El Centro Nacional de Informática Biomédica Integrativa (NCIBI) es uno de los siete Centros Nacionales de Computación Biomédica financiados por la Hoja de Ruta de Investigación Médica de los Institutos Nacionales de Salud (NIH). [1] [2] El centro tiene su sede en la Universidad de Michigan y es parte del Centro de Medicina Computacional y Bioinformática . La misión del NCIBI es crear entornos de conocimiento específicos para la investigación biomédica molecular para ayudar a guiar experimentos y permitir nuevos conocimientos a partir del análisis de enfermedades complejas. Fue establecido en octubre de 2005.
El Centro desarrolla métodos computacionales para acceder e integrar de manera efectiva los datos biológicos. Impulsar proyectos biológicos (DBP) proporciona un punto de partida desde el cual se informa, se lanza y se prueba el desarrollo de herramientas. Los DBP actuales incluyen la fusión de genes en los cánceres, las principales complicaciones orgánicas específicas de la diabetes , la nutrición y la obesidad , y las asociaciones de enfermedades comórbidas del trastorno bipolar . Además de probar las herramientas para el funcionamiento, un equipo separado se dedica a probar la usabilidad y la interacción del usuario.
Una vez que se desarrollan y validan las herramientas, el Centro difunde datos y software en toda la Universidad y en la comunidad de investigación biomédica en general. Se utilizan varios mecanismos, como videos de capacitación, [3] tutoriales [4] y demostraciones y presentaciones en conferencias científicas destacadas, para compartir datos y software del NCIBI a nivel nacional e internacional. [5]
Herramientas disponibles
Además de las herramientas que se enumeran a continuación, los datos enriquecidos contenidos en muchas bases de datos del NCIBI están disponibles en la pestaña Bases de datos en la página Pruebe nuestras herramientas. [6]
Análisis exploratorio
Nombre | Descripción |
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ConceptGen [7] | Una herramienta de mapeo conceptual y pruebas de enriquecimiento de conjuntos de genes de código abierto . Esta herramienta basada en la web se puede utilizar tanto para identificar conjuntos de genes biológicos (llamados conceptos) enriquecidos con genes expresados diferencialmente (o cualquier otra lista de genes identificados por el usuario) como para explorar redes de relaciones entre conceptos biológicos de diversas fuentes biológicas. |
MetScape [8] | Un complemento de Cytoscape que se utiliza para visualizar y analizar datos metabolómicos . Utiliza los datos de la reconstrucción de la Red Metabólica Humana de Edimburgo. MetScape facilita la visualización de redes complejas y muestra información relacionada sobre reacciones , enzimas y vías. |
Complemento MiMI [9] | Un complemento de Cytoscape que es una herramienta de visualización interactiva de código abierto para analizar las interacciones de las proteínas y sus efectos biológicos |
Interacciones moleculares de Michigan (MiMI) [10] | Una proteína, trayecto y basado en la web interacción gen herramienta |
Búsqueda de literatura conceptual
Nombre | Descripción |
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BioSearch-2D | Una herramienta que convierte el contenido de grandes colecciones de documentos biomédicos en un mapa único y dinámico. |
Gene2Mesh | Una herramienta de anotación automatizada que asocia términos de encabezado de sujeto médico (MeSH) con genes utilizando la base de datos de literatura PubMed de la Biblioteca Nacional de Medicina . |
Metab2MeSH | Una herramienta que utiliza un enfoque estadístico para anotar metabolitos de manera confiable y automática con los conceptos definidos en MeSH, el vocabulario controlado de la Biblioteca Nacional de Medicina para conceptos biomédicos. |
MiSearch [11] | Una herramienta de búsqueda de literatura que trabaja con Entrez del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) para buscar rápidamente citas en PubMed y mostrarlas clasificadas por relevancia para los intereses de investigación. |
PubAnatomy [12] | Una herramienta de exploración de la literatura que proporciona nuevas formas de explorar las relaciones entre las estructuras anatómicas, los procesos fisiopatológicos, los niveles de expresión génica y las interacciones proteína-proteína en el contexto de la literatura y los datos experimentales de Medline. |
PubOnto | Una herramienta de exploración de la literatura que proporciona múltiples ontologías de las Ontologías Biomédicas Abiertas para ayudar a los investigadores a explorar la literatura desde diferentes perspectivas. |
Ver también
Notas
- ^ Fondo común de los NIH, bioinformática y biología computacional
- ^ Centros nacionales de informática biomédica, Resumen
- ^ Canal de YouTube de NCIBI
- ^ Talleres virtuales de NCIBI
- ^ Presentaciones de NCIBI
- ^ Página Pruebe nuestras herramientas de NCIBI
- ^ Sartor, MA; Mahavisno, V .; Keshamouni, VG; Cavalcoli, J .; Wright, Z .; Karnovsky, A .; Kuick, R .; Jagadish, HV; Mirel, B. (2009). "ConceptGen: un enriquecimiento de conjuntos de genes y una herramienta de mapeo de relaciones de conjuntos de genes" . Bioinformática . 26 (4): 456–63. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp683 . PMC 2852214 . PMID 20007254 .
- ^ Gao, J .; Tarcea, VG; Karnovsky, A .; Mirel, BR; Weymouth, TE; Beecher, CW; Cavalcoli, JD; Athey, BD; Omenn, GS (2010). "Metscape: un complemento de Cytoscape para visualizar e interpretar datos metabolómicos en el contexto de las redes metabólicas humanas" . Bioinformática . 26 (7): 971–3. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq048 . PMC 2844990 . PMID 20139469 .
- ^ Gao, J .; Ade, AS; Tarcea, VG; Weymouth, TE; Mirel, BR; Jagadish, HV; Estados, DJ (2008). "Integrando y anotando el interactoma usando el plugin MiMI para cytoscape" . Bioinformática . 25 (1): 137–8. doi : 10.1093 / bioinformatics / btn501 . PMC 2638934 . PMID 18812364 .
- ^ Tarcea, VG; Weymouth, T .; Ade, A .; Bookvich, A .; Gao, J .; Mahavisno, V .; Wright, Z .; Chapman, A .; Jayapandian, M. (2009). "Interacciones moleculares de Michigan r2: de las proteínas que interactúan a las vías" . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (Problema de la base de datos): D642–6. doi : 10.1093 / nar / gkn722 . PMC 2686565 . PMID 18978014 .
- ^ Estados, DJ; Ade, AS; Wright, ZC; Bookvich, AV; Athey, BD (2009). "Herramienta de búsqueda pubMed adaptable MiSearch" . Bioinformática . 25 (7): 974–6. doi : 10.1093 / bioinformatics / btn033 . PMC 2660869 . PMID 18326507 .
- ^ Xuan, Weijian; Dai, Manhong; Mirel, Barbara; Song, Jean; Atento, Brian; Watson, Stanley J; Meng, Fan (2009). "Exploración de Medline basada en Ontología Biomédica Abierta" . BMC Bioinformática . 10 : S6. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-S5-S6 . PMC 2679406 . PMID 19426463 .
Referencias
- Shannon, P .; Markiel, A; Ozier, O; Baliga, NS; Wang, JT; Ramage, D; Amin, N; Schwikowski, B; Ideker, T (2003). "Cytoscape: un entorno de software para modelos integrados de redes de interacción biomolecular" . Investigación del genoma . 13 (11): 2498–504. doi : 10.1101 / gr.1239303 . PMC 403769 . PMID 14597658 .
enlaces externos
- Página de inicio del Centro Nacional de Informática Biomédica Integrativa
- Cytoscape