TopFIND es la T Ermini o riented p rotein F unción I nferred D atabase ( TopFIND ) es un sistema integrado de la base de conocimiento se centró en proteína termini, su formación por proteasas y las implicaciones funcionales. Contiene información sobre el procesamiento y el estado de procesamiento de las proteínas y las implicaciones funcionales de las mismas derivadas de la literatura de investigación, contribuciones de la comunidad científica y bases de datos biológicas . [2]
Contenido | |
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Descripción | TopFIND es la T Ermini o riented p rotein F unción I nferred D atabase, un recurso central de proteínas de datos integrado con conocimientos sobre la proteína termini, procesamiento proteolítico por las proteasas , modificaciones de aminoácidos terminales e inferidos implicaciones funcionales creados por la combinación de contribuciones de la comunidad con el UniProt y bases de datos MEROPS . |
Tipos de datos capturados | Anotación de proteínas |
Organismos | H. sapiens, M. musculus, A. thaliana, S. cerevisiae, E. coli |
Contacto | |
Centro de Investigación | Universidad de Columbia Británica (UBC), Canadá |
Laboratorio | Christopher en general |
Autores | Philipp F. Lange |
Cita primaria | TopFIND 2.0: enlaza los terminales de las proteínas con el procesamiento proteolítico y las modificaciones que alteran la función de las proteínas [1] |
Fecha de lanzamiento | 2011 |
Acceso | |
Formato de datos | Archivo personalizado separado por comas, SQL , XML . |
Sitio web | clipserve |
Diverso | |
Licencia | Creative Commons Attribution-NoDerivs |
Política de curación | Sí, manual y automático. Reglas para la anotación automática generada por los Curadores de bases de datos y algoritmos computacionales. |
Fondo
Entre las características más fundamentales de una proteína se encuentran los extremos N y C que definen el comienzo y el final de la cadena polipeptídica . Aunque codificadas genéticamente, las isoformas de los extremos de las proteínas también se generan a menudo durante la traducción , después de lo cual, los extremos son muy dinámicos y con frecuencia se recortan en sus extremos por una gran variedad de exopeptidasas. Los neo-terminales también pueden ser generados por endopeptidasas después de una proteólisis precisa y limitada, denominada procesamiento. Necesario para la maduración de muchas proteínas, el procesamiento también puede ocurrir posteriormente, lo que a menudo tiene como resultado consecuencias funcionales dramáticas. La proteólisis aberrante puede causar una amplia gama de enfermedades como la artritis [3] o el cáncer. [4] Por lo tanto, la generación proteolítica de formas pleiotróficas estables de proteínas, la susceptibilidad universal de las proteínas a la proteólisis y su irreversibilidad, distingue a la proteólisis de muchas modificaciones postraduccionales altamente estudiadas. Las proteasas están estrechamente interconectadas en la red de proteasas [5] [6] y su actividad aberrante en la enfermedad puede conducir a perfiles de fragmentos de diagnóstico con terminaciones proteicas características. [7] Después de la proteólisis, los extremos de las proteínas recién formadas pueden modificarse aún más, [8] un proceso que afecta la función y la estabilidad de las proteínas. [9]
Contenido de la base de conocimientos
TopFIND es un recurso para una cobertura completa de los extremos N y C de las proteínas descubiertos por todas las metodologías disponibles in silico, in vitro e in vivo. Hace uso del conocimiento existente mediante la integración perfecta de datos de UniProt y MEROPS y proporciona acceso a nuevos datos de la presentación de la comunidad y la curación de literatura manual. Hace que las modificaciones de los extremos de las proteínas , como la acetilación y la citrulinación, sean fácilmente accesibles y de búsqueda, y proporciona los medios para identificar y analizar la extensión y distribución de las modificaciones terminales en una proteína. Desde su inicio, TopFIND se ha expandido a más especies. [1]
Acceso a los datos
Los datos se presentan al usuario con un fuerte énfasis en la relación con la información de antecedentes curada y la evidencia subyacente que llevó a la observación de un término, su modificación o división proteolítica. En resumen , se enumera la información de la proteína , su estructura de dominio, los extremos de la proteína, las modificaciones del extremo y el procesamiento proteolítico de y por otras proteínas. Toda la información va acompañada de metadatos como su fuente original, método de identificación, medición de confianza o publicación relacionada. Una evaluación de correlación cruzada posicional hace coincidir los extremos y los sitios de escisión con las características de las proteínas (como las variantes de aminoácidos) y los dominios para resaltar los efectos y las dependencias potenciales de una manera única. Además, se proporciona una vista en red de todas las proteínas que muestra su dependencia funcional como proteasa , sustrato o inhibidor de proteasa vinculado con interacciones de proteínas para la fácil evaluación de los efectos en toda la red. Un mecanismo de filtrado potente pero fácil de usar permite filtrar los datos presentados en función de parámetros como la metodología utilizada, la relevancia in vivo, la confianza o la fuente de datos (por ejemplo, limitados a un solo laboratorio o publicación). Esto proporciona medios para evaluar datos fisiológicos relevantes y para deducir información funcional e hipótesis relevantes para el científico de laboratorio. En una versión posterior, se agregaron herramientas de análisis para la evaluación de rutas proteolíticas en datos experimentales. [10]
Ver también
Referencias
- ^ a b Lange, PF; Huesgen, PF; En general, CM (2011). "TopFIND 2.0 - que une los terminales de la proteína con el procesamiento proteolítico y las modificaciones que alteran la función de la proteína" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D351 – D361. doi : 10.1093 / nar / gkr1025 . PMC 3244998 . PMID 22102574 .
- ^ Lange, PF; En general, CM (2011). "TopFIND, una base de conocimientos que vincula los extremos de las proteínas con la función". Métodos de la naturaleza . 8 (9): 703–704. doi : 10.1038 / nmeth.1669 . PMID 21822272 . S2CID 7195106 .
- ^ Cox JH, Starr AE, Kappelhoff R, Yan R, Roberts CR, CM general (diciembre de 2010). "La deficiencia de la metaloproteinasa 8 de la matriz en ratones exacerba la artritis inflamatoria a través de la apoptosis retardada de los neutrófilos y la reducción de la expresión de la caspasa 11". Artritis y reumatismo . 62 (12): 3645–3655. doi : 10.1002 / art.27757 . PMID 21120997 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
- ^ CM general, Kleifeld O (marzo de 2006). "Microambiente tumoral - opinión: validación de metaloproteinasas de matriz como dianas de fármacos y anti-dianas para la terapia del cáncer". Nature Reviews Cancer . 6 (3): 227–239. doi : 10.1038 / nrc1821 . PMID 16498445 . S2CID 21114447 .
- ^ Nikolaus Fortelny , Jennifer H. Cox , Reinhild Kappelhoff , Amanda E. Starr , Philipp F. Lange , Paul Pavlidis y Christopher M. Global (2014). "Los análisis de red revelan una regulación funcional generalizada entre las proteasas en la red de proteasas humanas" . PLOS Biología . 12 (5): e1001869. doi : 10.1371 / journal.pbio.1001869 . PMC 4035269 . PMID 24865846 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
- ^ Nikolaus Fortelny , Georgina S. Butler , Christopher M. Overall y Paul Pavlidis (2017). "Predicciones de la interacción proteasa-inhibidor: lecciones sobre la complejidad de las interacciones proteína-proteína" . Proteómica molecular y celular . 16 (6): 1038-1051. doi : 10.1074 / mcp.M116.065706 . PMC 5461536 . PMID 28385878 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
- ^ Pitter F. Huesgen , Philipp F. Lange y Christopher M. Global (2014). "Conjuntos de proteínas terminales y firmas proteolíticas específicas como candidatos biomarcadores de enfermedad". Proteómica: Aplicaciones clínicas . 8 (5–6): 338–350. doi : 10.1002 / prca.201300104 . PMID 24497460 . S2CID 24591183 .
- ^ Philipp F. Lange y Christopher M. Global (2013). "Colas de proteína: cuando termini cuentan historias de proteólisis y función" . Opinión actual en biología química . 17 (1): 73–82. doi : 10.1016 / j.cbpa.2012.11.025 . PMID 23298954 .
- ^ Philipp F. Lange , Pitter F. Huesgen , Karen Nguyen y Christopher M. Overall (2014). "Anotación de los extremos N para el proyecto del proteoma humano: los extremos N y el estado de Nalfa-acetilación diferencian las especies de proteínas escindidas estables de los restos de degradación en el proteoma de eritrocitos humanos" . Revista de investigación del proteoma . 13 (4): 2028-2044. doi : 10.1021 / pr401191w . PMC 3979129 . PMID 24555563 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
- ^ Nikolaus Fortelny , Sharon Yang , Paul Pavlidis , Philipp F. Lange y Christopher M. Overall (2015). "Proteoma TopFIND 3.0 con TopFINDer y PathFINDer: herramientas de análisis y base de datos para la asociación de los extremos de proteínas a eventos pre y postraduccionales" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): D290 – D297. doi : 10.1093 / nar / gku1012 . PMC 4383881 . PMID 25332401 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
enlaces externos
- TopFIND - sitio web principal e interfaz web
- Sitio web de la institución anfitriona
- Grupo de investigación de Philipp Lange - inventor y desarrollador principal
- Grupo de investigación de Christopher Overall - hogar de TopFIND
- Merops - la base de datos de peptidasas
- UniProt
- Proteasas en los títulos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .