La diversidad de nucleótidos es un concepto en genética molecular que se utiliza para medir el grado de polimorfismo dentro de una población. [1]
Una medida comúnmente utilizada de la diversidad de nucleótidos fue introducida por primera vez por Nei y Li en 1979. Esta medida se define como el número promedio de diferencias de nucleótidos por sitio entre dos secuencias de ADN en todos los pares posibles en la población de muestra, y se denota por.
Está dado por la fórmula:
dónde y son las respectivas frecuencias del th y th secuencias, es el número de diferencias de nucleótidos por sitio de nucleótidos entre los th y th secuencias, y es el número de secuencias de la muestra.
La diversidad de nucleótidos es una medida de variación genética . Por lo general, se asocia con otras medidas estadísticas de diversidad de la población y es similar a la heterocigosidad esperada . Esta estadística puede usarse para monitorear la diversidad dentro o entre poblaciones ecológicas, para examinar la variación genética en cultivos y especies relacionadas, [2] o para determinar relaciones evolutivas. [3]
La diversidad de nucleótidos puede calcularse examinando las secuencias de ADN directamente, o puede estimarse a partir de datos de marcadores moleculares, como datos de ADN polimórfico amplificado aleatorio ( RAPD ) [4] y datos de polimorfismo de longitud de fragmento amplificado ( AFLP ). [5]
Software
- DnaSP - Polimorfismo de secuencia de ADN, es un paquete de software para el análisis del polimorfismo de nucleótidos a partir de datos de secuencia de ADN alineados.
- MEGA , Molecular Evolutionary Genetics Analysis, es un paquete de software que se utiliza para estimar las tasas de evolución molecular, así como para generar árboles filogenéticos y alinear secuencias de ADN. Disponible para Windows, Linux y Mac OS X (desde la versión 5.x).
- El software Arlequin3 se puede utilizar para cálculos de diversidad de nucleótidos y una variedad de otras pruebas estadísticas para análisis intrapoblacionales e interpoblacionales. Disponible para Windows.
- Variscan
- Paquete R PopGenome
Referencias
- ^ Nei, M .; Masatoshi Nei; Wen-Hsiung Li (1 de octubre de 1979). "Modelo matemático para estudiar la variación genética en términos de endonucleasas de restricción" . PNAS . 76 (10): 5269–73. Código Bibliográfico : 1979PNAS ... 76.5269N . doi : 10.1073 / pnas.76.10.5269 . PMC 413122 . PMID 291943 .
- ^ Kilian, B; Ozkan H; Walther A; Kohl J; Dagan T; Salamini F; Martin W (diciembre de 2007). "La diversidad molecular en 18 loci en 321 líneas silvestres y 92 domesticadas no revela reducción de la diversidad de nucleótidos durante la domesticación de Triticum monococcum (Einkorn): implicaciones para el origen de la agricultura" . Biología Molecular y Evolución . 24 (12): 2657–68. doi : 10.1093 / molbev / msm192 . PMID 17898361 .
- ^ Yu, N .; Jensen-Seaman MI; Chemnick L; Ryder O; Li WH (marzo de 2004). "Diversidad de nucleótidos en gorilas" . Genética . 166 (3): 1375–83. doi : 10.1534 / genetics.166.3.1375 . PMC 1470796 . PMID 15082556 .
- ^ Borowsky, Richard L. (enero de 2001). "Estimación de la diversidad de nucleótidos de ADN polimórfico amplificado al azar y datos de polimorfismo de longitud de fragmento amplificado". Filogenética molecular y evolución . 18 (1): 143–8. doi : 10.1006 / mpev.2000.0865 . PMID 11161751 .
- ^ Innan, Hideki; Ryohei Terauchib Günter Kahlb; Fumio Tajima (1 de marzo de 1999). "Un método para estimar la diversidad de nucleótidos a partir de datos AFLP" . Genética . 151 (3): 1157–64. PMC 1460529 . PMID 10049931 .