MEROPS

Para otros usos, consulte Merops .

MEROPS

Contenido
Descripción	MEROPS: la base de datos de enzimas proteolíticas , sus sustratos e inhibidores.
Contacto
Centro de Investigación	El Instituto Wellcome Trust Sanger
Autores	Neil D Rawlings
Cita primaria	Rawlings & al. (2012) [1]
Fecha de lanzamiento	2010
Acceso
Sitio web	http://merops.sanger.ac.uk

MEROPS es una base de datos en línea de peptidasas (también conocidas como proteasas , proteinasas y enzimas proteolíticas ) y sus inhibidores. ^[2] El esquema de clasificación de las peptidasas fue publicado por Rawlings & Barrett en 1993, ^[3] y el de los inhibidores de proteínas por Rawlings et al. en 2004. ^[4] La versión más reciente, MEROPS 12.3, se publicó en septiembre de 2020. ^[5]

Resumen

La clasificación se basa en similitudes en los niveles estructurales primario y terciario. Las comparaciones se limitan a la parte de la secuencia directamente implicada en la reacción, que en el caso de una peptidasa debe incluir el sitio activo , y para un inhibidor de proteínas, el sitio reactivo. La clasificación es jerárquica: las secuencias se agrupan en familias y las familias se agrupan en clanes. Cada peptidasa, familia y clan tiene un identificador único.

Clasificación

Familia

Las familias de peptidasas se construyen mediante comparaciones de secuencias de aminoácidos. Una familia se ensambla en torno a un ejemplo tipo , la secuencia de una peptidasa o inhibidor bien caracterizados. Todas las demás secuencias de la familia deben estar relacionadas con el ejemplo del tipo de familia, ya sea directamente o mediante una relación transitiva que implique una o más secuencias que ya se ha demostrado que son miembros de la familia. Normalmente, FastA o BlastP se utiliza para establecer relaciones de secuencia, con un valor esperado de 0,001 o menos considerado estadísticamente significativo . HMMERo búsquedas psi-blast se utilizan para añadir secuencias que están relacionadas lejanamente con una familia. Cada familia se identifica mediante una letra que representa el tipo catalítico de las peptidasas que contiene seguida de un número único arbitrario.

Algunas familias se dividen en subfamilias debido a la evidencia de divergencias muy antiguas dentro de la familia. La divergencia corresponde a más de 150 mutaciones puntuales aceptadas por 100 residuos de aminoácidos.

Clan

La similitud en las estructuras tridimensionales apoya la evidencia de que muchas de las familias comparten un ancestro común con otras. "Clan" se usa para describir tal grupo de familias. Un clan también se ensambla en torno a un ejemplo tipo, que es la estructura de una peptidasa o inhibidor bien caracterizados. Una familia se incluye en un clan si se puede demostrar que la estructura terciaria de un miembro de la familia está relacionada con la del ejemplo del tipo de clan. Normalmente, DALI se utiliza para establecer la pertenencia a un clan, con una puntuación z de 6,00 desviación estándar.unidades o más consideradas estadísticamente significativas. Para las peptidasas, otra evidencia para indicar que las familias están relacionadas cuando no existe una estructura terciaria incluye el mismo orden de residuos catalíticos en las secuencias.

Identificador

Cada familia, clan, peptidasa e inhibidor tiene un identificador único. La descripción y el ejemplo de identificadores se muestran en la siguiente tabla.

Tipo	Descripción del identificador	Ejemplo de identificador
Familia	Letra que indica el tipo catalítico seguida de un número de serie de hasta dos dígitos	A1
Clan	La primera letra que indica el tipo catalítico seguida de una letra de serie	Automóvil club británico
Peptidasa	Apellido (rellenado con ceros si es necesario para que tenga tres caracteres), un punto y un número de serie de tres dígitos	A01.001
Inhibidor	La 'I' inicial seguida del apellido (rellenado con ceros), un punto y un número de serie de tres dígitos	I10.001
Inhibidor de compuestos	La 'L' inicial es para cualquier inhibidor compuesto. A 'L' le sigue el nombre de la familia de las unidades inhibidoras (rellenado con tres caracteres). Después del guión, hay un número de serie de tres dígitos.	LI01-001
Inhibidor de molécula pequeña	A cada SMI se le asigna un identificador que consta de una J inicial seguida de un número de cinco dígitos	J00095

Ver también

• El mapa de proteólisis
• TopFIND , una base de datos científica que cubre las proteasas, la especificidad de su sitio de escisión, sustratos, inhibidores y terminaciones proteicas que se originan a partir de su actividad.
• Superfamilia de proteínas
• Clan PA
• Tríada catalítica

Referencias

1. Rawlings, Neil D; Barrett Alan J; Bateman Alex (enero de 2012). "MEROPS: la base de datos de enzimas proteolíticas, sus sustratos e inhibidores" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 40 (Problema de la base de datos): D343-50. doi : 10.1093 / nar / gkr987 . PMC  3245014 . PMID  22086950 .
2. Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (enero de 2010). "MEROPS: la base de datos de peptidasas" . Ácidos nucleicos Res . 38 (Problema de la base de datos): D227–33. doi : 10.1093 / nar / gkp971 . PMC 2808883 . PMID 19892822 .  
3. Rawlings, ND y Barrett, AJ (1993) "Familias evolutivas de peptidasas". Biochem J 290, 205-218.
4. Rawlings, ND, Tolle, DP & Barrett, AJ (2004) "Familias evolutivas de inhibidores de peptidasas". Biochem J 378, 705-716.
5. "¿Qué hay de nuevo en MEROPS?" .

Enlaces externos

• Base de datos MEROPS