PROSITE es una base de datos de proteínas . [1] [2] Consiste en entradas que describen las familias de proteínas , dominios y sitios funcionales , así como patrones y perfiles de aminoácidos en ellos. Estos son seleccionados manualmente por un equipo del Instituto Suizo de Bioinformática y están estrechamente integrados en la anotación de proteínas Swiss-Prot . PROSITE fue creado en 1988 por Amos Bairoch , quien dirigió el grupo durante más de 20 años. Desde julio de 2018, el director de PROSITE y Swiss-Prot es Alan Bridge.
Contenido | |
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Descripción | PROSITE, una base de datos de dominios de proteínas para la caracterización y anotación funcional. |
Contacto | |
Centro de Investigación | Instituto Suizo de Bioinformática |
Laboratorio | Departamento de Biología Estructural y Bioinformática |
Cita primaria | PMID 19858104 |
Fecha de lanzamiento | 1988 |
Acceso | |
Sitio web | prosite |
Los usos de PROSITE incluyen la identificación de posibles funciones de proteínas recién descubiertas y el análisis de proteínas conocidas en busca de actividad previamente indeterminada. Las propiedades de genes bien estudiados se pueden propagar a organismos biológicamente relacionados, y para genes diferentes o poco conocidos se pueden predecir funciones bioquímicas a partir de similitudes. PROSITE ofrece herramientas para el análisis de secuencias de proteínas y la detección de motivos (ver motivo de secuencia , patrones de PROSITE ). Forma parte de los servidores de análisis de proteómica ExPASy .
La base de datos ProRule se basa en las descripciones de dominio de PROSITE. [3] Proporciona información adicional sobre aminoácidos funcional o estructuralmente críticos. Las reglas contienen información sobre residuos biológicamente significativos, como sitios activos, sitios de unión de sustratos o cofactores , sitios de modificación postraduccional o enlaces disulfuro , para ayudar a la determinación de la función. Estos pueden generar automáticamente anotaciones basadas en motivos PROSITE.
Estadísticas
Al 29 de junio de 2016[actualizar], la versión 20.128 tiene 1,762 entradas de documentación, 1,309 patrones, 1,161 perfiles y 1,175 ProRules.
Ver también
- Uniprot , la base de datos universal de proteínas , un recurso central sobre información sobre proteínas, PROSITE le agrega datos.
- InterPro , una base de datos centralizada que agrupa datos de bases de datos de familias de proteínas, dominios y sitios funcionales, parte de los datos provienen de PROSITE.
- Predicción de la localización subcelular de proteínas : otro ejemplo de uso de PROSITE.
Referencias
- ^ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detección de coincidencias de firma PROSITE y residuos estructurales y funcionales asociados a ProRule en proteínas" . Ácidos nucleicos Res . 34 (Problema del servidor web): W362–365. doi : 10.1093 / nar / gkl124 . PMC 1538847 . PMID 16845026 .
- ^ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). "Los 20 años de PROSITE" . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D245–9. doi : 10.1093 / nar / gkm977 . PMC 2238851 . PMID 18003654 .
- ^ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: una nueva base de datos que contiene información funcional y estructural de los perfiles de PROSITE". Bioinformática . 21 (21): 4060–4066. doi : 10.1093 / bioinformatics / bti614 . PMID 16091411 .
enlaces externos
- Página web oficial
- ProRule - base de datos de reglas basadas en predictores PROSITE