Manuel Corpas es un biólogo y emprendedor anglo-español conocido principalmente por sus contribuciones al campo de la Bioinformática y la Genómica . Actualmente, Corpas es Científico Jefe de la startup Cambridge Cambridge Precision Medicine, [1] tutor en el Instituto de Educación Continua de la Universidad de Cambridge y profesor en la Universidad Internacional de La Rioja . Manuel trabajó en el genoma humano desde el inicio de su carrera, siendo uno de los primeros consumidores en secuenciar su propio genoma y el de parientes cercanos, que publicó como Corpasome . [2]Ha ocupado cargos en el Earlham Institute como líder de proyecto y en el Wellcome Sanger Institute , desarrollando la base de datos DECIPHER , una base de datos que ayuda en el diagnóstico de pacientes con trastornos genómicos raros.
Manuel Corpas | |
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![]() Retrato de Manuel Corpas | |
Nació | Manuel Corpas López |
alma mater | Universidad de Navarra |
Conocido por |
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Premios | Instituto de Sostenibilidad de Software 2016 |
Carrera científica | |
Campos | Genómica Bioinformática |
Instituciones |
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Tesis | Patrones de plegado en secuencias de proteínas (2007) |
Asesor de doctorado | Terri Attwood |
Sitio web |
Educación
Corpas obtuvo su Licenciatura en Biología por la Universidad de Navarra en 2000. Se doctoró en Bioinformática en 2007 por la Universidad de Manchester bajo la supervisión de la Profesora Terri Attwood y el Dr. Steve Pettifer estudiando la conservación evolutiva de pliegues en proteínas . [3]
Servicio académico
Durante su doctorado, Corpas fundó el Consejo de Estudiantes de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCBSC), [4] la organización internacional de estudiantes de biología computacional. La Sociedad Internacional de Biología Computacional aprobó oficialmente el Consejo de Estudiantes en 2004 con Corpas como su presidente inaugural. Hasta la fecha, el Consejo de Estudiantes tiene numerosos Grupos de Estudiantes Regionales en todo el mundo que tocan a miles de estudiantes en el campo. [5] [6] Corpas también ha organizado el primer Simposio del Consejo de Estudiantes en Biología Computacional en el Congreso Europeo de Biología Computacional en Madrid (2005). Además, se desempeñó como presidente de la primera conferencia de bioinformática en África de la Sociedad Africana de Bioinformática y Biología Computacional .
Investigación y carrera
Tras unos meses en el Instituto Nacional de Bioinformática de España en Madrid bajo la dirección de Alfonso Valencia y en el Instituto Europeo de Bioinformática bajo la dirección de Ewan Birney , Corpas se instaló en el Instituto Wellcome Sanger como desarrollador de la base de datos DECIPHER bajo la supervisión de la Dra. Helen V. Firth. [7] Desde entonces ha estado trabajando en el campo de la investigación del genoma humano y la genómica personal . Durante su permanencia en el Wellcome Sanger Institute, inicialmente se centró en el desarrollo de herramientas de integración y visualización para la interpretación de conjuntos de datos de variación de números de copia. [8] [9] Un tiempo después, comenzó su trabajo en el ' Corpasome '. [10] [11] [12] Fue una de las primeras personas en hacer público en Internet su genotipo personal de 23andMe y poco después su familia analizó sus genotipos utilizando primero los datos de 23andMe y luego la tecnología del exoma humano y más recientemente el genoma completo. [13] Esto ha llevado a una serie de publicaciones importantes en el campo de la genómica personal, [14] realizando el primer análisis colaborativo de una familia de genomas. [15] Durante el final de su mandato en el Instituto Sanger, organizó la comunidad BioJavaScript (BioJS) para convertirse en su coordinador desde 2012 hasta 2017. La comunidad BioJS es el mayor esfuerzo hasta la fecha en la provisión de componentes web de código abierto para visualización biológica. . El grupo de investigación de Corpas ha estado involucrado en algunos de los desarrollos más importantes de esta comunidad de software abierto. [16] [17] [18] BioJS involucra esfuerzos de recursos líderes mundiales como el Instituto Europeo de Bioinformática , el Laboratorio de Berkeley , la Universidad de Cambridge y otros. Corpas logró obtener 5 pasantías para el Google Summer of Code , que catapultó a BioJS como un esfuerzo internacional.
Corpas también ha sido el Coordinador Técnico de ELIXIR-UK, [19] la sucursal británica de la red europea ELIXIR para recursos de datos y bioinformática. Durante su tiempo como coordinador técnico de ELIXIR, ha estado involucrado en el desarrollo de mejores prácticas y métricas estandarizadas para medir el impacto de los recursos de datos en toda Europa. Durante este tiempo también estuvo involucrado en la Organización Global para el Aprendizaje, Educación y Capacitación en Bioinformática, [20] [21] actuando como presidente de su comité técnico y el desarrollo de su portal de capacitación, que proporciona recursos de capacitación de acceso abierto para la bioinformática. comunidad.
Además de su trabajo en Cambridge Precision Medicine, Manuel es Tutor en el Instituto de Educación Continua de la Universidad de Cambridge , [22] y también imparte cursos en línea sobre medicina de precisión tanto en inglés como en español. Manuel tiene más de 50 publicaciones científicas revisadas por pares a su nombre, [23] y un libro Perfect DNA , [24] en el que explora temas más amplios más allá de la ciencia de la secuenciación genética.
Premios y honores
Corpas es miembro del Software Sustainability Institute , [25] y un orador frecuente en eventos de renombre mundial en genómica como el Festival of Genomics London, BioData West, el Longevity World Forum y otros. Ha sido catalogado como uno de los protagonistas de Málaga (España) con impacto en el mundo. [26]
Referencias
- ^ "CPM - Página de inicio" . www.cpm.onl . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
- ^ "Corpasome" . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
- ^ Corpas, Manuel (2007). Patrones de plegamiento en secuencias de proteínas (tesis doctoral). Universidad de Manchester. doi : 10.6084 / m9.figshare.964811.v1 .
- ^ Corpas, Manuel (agosto de 2005). "Científicos y sociedades". Naturaleza . 436 (7054): 1204. doi : 10.1038 / nj7054-1204b . ISSN 0028-0836 . PMID 16144051 . S2CID 186242202 .
- ^ "ISCB-SC RSG" . Consultado el 1 de febrero de 2017 .
- ^ Macintyre, Geoff (2013). "El Programa del Grupo de Estudiantes Regionales del Consejo de Estudiantes de ISCB: Historias de la carretera" . PLOS Biología Computacional . 9 (9): e1003241. doi : 10.1371 / journal.pcbi.1003241 . PMC 3784494 . PMID 24098107 .
- ^ www-core (equipo web). "Helen V Firth" . www.sanger.ac.uk . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
- ^ Firth HV, Richards SM, Bevan AP, Clayton S, Corpas M, et al. (Abril de 2009). "DECIPHER: base de datos de desequilibrio cromosómico y fenotipo en humanos utilizando recursos de Ensembl" . Soy. J. Hum. Genet . 84 (4): 524–33. doi : 10.1016 / j.ajhg.2009.03.010 . PMC 2667985 . PMID 19344873 .
- ^ Swaminathan GJ; Bragin E; Chatzimichali EA; Corpas M; et al. (2012). "DECIPHER: recurso comunitario basado en web para la interpretación clínica de variantes raras en trastornos del desarrollo" . Tararear. Mol. Genet . 21 (R1): R37 – R44. doi : 10.1093 / hmg / dds362 . PMC 3459644 . PMID 22962312 .
- ^ Corpas M , Cariaso M, Coletta A, Weiss D, Harrison AP, Moran F, Yang H (12 de noviembre de 2013). "Un conjunto de datos completo de genómica familiar de dominio público". bioRxiv 10.1101 / 000216 .
- ^ Corpas, Manuel (2013). "Crowdsourcing del Corpasome" . Código fuente de biología y medicina . 8 (1): 13. doi : 10.1186 / 1751-0473-8-13 . PMC 3706263 . PMID 23799911 .
- ^ Corpas M, Valdivia-Granda W, Torres N, Greshake B, Coletta A, Knaus A, Harrison AP, Cariaso M, Moran F, Nielsen F, Swan D, Weiss Solis DY, Krawitz P, Schacherer F, Schols P, Yang H , Borry P, Glusman G, Robinson PN (noviembre de 2015). "Análisis genómico de crowdsourcing directo al consumidor de un cuarteto familiar" . BMC Genomics . 16 (910): 910. doi : 10.1186 / s12864-015-1973-7 . PMC 4636840 . PMID 26547235 .
- ^ "Corpasome en BMC" . blogs.biomedcentral.com . Consultado el 29 de septiembre de 2020 .
- ^ Corpas M (junio de 2012). "Una experiencia familiar de genómica personal" . Revista de asesoramiento genético . 21 (3): 386–391. doi : 10.1007 / s10897-011-9473-7 . PMC 134180 . PMID 22223063 .
- ^ "Manteniéndolo en la familia" . www.sciencemag.org . Consultado el 13 de agosto de 2012 .
- ^ Corpas ; Jiménez, Rafael; Carbon, Seth J; García, Alex; García, Leyla; Goldberg, Tatyana; Gómez, John; Kalderimis, Alexis; Lewis, Suzanna E; Mulvany, Ian; Pawlik, Aleksandra; Rowland, Francis; Salazar, Gustavo; Schreiber, Fabián; Sillitoe, Ian; Spooner, William H; Thanki, Anil; Villaveces, José M; Yachdav, Guy; Hermjakob, Henning (2014). "BioJS: un estándar de código abierto para la visualización biológica - su estado en 2014" . F1000Research . 3 : 55. doi : 10.12688 / f1000research.3-55.v1 . ISSN 2046-1402 . PMC 4103492 . PMID 25075290 .
- ^ Thanki, Anil S .; Caim, Shabhonam; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). "DNAContentViewer un componente de BioJS para visualizar el contenido de GC / AT" . F1000Research . 3 : 54. doi : 10.12688 / f1000research.3-54.v1 . ISSN 2046-1402 .
- ^ Thanki, Anil S .; Jiménez, Rafael C .; Kaithakottil, Gemy G .; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). "wigExplorer, un componente de BioJS para visualizar los datos de la peluca" . F1000Research . 3 : 53. doi : 10.12688 / f1000research.3-53.v2 . ISSN 2046-1402 . PMC 5054804 . PMID 27781080 .
- ^ "ELIXIR-UK - infraestructura de ciencias de la vida del Reino Unido para información biológica" . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
- ^ "Comités | GOBLET" . www.mygoblet.org . Consultado el 24 de agosto de 2016 .
- ^ Corpas, M .; Jiménez, RC; Bongcam-Rudloff, E .; Budd, A .; Brazas, MD; Fernandes, PL; van Gelder, C .; Korpelainen, E .; Lewitter, F .; McGrath, A .; MacLean, D .; Palagi, P .; Rother, K .; Taylor, J .; A través de.; Watson, M .; Schneider, MV; Attwood, TK (2015). "El portal de formación GOBLET: un repositorio global de materiales de formación, cursos y formadores en bioinformática" . Bioinformática . 31 (1): 140-142. doi : 10.1093 / bioinformatics / btu601 . PMC 4271145 . PMID 25189782 .
- ^ "Manuel Corpas - Instituto de Educación Continuada (ICE)" . ice.cam.ac.uk . Consultado el 29 de septiembre de 2020 .
- ^ "Manuel Corpas - Citas de Google Scholar" . scholar.google.com . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
- ^ Manuel Corpas (2016). ADN perfecto . Cambridge: DNAdigest. ISBN 978-1539783725.
- ^ "Fellow Software Sustainability Institute" . software.ac.uk . 2016 . Consultado el 29 de septiembre de 2020 .
- ^ Hoy, Málaga (10/04/2016). "Los números 1 malagueños" . Málaga Hoy (en español) . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .