El MAP de proteólisis ( PMAP ) es un recurso web integrado centrado en las proteasas . [1]
Razón fundamental
El PMAP ayuda a los investigadores de proteasas a razonar sobre las redes proteolíticas y las vías metabólicas .
Historia y financiación
PMAP se creó originalmente en el Instituto Burnham de Investigación Médica , La Jolla, California. En 2004, los Institutos Nacionales de Salud (NIH) seleccionaron un equipo dirigido por Jeffrey W. Smith para establecer el Centro de Vías Proteolíticas (CPP). Como parte de la Hoja de ruta de los NIH para la investigación biomédica, el centro desarrolla tecnología para estudiar el comportamiento de las proteínas y distribuir ese conocimiento a la comunidad científica en general.
Punto focal
Las proteasas son una clase de enzimas que regulan gran parte de lo que sucede en el cuerpo humano , tanto dentro como fuera de la célula , escindiendo enlaces peptídicos en proteínas . A través de esta actividad, gobiernan las cuatro funciones celulares esenciales: diferenciación , motilidad , división y muerte celular , y activan importantes episodios extracelulares , como el efecto de cascada bioquímica en la coagulación sanguínea . En pocas palabras, la vida no podría existir sin ellos. Un extenso sistema de clasificación en línea para proteasas (también denominado peptidasas) está depositado en la base de datos MEROPS .
La meta
Las vías proteolíticas, o proteólisis, son la serie de eventos controlados por proteasas que ocurren en respuesta a estímulos específicos. Además de la coagulación de la sangre, la producción de insulina puede verse como una vía proteolítica, ya que la activación, regulación e inhibición de esa proteína es el resultado de que las proteasas reaccionan a los niveles cambiantes de glucosa y desencadenan otras proteasas aguas abajo.
Contenido de la base de datos
PMAP integra cinco bases de datos. ProteaseDB y SubstrateDB son impulsados por una canalización de anotaciones automatizada que genera 'Páginas de Moléculas' dinámicas, ricas en información molecular. CutDB [2] tiene información sobre más de 6.600 eventos proteolíticos, y ProfileDB se dedica a la información de la especificidad de reconocimiento del sustrato de las proteasas. PathwayDB, acaba de comenzar la acumulación de vías metabólicas cuya función se puede modelar dinámicamente de una manera basada en reglas. Las redes hipotéticas se infieren mediante la selección semiautomática de la literatura. Además, se encuentran disponibles herramientas de software de proteasas para el análisis de proteasas individuales y conjuntos de datos de todo el proteoma .
Uso
Los destinos populares en PMAP son las páginas de moléculas de proteasa y las páginas de moléculas de sustrato. Las páginas de moléculas de proteasa muestran noticias recientes en la literatura de PubMed sobre la proteasa, eventos proteolíticos conocidos , ubicación del dominio de la proteína y vista de la estructura de la proteína , así como una anotación cruzada en la sección de otras bases de datos bioinformáticas . Las páginas de moléculas de sustrato muestran dominios de proteínas y sitios de corte de proteasa derivados experimentalmente para una proteína de interés determinada.
Ver también
Referencias
- ^ Igarashi, Y; Heureux, E; Doctor, KS; Talwar, P; Gramatikova, S; Gramatikoff, K; Zhang, Y; Blinov, M; Ibragimova, SS; Boyd, S; Ratnikov, B; Cieplak, P; Godzik, A; Smith, JW; Osterman, AL; Eroshkin, AM (2008). "PMAP: bases de datos para analizar rutas y eventos proteolíticos" . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (Problema de la base de datos): D611 – D618. doi : 10.1093 / nar / gkn683 . PMC 2686432 . PMID 18842634 .
- ^ Igarashi Y, Eroshkin A, Gramatikova S, Gramatikoff K, Zhang Y, Smith JW, Osterman AL, Godzik A. CutDB: una base de datos de eventos proteolíticos. Investigación de ácidos nucleicos . 2007 D546-9
enlaces externos
- Proteasas en los títulos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- Página web oficial
- Base de datos del sitio de corte de proteólisis: anotación de expertos curada de los usuarios
- Interfaz gráfica de sitios de corte de proteasa
- Predictor de corte de proteasa
- Merops - la base de datos de peptidasas