293
159,370
198
[141]
Odontella sinensis
119,704
175
[142]
Phaeodactylum tricornutum
117,369
170
[143]
Rhodomonas salina
CCMP1319
135,854
183
[144]
Storeatula sp.
CCMP1868
140,953
187
[137]
Anfioxeia Teleaulax
HACCP-CR01
129,772
179
[145]
Thalassiosira pseudonana
128,814
180
[143]
Cloraracniófitas [ editar ]
Plastomas secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Bigelowiella natans
69,166
98
[146]
Gymnochlora stellata
CCMP2053
67.451
97
[147]
Lotharella oceanica
CCMP622
70.997
94
[148]
Lotharella vacuolata
CCMP240
71,557
95
[147]
Partenskyella glossopodia
RCC365
72,620
99
[147]
Euglenofitas [ editar ]
Plastomas secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Astasia longa
73,2 KB
84
Euglena gracilis
143,2 KB
128
[149]
Apicomplexans [ editar ]
Plastomas secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Chromera velia
Eimeria tenella
Penn State
34,8 KB
sesenta y cinco
[150]
Plasmodium falciparum
34,7 KB
68
Theileria parva
Mugaga
39,6 KB
71
Toxoplasma gondii
Rh
35.0 KB
sesenta y cinco
Genomas de nucleomorfos [ editar ]
En algunos organismos fotosintéticos, esa capacidad se adquirió a través de la simbiosis con un alga verde unicelular ( clorofita ) o un alga roja ( rodofita ). En algunos de estos casos, el cloroplasto del antiguo alga unicelular no solo retiene su propio genoma, sino que también se retiene un remanente del alga. Cuando éste retiene un núcleo y un genoma nuclear, se denomina nucleomorfo .
Genomas nucleomorfos secuenciados
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Amorphochlora amebiformis
373,958
340
[151]
Bigelowiella natans
CCMP 621
442,036
426 (codificación de proteínas 344)
[152] [153]
Chroomonas mesostigmatica
CCMP1168
702,852
581 (codificación de proteína 505)
[154]
Cryptomonas paramecium
487,066
519 (codificación de proteínas 466)
[155]
Guillardia theta
672,788
743 (codificación de proteínas 632)
[156]
Hemiselmis andersenii
571,872
525 (codificación de proteínas 471)
[157]
Lotharella oceanica
612,592
654 (codificación de proteínas 608)
[158]
Lotharella vacuolata
431,876
359
[151]
Genomas de Cyanelle [ editar ]
El eucariota unicelular Paulinella chromatophora posee un orgánulo (el cianulo ) que representa un caso independiente de adquisición de fotosíntesis por endosimbiosis cianobacteriana . (Nota: el término cyanelle también se aplica a los plástidos de los glaucófitos).
Genomas secuenciados de Cyanelle
Especies
Variedad
Tamaño ( bp )
Genes
Referencia
Paulinella chromatophora
1.02Mb
867
[159]
Ver también [ editar ]
Lista de genomas eucariotas secuenciados
Lista de genomas bacterianos secuenciados
Lista de genomas de arqueas secuenciados
Desnatado del genoma
Referencias [ editar ]
^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x Moore MJ, Soltis PS, Bell CD, Burleigh JG, Soltis DE (marzo de 2010). "El análisis filogenético de 83 genes de plastidios resuelve aún más la diversificación temprana de eudicots" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 107 (10): 4623–8. Código bibliográfico : 2010PNAS..107.4623M . doi : 10.1073 / pnas.0907801107. PMC 2842043 . PMID 20176954 .
^ "Índice de / refseq / release / plastid" . ftp.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 8 de enero de 2017 .
^ Wickett NJ, Zhang Y, Hansen SK, Roper JM, Kuehl JV, Plock SA, Wolf PG, DePamphilis CW, Boore JL, Goffinet B (febrero de 2008). "Las pérdidas de genes funcionales ocurren con una reducción mínima del tamaño en el genoma del plastidio de la hepática parásita Aneura mirabilis" . Biología Molecular y Evolución . 25 (2): 393–401. doi : 10.1093 / molbev / msm267 . PMID 18056074 .
^ Evolución del genoma de los plástidos de la hepática no fotosintética Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae)
^ Kugita M, Kaneko A, Yamamoto Y, Takeya Y, Matsumoto T, Yoshinaga K (enero de 2003). "La secuencia de nucleótidos completa del genoma del cloroplasto de hornwort (Anthoceros formosae): información sobre las primeras plantas terrestres" . Investigación de ácidos nucleicos . 31 (2): 716–21. doi : 10.1093 / nar / gkg155 . PMC 140519 . PMID 12527781 .
^ K Ohyama, Fukuzawa, H., Kohchi, T., Shirai, H., Sano, T., Chang Z, Aota S, Inokuchi H, Ozeki H (2003). "Organización del gen del cloroplasto deducida de la secuencia completa del ADN del cloroplasto de la hepática Marchantia polymorpha ". Naturaleza . 322 (6079): 716–721. Código Bibliográfico : 1986Natur.322..572O . doi : 10.1038 / 322572a0 .
^ Villarreal JC, Forrest LL, Wickett N, Goffinet B (marzo de 2013). "El genoma del plastidio de la hornwort Nothoceros aenigmaticus (Dendrocerotaceae): señal filogenética en la expansión de repetición invertida, pseudogeneización y ganancia de intrón" (PDF) . Revista estadounidense de botánica . 100 (3): 467–77. doi : 10.3732 / ajb.1200429 . PMID 23416362 .
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Enlaces externos [ editar ]
Proteomas HAMAP: Plástidos
Genomas de plastidios completos
Base de datos del genoma del cloroplasto
Genomas de plástidos eucariotas NCBI
lista del genoma del cloroplasto en: Montreal genomics
Psilotum nud [1] um
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