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Base de datos de terapias de VIH, infecciones oportunistas y tuberculosis de ChemDB
Contenido
DescripciónPequeñas moléculas que han sido probadas contra el VIH y / o infecciones oportunistas relacionadas
Contacto
Centro de InvestigaciónInstituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID)
Fecha de lanzamiento1989
Acceso
Sitio webhttp://chemdb.niaid.nih.gov/

La base de datos de terapias de VIH, infecciones oportunistas y tuberculosis de ChemDB es una herramienta disponible públicamente desarrollada por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas para recopilar datos preclínicos sobre moléculas pequeñas con potencial acción terapéutica contra el VIH / SIDA y las infecciones oportunistas relacionadas. [1]

Características y contenido [ editar ]

Desde 1989, ChemDB se ha actualizado con información extraída de literatura publicada revisada por pares, actas de congresos y patentes. [2] Los datos se compilan sobre la estructura del compuesto, las propiedades químicas, la actividad biológica (por ejemplo, proteína dirigida, IC50 , EC50 , Citotoxicidad , TI , Ki o MIC ) y detalles de referencia (por ejemplo, Autor, Revista). [3]

La interfaz web de ChemDB admite la búsqueda de datos biológicos, textuales y químicos mediante Oracle Text , el motor de búsqueda de productos químicos Accelrys Direct y las herramientas Marvin de ChemAxon. [1] Estas herramientas permiten a los usuarios de la web buscar en la base de datos comparando el grado de similitud o coincidencia de flexibilidad con las estructuras químicas que se han cargado o dibujado. Las búsquedas booleanas adicionales se pueden combinar con la búsqueda de estructuras para incluir otros campos de interés, incluido el organismo objetivo o la puntuación de Lipinski . Además de la interfaz web disponible públicamente, la comunidad de investigación científica puede obtener descargas de bases de datos completas. [2] La base de datos se utiliza con frecuencia en investigaciones científicas revisadas por pares. [4] [5][6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13]

Patógenos oportunistas [ editar ]

Los patógenos oportunistas incluidos en esta base de datos son: [1]

SIV
FIV
Citomegalovirus humano (HCMV)
Virus de Epstein-Barr Virus del
herpes simple 1
Virus del herpes simple 2
Virus del sarcoma de Kaposi Virus de la
hepatitis A Virus de la
hepatitis B Virus de la
hepatitis C
Mycobacterium spp.
Pneumocystis carinni
Cryptococcus spp.
Candida spp.
Aspergillus spp.
Microsporidia
Toxoplasma gondii
Cryptosporidium parvum
Leishmania spp.
Plasmodium spp.

Referencias [ editar ]

  1. ^ a b c "División de base de datos de terapias anti-VIH / OI / TB del SIDA" . Institutos Nacionales de Salud, Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE. UU. Archivado desde el original el 17 de enero de 2012 . Consultado el 24 de enero de 2012 .
  2. ↑ a b Rush M, Huffman D, Noble G, Whiting M, Nasr M (25 al 26 de agosto de 2011). "Reunión de 2011 sobre bases de datos químicas y química abierta del gobierno de EE. UU.". La base de datos de VIH / SIDA de NIAID ChemDB .
  3. ^ "División de base de datos de terapias anti-VIH / OI / TB del SIDA" . Guía del usuario . Institutos Nacionales de Salud, Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE. UU . Consultado el 24 de enero de 2012 .
  4. ^ Hochstein C, Goshorn J, Chang F (2009). "Portal de información sobre medicamentos de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos" . Med Ref Serv Q . 28 (2): 154-163. doi : 10.1080 / 02763860902816784 . PMC 2760770 . PMID 19384716 .  
  5. ^ Cheah EL, Heng PW, Chan LW (2010). "Optimización de la extracción de fluido supercrítico y extracción de líquido a presión de principios activos de Magnolis officinalis utilizando el diseño de Taguchi". Sep Purif Technol . 71 (3): 293-301. doi : 10.1016 / j.seppur.2009.12.009 .
  6. ^ Portugal J (2009). "Evaluación de descriptores moleculares de fármacos antitumorales con respecto a la unión no covalente al ADN y la actividad antiproliferativa" . BMC Pharmacol . 9 : 11. doi : 10.1186 / 1471-2210-9-11 . PMC 2758867 . PMID 19758437 .  
  7. ^ Xiong S, Fan J, Kitazato K (2010). "La proteína antiviral cyanovirin-N: el estado actual de su producción y aplicaciones" (PDF) . Appl Microbiol Biotechnol . 86 (3): 805-12. doi : 10.1007 / s00253-010-2470-1 . hdl : 10069/25148 . PMID 20162270 .  
  8. ^ Kremb S, Helfer M, Heller W, Hoffmann D, Wolff H, Kleinschmidt A, Cepok S, Hemmer B, Durner J, Brack-Werner R (2010). "EASY-HIT: tecnología de replicación completa del VIH para un amplio descubrimiento de múltiples clases de inhibidores del VIH" . Antimicrob Agents Chemother . 54 (12): 5257–68. doi : 10.1128 / AAC.00515-10 . PMC 2981278 . PMID 20876377 .  
  9. ^ Serafin K, Mazur P, Bak A, Laine E, Tchertanov L, Mouscadet JF, Polanski J (2011). "Amidas de malonato de etilo: un fragmento descendiente de dicetoácido para la inhibición de la integrasa del VIH". Bioorg Med Chem . 19 (16): 5000–5. doi : 10.1016 / j.bmc.2011.06.054 . PMID 21767953 . 
  10. ^ Durdagi S, Mavromoustakos T, Papdopoulos MG (2008). "3D QSAR CoMFA / CoMSIA, docking molecular y estudios de dinámica molecular de inhibidores de PR del VIH-1 basados ​​en fullereno". Bioorg Med Chem Lett . 18 (23): 6283–9. doi : 10.1016 / j.bmcl.2008.09.107 . PMID 18951793 . 
  11. ^ Prasanna MD, Vondrasek J, Wlodawer A, Bha TN (2005). "Aplicación de InChI para curar, indexar y consultar la estructura 3-D". Las proteínas . 60 (1): 001–004. doi : 10.1002 / prot.20469 . PMID 15861385 . 
  12. ^ Sánchez R, Morgado E, Grau R (2005). "Una estructura booleana del código genético. I. El significado de la deducción booleana". Boletín de Biología Matemática . 67 (1): 001–014. doi : 10.1016 / j.bulm.2004.05.005 . PMID 15691536 . 
  13. ^ Zhang XW (2005). "Generación de modelo de farmacóforo predictivo para proteinasa principal de coronavirus SARS" . Eur J Med Chem . 40 (1): 57–62. doi : 10.1016 / j.ejmech.2004.09.013 . PMID 15642409 . 

Enlaces externos [ editar ]

  • NIAID ChemDB [1]