Hibridación genómica comparativa
La hibridación genómica comparativa (CGH) es un método citogenético molecular para analizar las variaciones del número de copias (CNV) en relación con el nivel de ploidía en el ADN de una muestra de prueba en comparación con una muestra de referencia, sin la necesidad de cultivar células. El objetivo de esta técnica es comparar rápida y eficazmente dos muestras de ADN genómico que surgen de dos fuentes, que suelen estar estrechamente relacionadas, porque se sospecha que contienen diferencias en términos de ganancias o pérdidas de cromosomas completos o regiones subcromosómicas.(una porción de un cromosoma completo). Esta técnica se desarrolló originalmente para la evaluación de las diferencias entre los complementos cromosómicos del tumor sólido y el tejido normal, [1] y tiene una resolución mejorada de 5 a 10 megabases en comparación con las técnicas de análisis citogenético más tradicionales de bandas de Giemsa y fluorescencia in situ . hibridación (FISH) que están limitados por la resolución del microscopio utilizado. [2] [3]
Esto se logra mediante el uso de hibridación in situ de fluorescencia competitiva. En resumen, esto implica el aislamiento de ADN de las dos fuentes a comparar, más comúnmente una fuente de prueba y de referencia, el etiquetado independiente de cada muestra de ADN con fluoróforos (moléculas fluorescentes) de diferentes colores (generalmente rojo y verde), desnaturalización de la ADN de modo que sea monocatenario, y la hibridación de las dos muestras resultantes en una proporción de 1: 1 con una propagación de cromosomas en metafase normal , a la que las muestras de ADN marcadas se unirán en su locusde origen. Usando un microscopio de fluorescencia y un software de computadora, las señales fluorescentes de colores diferenciales se comparan a lo largo de la longitud de cada cromosoma para identificar las diferencias cromosómicas entre las dos fuentes. Una mayor intensidad del color de la muestra de prueba en una región específica de un cromosoma indica la ganancia de material de esa región en la muestra de origen correspondiente, mientras que una mayor intensidad del color de la muestra de referencia indica la pérdida de material en la muestra de prueba en esa muestra específica. región. Un color neutro (amarillo cuando las etiquetas de fluoróforo son rojas y verdes) indica que no hay diferencia entre las dos muestras en esa ubicación. [2] [3]
CGH solo puede detectar anomalías cromosómicas desequilibradas . Esto se debe a que las anomalías cromosómicas equilibradas, como las translocaciones recíprocas , las inversiones o los cromosomas en anillo , no afectan el número de copias, que es lo que detectan las tecnologías CGH. Sin embargo, CGH permite la exploración de los 46 cromosomas humanos en una sola prueba y el descubrimiento de deleciones y duplicaciones, incluso a escala microscópica, lo que puede conducir a la identificación de genes candidatos para ser explorados más a fondo mediante otras técnicas citológicas. [2]
Mediante el uso de micromatrices de ADN junto con técnicas CGH, se ha desarrollado la forma más específica de matriz CGH (aCGH), que permite una medida locus por locus de CNV con una resolución aumentada tan baja como 100 kilobases . [4] [5] Esta técnica mejorada permite descubrir la etiología de condiciones conocidas y desconocidas.
La motivación subyacente al desarrollo de CGH provino del hecho de que las formas disponibles de análisis citogenético en ese momento ( bandas de Giemsa y FISH ) estaban limitadas en su resolución potencial por los microscopios necesarios para la interpretación de los resultados que proporcionaban. Además, la interpretación de las bandas de giemsa tiene el potencial de ser ambigua y, por lo tanto, ha reducido la confiabilidad, y ambas técnicas requieren una gran cantidad de mano de obra, lo que limita los loci que pueden examinarse. [4]
