OMA ( Orthologous MAtrix ) es una base de datos de ortólogos extraídos de genomas completos disponibles . [1] [2] Las predicciones de ortología de OMA están disponibles en varias formas:
- Pares OMA: para un gen dado , se proporciona una lista de ortólogos predichos en otras especies .
- Grupos OMA: un conjunto de genes de diferentes especies que son todos ortólogos .
- Grupos jerárquicos OMA: el conjunto de todos los genes que han evolucionado a partir de un único gen ancestral en un rango taxonómico determinado .
- Vista de pares de genomas OMA: la lista de todos los ortólogos predichos entre dos especies .
Contenido | |
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Descripción | inferencia de ortología entre 1000 genomas completos. |
Contacto | |
Laboratorio | ETH Zúrich |
Autores | Christophe Dessimoz Adrian Schneider Adrian Altenhoff Gaston H. Gonnet |
Cita primaria | Altenhoff y col. [1] |
Fecha de lanzamiento | 2004 |
Acceso | |
Sitio web | omabrowser |
URL de descarga | http://omabrowser.org/All/download.html |
URL del servicio web | wsdl |
Diverso | |
Frecuencia de publicación de datos | 2 lanzamientos por año |
Ver también
Referencias
- ↑ a b Altenhoff, Adrian M; Schneider Adrian; Gonnet Gaston H; Dessimoz Christophe (enero de 2011). "OMA 2011: inferencia de ortología entre 1000 genomas completos" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 39 (Problema de la base de datos): D289-94. doi : 10.1093 / nar / gkq1238 . PMC 3013747 . PMID 21113020 .
- ^ Altenhoff, Adrian M; Glover, Natasha M; Tren, Clément-Marie; Kaleb, Klara; Warwick Vesztrocy, Alex; Dylus, David; de Farias, Tarcisio M; Zile, Karina; Stevenson, Charles; Long, Jiao; Redestig, Henning; Gonnet, Gaston H; Dessimoz, Christophe (2018). "La base de datos de ortología OMA en 2018: recuperando relaciones evolutivas entre todos los dominios de la vida a través de interfaces web y programáticas más ricas" . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D477 – D485. doi : 10.1093 / nar / gkx1019 . ISSN 0305-1048 . PMC 5753216 . PMID 29106550 .